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- PDB-4b7h: Structure of a highdose liganded bacterial catalase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b7h
タイトルStructure of a highdose liganded bacterial catalase
要素CATALASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / CATALASE INHIBITION
機能・相同性
機能・相同性情報


Hemocyanin, N-terminal domain - #60 / Cytochrome C Oxidase; Chain J - #20 / Cytochrome C Oxidase; Chain J / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Few Secondary Structures / Irregular / Up-down Bundle / Beta Barrel ...Hemocyanin, N-terminal domain - #60 / Cytochrome C Oxidase; Chain J - #20 / Cytochrome C Oxidase; Chain J / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Few Secondary Structures / Irregular / Up-down Bundle / Beta Barrel / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / NITRIC OXIDE / :
類似検索 - 構成要素
生物種CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM ATCC 13032 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Gumiero, A. / Walsh, M.
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2013
タイトル: A Structural and Dynamic Investigation of the Inhibition of Catalase by Nitric Oxide.
著者: Candelaresi, M. / Gumiero, A. / Adamczyk, K. / Robb, K. / Bellota-Anton, C. / Sangal, V. / Munnoch, J. / Greetham, G.M. / Towrie, M. / Hoskisson, P.A. / Parker, A.W. / Tucker, N.P. / Walsh, M.A. / Hunt, N.T.
履歴
登録2012年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATALASE
B: CATALASE
C: CATALASE
D: CATALASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,06522
ポリマ－234,5904
非ポリマー6,47618
水30,8601713
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area59520 Å2
ΔGint-277.7 kcal/mol
Surface area54330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.600, 151.600, 156.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-2011-

HOH

21D-2012-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
CATALASE


分子量: 58647.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURCHASED FROM SIGMA ALDRICH
由来: (天然) CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: Q6M8A6, catalase

-
非ポリマー , 6種, 1731分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル


分子量: 30.006 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#6: 化合物
ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.55 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→78.43 Å / Num. obs: 408156 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.39→1.43 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.39→67.334 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 14.05 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. NITRIC OXIDE LIGAND WAS REFINED IN REAL SPACE WITH COOT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1571 20519 5.03 %
Rwork0.1302 --
obs0.1315 408086 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.39→67.334 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16566 0 430 1713 18709
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00617708
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19724191
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3696642
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063241
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.39-1.40580.2226690.171512876X-RAY DIFFRACTION100
1.4058-1.42230.21666920.160812896X-RAY DIFFRACTION100
1.4223-1.43970.21116610.155312923X-RAY DIFFRACTION100
1.4397-1.45790.18916550.147212983X-RAY DIFFRACTION100
1.4579-1.47710.20096570.142612872X-RAY DIFFRACTION100
1.4771-1.49730.18457010.137312864X-RAY DIFFRACTION100
1.4973-1.51870.1886250.132912936X-RAY DIFFRACTION100
1.5187-1.54140.17746930.128812900X-RAY DIFFRACTION100
1.5414-1.56550.17026880.124512941X-RAY DIFFRACTION100
1.5655-1.59120.16076830.113512911X-RAY DIFFRACTION100
1.5912-1.61860.15476800.11412922X-RAY DIFFRACTION100
1.6186-1.6480.16896680.113512907X-RAY DIFFRACTION100
1.648-1.67970.16066620.113212927X-RAY DIFFRACTION100
1.6797-1.7140.15336670.113512872X-RAY DIFFRACTION100
1.714-1.75130.16146890.115212942X-RAY DIFFRACTION100
1.7513-1.7920.1566890.114912868X-RAY DIFFRACTION100
1.792-1.83680.1536840.113512919X-RAY DIFFRACTION100
1.8368-1.88650.15696880.120312935X-RAY DIFFRACTION100
1.8865-1.9420.16356960.122712884X-RAY DIFFRACTION100
1.942-2.00470.15827300.123112911X-RAY DIFFRACTION100
2.0047-2.07640.1536860.12712954X-RAY DIFFRACTION100
2.0764-2.15950.15976700.123512910X-RAY DIFFRACTION100
2.1595-2.25780.1536910.124512925X-RAY DIFFRACTION100
2.2578-2.37680.15286550.129412943X-RAY DIFFRACTION100
2.3768-2.52580.15057450.131612894X-RAY DIFFRACTION100
2.5258-2.72080.14666970.135912933X-RAY DIFFRACTION100
2.7208-2.99460.16137240.144112913X-RAY DIFFRACTION100
2.9946-3.42790.15656930.148112906X-RAY DIFFRACTION100
3.4279-4.31870.1466810.127812981X-RAY DIFFRACTION100
4.3187-67.41310.1347000.13113019X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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