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- PDB-4b6d: Structure of the atypical C1 domain of MgcRacGAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b6d
タイトルStructure of the atypical C1 domain of MgcRacGAP
要素RAC GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / CYTOKINESIS / PLASMA MEMBRANE / PHOSPHOLIPIDS / CENTRALSPINDLIN / SPINDLE MIDZONE / CENTRAL SPINDLE / MIDBODY
機能・相同性
機能・相同性情報


centralspindlin complex / actomyosin contractile ring assembly / mitotic spindle midzone assembly / sulfate transmembrane transport / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / gamma-tubulin binding / RHOD GTPase cycle / Flemming body / Kinesins / regulation of small GTPase mediated signal transduction ...centralspindlin complex / actomyosin contractile ring assembly / mitotic spindle midzone assembly / sulfate transmembrane transport / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / gamma-tubulin binding / RHOD GTPase cycle / Flemming body / Kinesins / regulation of small GTPase mediated signal transduction / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / RHOB GTPase cycle / positive regulation of cytokinesis / spindle midzone / RHOC GTPase cycle / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / CDC42 GTPase cycle / regulation of embryonic development / RHOA GTPase cycle / neuroblast proliferation / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / alpha-tubulin binding / beta-tubulin binding / Rho protein signal transduction / monoatomic ion transport / RAC1 GTPase cycle / acrosomal vesicle / MHC class II antigen presentation / GTPase activator activity / erythrocyte differentiation / spindle / cytoplasmic side of plasma membrane / mitotic spindle / midbody / spermatogenesis / protein-macromolecule adaptor activity / microtubule binding / microtubule / protein kinase binding / mitochondrion / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #20 / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Rho GTPase activation protein / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #20 / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Rho GTPase activation protein / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rac GTPase-activating protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pye, V.E. / Lekomtsev, S. / Petronczki, M. / Cherepanov, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Centralspindlin Links the Mitotic Spindle to the Plasma Membrane During Cytokinesis.
著者: Lekomtsev, S. / Su, K. / Pye, V.E. / Blight, K. / Sundaramoorthy, S. / Takaki, T. / Collinson, L.M. / Cherepanov, P. / Divecha, N. / Petronczki, M.
履歴
登録2012年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 1.22013年1月23日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAC GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
B: RAC GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
C: RAC GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
D: RAC GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
E: RAC GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
F: RAC GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,81719
ポリマ－40,9406
非ポリマー87713
水2,936163
1
A: RAC GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0464
ポリマ－6,8231
非ポリマー2233
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RAC GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9543
ポリマ－6,8231
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: RAC GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9543
ポリマ－6,8231
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: RAC GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9543
ポリマ－6,8231
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: RAC GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9543
ポリマ－6,8231
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: RAC GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9543
ポリマ－6,8231
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.850, 133.850, 56.682
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-1), (-0.6003, -0.0626, 0.7974), (-0.7712, 0.3097, -0.5562)-20.48, -28.43
2given(1, -0.002775, -0.008213), (0.003114, 0.9991, 0.04146), (0.008091, -0.04148, 0.9991)18.12, 0.1996, -1.067
3given(0.999, 0.01697, -0.04098), (0.01695, -0.9999, -0.000998), (-0.04099, 0.000303, -0.9992)-18.59
4given(-0.2326, 0.9395, 0.2515), (-0.6027, 0.0637, -0.7954), (-0.7633, -0.3365, 0.5514)-15.42, -10.03, -14.19
5given(0.9993, 0.01422, -0.03586), (0.01323, -0.9995, -0.0278), (-0.03623, 0.0273, -0.999)-0.3703, -1.429, -1.879

-
要素

#1: タンパク質
RAC GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1 / MALE GERM CELL RACGAP / MGCRACGAP / PROTEIN CYK4 HOMOLG / CYK4 / HSCYK-4


分子量: 6823.265 Da / 分子数: 6 / 断片: C1 DOMAIN, RESIDUES 284-339 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-C1WT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): CODON PLUS RIL / 参照: UniProt: Q9H0H5
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 284-338 WITH AN N-TERMINAL EXTENSION SEQUENCE EXTENSION SEQUENCE GPLGS

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.26 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.1
詳細: 1.3 M SODIUM CITRATE, PH 7.1 AND 0.3 M DIMETHYLETHYLAMMONIUM PROPANE SULFONATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: H,-K,-H-L / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.2→66.93 Å / Num. obs: 26140 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MOLREPモデル構築
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1PTQ

