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万見
- PDB-4b8o: rImp_alpha_SV40TAgNLS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b8o
タイトルrImp_alpha_SV40TAgNLS
要素
  • IMPORTIN SUBUNIT ALPHA-1A
  • SV40TAGNLS
キーワードTRANSPORT PROTEIN / NUCLEAR LOCALIZATION SIGNAL
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA replication origin binding / DNA replication / hydrolase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA replication origin binding / DNA replication / hydrolase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Large T antigen, polyomaviridae / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Origin of replication binding protein / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / T antigen, Ori-binding / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. ...Large T antigen, polyomaviridae / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Origin of replication binding protein / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / T antigen, Ori-binding / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Large T antigen / Importin subunit alpha-1a
類似検索 - 構成要素
生物種ORYZA SATIVA JAPONICA GROUP (イネ)
SIMIAN VIRUS 40 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.084 Å
データ登録者Chang, C.-W. / Counago, R.L.M. / Williams, S.J. / Boden, M. / Kobe, B.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Rice Importin-Alpha and Structural Basis of its Interaction with Plant-Specific Nuclear Localization Signals.
著者: Chang, C.-W. / Counago, R.L.M. / Williams, S.J. / Boden, M. / Kobe, B.
履歴
登録2012年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMPORTIN SUBUNIT ALPHA-1A
B: SV40TAGNLS
C: SV40TAGNLS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4003
ポリマ－55,4003
非ポリマー00
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-3.1 kcal/mol
Surface area22440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.494, 73.865, 62.064
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2005-

HOH

21A-2006-

HOH

31A-2012-

HOH

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要素

#1: タンパク質 IMPORTIN SUBUNIT ALPHA-1A


分子量: 53026.848 Da / 分子数: 1 / 断片: NLS BINDING DOMAIN, RESIDUES 73-494 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ORYZA SATIVA JAPONICA GROUP (イネ) / プラスミド: PET30A_RIMPALPHA1A_DIBB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q71VM4
#2: タンパク質・ペプチド SV40TAGNLS


分子量: 1186.470 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SIMIAN VIRUS 40 (ウイルス) / プラスミド: PGEX2T-SV40TAGNLS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7XWN5*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.46 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.0, 14% PEG 3350, 0.2 M NDSB-221 (SIGMA) AND 0.2 M NAF

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→64.62 Å / Num. obs: 35070 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.08→2.19 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 82.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.084→46.145 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2022 1755 5 %
Rwork0.167 --
obs0.1688 35053 96.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.221 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.9203 Å20 Å22.4858 Å2
2--12.8934 Å20 Å2
3----8.9731 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.084→46.145 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3358 0 0 201 3559
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9614607
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9181251
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005591
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.084-2.14030.2124810.19851929X-RAY DIFFRACTION72
2.1403-2.20330.21711290.17472470X-RAY DIFFRACTION95
2.2033-2.27440.18771190.17052596X-RAY DIFFRACTION99
2.2744-2.35570.24151250.17632621X-RAY DIFFRACTION99
2.3557-2.450.20681490.17442606X-RAY DIFFRACTION99
2.45-2.56150.21621350.17142600X-RAY DIFFRACTION99
2.5615-2.69660.23021380.17512640X-RAY DIFFRACTION100
2.6966-2.86550.19871540.17232579X-RAY DIFFRACTION99
2.8655-3.08670.19651550.17042622X-RAY DIFFRACTION99
3.0867-3.39720.2171400.1712616X-RAY DIFFRACTION100
3.3972-3.88860.17521490.15642658X-RAY DIFFRACTION100
3.8886-4.89830.18931380.14052644X-RAY DIFFRACTION100
4.8983-46.15650.20891430.18212717X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.0214 Å / Origin y: 0.2115 Å / Origin z: 6.5701 Å
111213212223313233
T0.1416 Å20.0041 Å2-0.0021 Å2-0.1058 Å2-0.0079 Å2--0.1502 Å2
L0.3552 °20.1604 °2-0.0874 °2-0.1634 °2-0.2194 °2--0.5102 °2
S0.0077 Å °-0.0285 Å °0.0147 Å °0.0055 Å °-0.0119 Å °-0.0222 Å °-0.0163 Å °-0.0376 Å °0.0033 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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