+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4b6d | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the atypical C1 domain of MgcRacGAP | ||||||
![]() | RAC GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / CYTOKINESIS / PLASMA MEMBRANE / PHOSPHOLIPIDS / CENTRALSPINDLIN / SPINDLE MIDZONE / CENTRAL SPINDLE / MIDBODY | ||||||
機能・相同性 | ![]() centralspindlin complex / actomyosin contractile ring assembly / sulfate transport / mitotic spindle midzone assembly / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / gamma-tubulin binding / RHOD GTPase cycle / Flemming body / Kinesins / regulation of small GTPase mediated signal transduction ...centralspindlin complex / actomyosin contractile ring assembly / sulfate transport / mitotic spindle midzone assembly / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / gamma-tubulin binding / RHOD GTPase cycle / Flemming body / Kinesins / regulation of small GTPase mediated signal transduction / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / RHOB GTPase cycle / beta-tubulin binding / RHOC GTPase cycle / positive regulation of cytokinesis / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / cleavage furrow / regulation of embryonic development / CDC42 GTPase cycle / Rho protein signal transduction / mitotic cytokinesis / alpha-tubulin binding / RHOA GTPase cycle / neuroblast proliferation / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / spindle midzone / monoatomic ion transport / RAC1 GTPase cycle / MHC class II antigen presentation / erythrocyte differentiation / GTPase activator activity / acrosomal vesicle / cytoplasmic side of plasma membrane / mitotic spindle / spindle / protein-macromolecule adaptor activity / midbody / spermatogenesis / microtubule binding / microtubule / protein kinase binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pye, V.E. / Lekomtsev, S. / Petronczki, M. / Cherepanov, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Centralspindlin Links the Mitotic Spindle to the Plasma Membrane During Cytokinesis. 著者: Lekomtsev, S. / Su, K. / Pye, V.E. / Blight, K. / Sundaramoorthy, S. / Takaki, T. / Collinson, L.M. / Cherepanov, P. / Divecha, N. / Petronczki, M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 156.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 125.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 471.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 475.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ptqS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||
3 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||
4 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||
5 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||
6 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6823.265 Da / 分子数: 6 / 断片: C1 DOMAIN, RESIDUES 284-339 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | RESIDUES 284-338 WITH AN N-TERMINAL EXTENSION SEQUENCE EXTENSION SEQUENCE GPLGS | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.26 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 7.1 詳細: 1.3 M SODIUM CITRATE, PH 7.1 AND 0.3 M DIMETHYLETHYLAMMONIUM PROPANE SULFONATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: H,-K,-H-L / Fraction: 0.5 |
反射 | 解像度: 2.2→66.93 Å / Num. obs: 26140 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 98.8 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1PTQ 解像度: 2.2→66.925 Å / σ(F): 1.14 / 位相誤差: 28.33 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F / 詳細: CHAINS A, B, C, D, E AND F ARE RELATED BY NCS.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0 Å2 / ksol: 0 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→66.925 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|