1ptq


解像度: 2.2→66.925 Å / σ(F): 1.14 / 位相誤差: 28.33 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F / 詳細: CHAINS A, B, C, D, E AND F ARE RELATED BY NCS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2355 1308 5 %
Rwork0.2103 --
obs0.2125 24803 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0 Å2 / ksol: 0 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 56.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→66.925 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2734 0 18 163 2915
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072866
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1283859
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1231156
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008483
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2004-2.24270.29631430.31062677X-RAY DIFFRACTION95
2.2427-2.28850.32241420.28762695X-RAY DIFFRACTION93
2.2885-2.33830.28711480.29082696X-RAY DIFFRACTION93
2.3383-2.39270.26781400.26772696X-RAY DIFFRACTION95
2.3927-2.45250.35651490.27232758X-RAY DIFFRACTION93
2.4525-2.51880.26691360.26372657X-RAY DIFFRACTION95
2.5188-2.59290.31321420.27112779X-RAY DIFFRACTION94
2.5929-2.67660.28851430.26552659X-RAY DIFFRACTION93
2.6766-2.77230.28531370.25062700X-RAY DIFFRACTION95
2.7723-2.88330.27251450.26142720X-RAY DIFFRACTION94
2.8833-3.01450.24681500.2312735X-RAY DIFFRACTION95
3.0145-3.17340.30051410.24022740X-RAY DIFFRACTION94
3.1734-3.37220.20281520.21772739X-RAY DIFFRACTION94
3.3722-3.63250.28291390.18942692X-RAY DIFFRACTION95
3.6325-3.9980.19431490.16722711X-RAY DIFFRACTION94
3.998-4.57620.13091440.15072715X-RAY DIFFRACTION94
4.5762-5.76450.171400.16092705X-RAY DIFFRACTION94
5.7645-53.59850.24851320.19552733X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.91760.79930.26283.73841.25831.4284-0.0927-0.2174-0.12710.0732-0.0554-0.1565-0.00510.06020.06070.4772-0.0259-0.12950.51340.0230.168-8.9325-15.2364-1.8697
20.788-0.4397-0.04572.98841.28741.61760.1623-0.0958-0.1760.184-0.13330.07440.2337-0.0027-0.00590.50240.00520.02870.57810.0520.1981-13.8265-19.3937-6.2764
33.0537-0.95320.00772.41551.49334.1937-0.19670.75440.3878-0.15430.4148-0.0342-0.26170.3555-0.27150.73170.01540.16770.65640.09130.3021-18.86360.3443-14.5935
47.2746-2.0317-0.48191.90661.41851.40260.10050.6396-0.0166-0.2801-0.2872-0.3197-0.05540.05850.04690.60170.01270.01530.6830.11260.2548-22.2038-1.1616-13.0768
52.4729-0.2866-0.12997.57762.53064.45070.1196-0.0752-0.41850.3129-0.0194-0.23690.1056-0.3394-0.07050.34230.023-0.00620.28590.05680.4058-30.4092-19.6691-3.5496
62.1669-0.0858-0.13534.33952.40831.3360.26250.1011-0.1254-0.25680.1736-0.34420.08060.3062-0.18250.4992-0.0360.06130.7870.10840.0857-30.7043-12.3957-4.4243
70.4120.49810.46932.0113-0.11470.8154-0.03310.56730.3872-0.1829-0.2098-0.1810.04780.1125-0.23960.3923-0.16670.01310.13420.04291.31066.811515.12823.9593
81.13680.38270.85398.98461.94651.7129-0.1051-0.0341-0.08450.0416-0.18820.1447-0.01640.16570.15610.3862-0.06750.04370.30940.07361.0255.78817.46385.1073
94.13350.26820.08352.61550.86874.0081-0.2162-0.9829-0.46860.82830.15580.03130.27950.4292-0.04950.62040.011-0.04420.50480.0570.2654-0.1366-1.072114.4789
102.282.64441.2443.19861.821.86050.0929-0.4510.14890.4336-0.0048-0.1523-0.2366-0.142-0.07550.5651-0.00240.05650.47250.09890.3457-5.3793-1.146410.7572
110.62241.64960.8927.83521.13691.64140.08320.24470.3672-0.3131-0.0032-0.09120.05330.0147-0.18620.4127-0.0678-0.00730.24890.1260.9822-12.352217.45433.6482
121.95171.3270.57042.50062.52663.06540.1110.0165-0.2718-0.07410.04780.26890.160.1467-0.03030.4517-0.0294-0.03630.27580.06831.1607-11.815515.31523.3197
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 279:297)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 298:338)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN B AND RESID 282:309)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESID 310:338)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN C AND RESID 279:325)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN C AND RESID 326:338)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN D AND RESID 279:305)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN D AND RESID 306:338)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN E AND RESID 282:316)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN E AND RESID 317:338)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN F AND RESID 279:310)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN F AND RESID 311:338)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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