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- PDB-4b6x: Crystal structure of in planta processed AvrRps4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b6x
タイトルCrystal structure of in planta processed AvrRps4
要素AVIRULENCE PROTEIN
キーワードTOXIN / TYPE 3 SECRETED EFFECTOR
機能・相同性: / : / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / ACETATE ION / Avirulence protein
機能・相同性情報
生物種PSEUDOMONAS SYRINGAE PV. PISI (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sohn, K.H. / Hughes, R.K. / Piquerez, S.J. / Jones, J.D.G. / Banfield, M.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Distinct Regions of the Pseudomonas Syringae Coiled-Coil Effector Avrrps4 are Required for Activation of Immunity.
著者: Sohn, K.H. / Hughes, R.K. / Piquerez, S.J. / Jones, J.D.G. / Banfield, M.J.
履歴
登録2012年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22012年10月31日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AVIRULENCE PROTEIN
B: AVIRULENCE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2533
ポリマ－20,1942
非ポリマー591
水1,67593
1
A: AVIRULENCE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0971
ポリマ－10,0971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: AVIRULENCE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1562
ポリマ－10,0971
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.690, 64.690, 73.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2012-

HOH

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要素

#1: タンパク質 AVIRULENCE PROTEIN / AVRRPS4


分子量: 10097.181 Da / 分子数: 2
断片: IN-PLANTA PROCESSED C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 134-220
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS SYRINGAE PV. PISI (バクテリア)
プラスミド: POPIN-F / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q52432
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CONSTRUCT CRYSTALLIZED IS THE IN PLANTA PROCESSED C- TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 134 - 221). N- ...CONSTRUCT CRYSTALLIZED IS THE IN PLANTA PROCESSED C- TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 134 - 221). N-TERMINAL RESIDUES 'GP' ARE DERIVED FROM THE EXPRESSION VECTOR.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.93 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.2
詳細: 14-16% 2-METHYL-2,4-PENTANDIOL (MPD) BUFFERED WITH 100 MM SODIUM ACETATE PH 5.1-5.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.94
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→56 Å / Num. obs: 9120 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.2→56.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 9.174 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19052 693 7.6 %RANDOM
Rwork0.16118 ---
obs0.16358 8412 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20.33 Å20 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→56.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1010 0 4 93 1107
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0211044
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3541.9561412
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89831723
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4485133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.6282568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.17315195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.8671515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02201
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6861.5649
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2051.5256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.31621032
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6213395
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1884.5376
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 59 -
Rwork0.183 615 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.38511.1526-4.67911.0688-1.61448.7746-0.0419-0.2834-0.1040.0025-0.1025-0.14440.2090.57110.14450.02740.0078-0.03160.08390.01310.077312.016933.041422.9232
29.2655-1.82916.54362.19-1.04369.8086-0.107-0.78870.10120.23850.0874-0.2095-0.0349-0.22560.01960.0419-0.0379-0.0180.1983-0.01860.121323.847941.223423.8863
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A153 - 221
2X-RAY DIFFRACTION2B156 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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