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万見
- PDB-4b8s: Crystal Structure of Thermococcus litoralis ADP-dependent Glucoki... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b8s
タイトルCrystal Structure of Thermococcus litoralis ADP-dependent Glucokinase (GK)
要素ADP-DEPENDENT GLUCOKINASE
キーワードTRANSFERASE / RIBOKINASE SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-specific glucose/glucosamine kinase / ADP-specific glucokinase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / glucokinase activity / glycolytic process / glucose metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADP-dependent glucose/glucosamine kinase, archaeal / Adenosine kinase, small domain - #20 / ADP-specific phosphofructokinase/glucokinase, archaeal / ADP-specific phosphofructokinase/glucokinase / ADP-specific Phosphofructokinase/Glucokinase conserved region / ADP-dependent kinase (ADPK) domain profile. / Adenosine kinase, small domain / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase ...ADP-dependent glucose/glucosamine kinase, archaeal / Adenosine kinase, small domain - #20 / ADP-specific phosphofructokinase/glucokinase, archaeal / ADP-specific phosphofructokinase/glucokinase / ADP-specific Phosphofructokinase/Glucokinase conserved region / ADP-dependent kinase (ADPK) domain profile. / Adenosine kinase, small domain / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / alpha-D-glucopyranose / ADP-dependent glucose/glucosamine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOCOCCUS LITORALIS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Herrera-Morande, A. / Rivas-Pardo, J.A. / Fernandez, F.J. / Guixe, V. / Vega, M.C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure, Saxs and Kinetic Mechanism of Hyperthermophilic Adp-Dependent Glucokinase from Thermococcus Litoralis Reveal a Conserved Mechanism for Catalysis.
著者: Rivas-Pardo, J.A. / Herrera-Morande, A. / Castro-Fernandez, V. / Fernandez, F.J. / Vega, M.C. / Guixe, V.
履歴
登録2012年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-DEPENDENT GLUCOKINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6768
ポリマ－53,6881
非ポリマー9887
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.468, 106.468, 130.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 ADP-DEPENDENT GLUCOKINASE / ADP-GK / ADPGK


分子量: 53688.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) THERMOCOCCUS LITORALIS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS
参照: UniProt: Q7M537, ADP-specific glucose/glucosamine kinase
#2: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.09 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.2
詳細: 1.5 M SODIUM CITRATE PH 5.2, 5 MM DTT, 6 MM MG-ADPBETAS AND 30 MM D-GLC.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9794
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→35 Å / Num. obs: 33911 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 47.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.58→2.65 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GC5

1gc5


解像度: 2.58→34.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 15 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22056 1402 5.1 %RANDOM
Rwork0.16942 ---
obs0.17198 25931 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.637 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20.1 Å20 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→34.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3777 0 65 162 4004
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193949
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.351.9845336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5645471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.03123.769199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.33615705
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4241535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2592
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.647 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 93 -
Rwork0.254 1761 -
obs--99.95 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 61.9402 Å / Origin y: 23.4938 Å / Origin z: 0.2196 Å
111213212223313233
T0.1123 Å2-0.0032 Å20.0007 Å2-0.0167 Å20.0098 Å2--0.0609 Å2
L1.6167 °20.8634 °2-0.611 °2-2.5295 °2-0.7253 °2--1.801 °2
S-0.0797 Å °0.1388 Å °0.0171 Å °-0.0593 Å °0.1302 Å °0.2004 Å °0.0561 Å °0.0032 Å °-0.0504 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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