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万見
- PDB-4b61: In meso structure of alginate transporter, AlgE, from Pseudomoas ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b61
タイトルIn meso structure of alginate transporter, AlgE, from Pseudomoas aeruginosa, PAO1. Crystal form 3.
要素ALGINATE PRODUCTION PROTEIN ALGE
キーワードMEMBRANE PROTEIN / OUTER MEMBRANE / IN MESO CRYSTALLISATION / LIPIDIC CUBIC PHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


alginic acid biosynthetic process / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Porin - #100 / Alginate export domain / : / Alginate export / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / ACETATE ION / COPPER (II) ION / Alginate production protein AlgE
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.402 Å
データ登録者Tan, J. / Pye, V.E. / Aragao, D. / Caffrey, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: A Conformational Landscape for Alginate Secretion Across the Outer Membrane of Pseudomonas Aeruginosa.
著者: Tan, J. / Rouse, S.L. / Li, D. / Pye, V.E. / Vogeley, L. / Brinth, A.R. / El Arnaout, T. / Whitney, J.C. / Howell, P.L. / Sansom, M.S.P. / Caffrey, M.
履歴
登録2012年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22014年8月6日Group: Database references
改定 1.32014年8月13日Group: Database references
改定 1.42015年9月30日Group: Database references
改定 1.52019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.62023年3月29日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_2 ...audit_author / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 18-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 19-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 18-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 19-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALGINATE PRODUCTION PROTEIN ALGE
B: ALGINATE PRODUCTION PROTEIN ALGE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,51333
ポリマ－102,3992
非ポリマー8,11431
水3,675204
1
A: ALGINATE PRODUCTION PROTEIN ALGE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,72719
ポリマ－51,2001
非ポリマー4,52818
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ALGINATE PRODUCTION PROTEIN ALGE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,78614
ポリマ－51,2001
非ポリマー3,58613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.672, 77.463, 240.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9796, 0.1544, -0.1289), (-0.1551, 0.9879, 0.004626), (0.1281, 0.01547, 0.9916)
ベクター: -35.98, -38.46, -0.2397)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ALGINATE PRODUCTION PROTEIN ALGE / ALGE


分子量: 51199.520 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 33-490 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
解説: HOLLOWAY COLLECTION / プラスミド: ALGE-PET200/D-TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P18895

-
非ポリマー , 7種, 235分子

#2: 化合物...
ChemComp-78M / (2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / 7.8 MONOACYLGLYCEROL


分子量: 314.460 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O4
#3: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#6: 化合物 ChemComp-78N / (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / 7.8 MONOACYLGLYCEROL (2R)


分子量: 314.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O4
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE (78M): BOTH 2S AND 2R PRESENT. LIPIDS WITHOUT ...(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE (78M): BOTH 2S AND 2R PRESENT. LIPIDS WITHOUT HEADGROUP SEEN MODELLED AS ALKYL CHAINS - BUT THESE COULD BE DETERGENT.
配列の詳細STRUCTURE CONTAINS FOLLOWING RESIDUES 38-105, 117-471, 475- 490 DATABASE PSEUDOMONAS GENOME ...STRUCTURE CONTAINS FOLLOWING RESIDUES 38-105, 117-471, 475- 490 DATABASE PSEUDOMONAS GENOME DATABASE (V2) STRUCTURE CONTAINS FOLLOWING RESIDUES 39-105, 116-440, 454- 490 DATABASE PSEUDOMONAS GENOME DATABASE (V2)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.26 % / 解説: NONE
結晶化手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, 1.1 M SODIUM ACETATE IN SOLUTION; PROTEIN RECONSTITUTED IN LIPIDIC CUBIC PHASE USING 7.8 MAG AS THE HOSTING LIPID.

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月17日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→55.64 Å / Num. obs: 45680 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 35.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RBH

3rbh


解像度: 2.402→48.865 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2436 2299 5 %
Rwork0.2205 --
obs0.2217 45596 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.62 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.17 Å20 Å20 Å2
2---5 Å20 Å2
3----6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.402→48.865 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6903 0 333 204 7440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0197479
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10910050
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2982769
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081999
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041322
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.402-2.45420.3411550.30622667X-RAY DIFFRACTION100
2.4542-2.51130.3271350.28852688X-RAY DIFFRACTION100
2.5113-2.57410.31811250.27172714X-RAY DIFFRACTION100
2.5741-2.64370.29871510.26412655X-RAY DIFFRACTION100
2.6437-2.72150.31371420.25822664X-RAY DIFFRACTION100
2.7215-2.80940.28191460.24352712X-RAY DIFFRACTION100
2.8094-2.90970.28991440.23622687X-RAY DIFFRACTION100
2.9097-3.02620.26491390.24062691X-RAY DIFFRACTION100
3.0262-3.16390.27871350.22212686X-RAY DIFFRACTION99
3.1639-3.33070.23091500.20952694X-RAY DIFFRACTION99
3.3307-3.53930.22221420.19462717X-RAY DIFFRACTION99
3.5393-3.81250.20481470.19372707X-RAY DIFFRACTION99
3.8125-4.1960.23031450.20562694X-RAY DIFFRACTION99
4.196-4.80270.19631430.18262724X-RAY DIFFRACTION99
4.8027-6.04910.20561510.20672753X-RAY DIFFRACTION99
6.0491-48.87540.2571490.23932844X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.871-0.95521.21241.5203-0.84090.8283-0.0776-0.0059-0.17910.5478-0.02270.1363-0.244-0.03060.10390.4117-0.12460.12070.40320.01150.311-49.4241-22.5869-35.13
22.09820.42470.26731.47210.24840.17820.07930.0575-0.00230.3764-0.11140.1499-0.2967-0.26920.11910.3370.02410.02720.22110.00160.1613-42.1951-4.4699-38.6512
31.8007-0.5328-0.61941.5425-0.12481.29490.0397-0.26-0.06490.4062-0.12810.0156-0.309-0.15340.02470.3859-0.0896-0.04650.16180.04230.1734-31.1113-8.6569-28.4093
41.88350.4148-0.63322.1292-0.15511.74620.1321-0.2252-0.17030.5737-0.2899-0.11510.0649-0.0712-0.03980.4063-0.0501-0.07040.10110.0990.2045-30.1369-25.1415-33.5328
50.8869-0.0054-0.44111.92320.05310.32220.0372-0.1015-0.02920.2723-0.0642-0.1632-0.06030.24810.1410.2845-0.068-0.06460.18710.01620.185-19.934313.0478-34.7253
61.52730.42620.75281.79540.46260.3950.0887-0.12410.08370.4994-0.1626-0.1805-0.07780.07530.03270.3479-0.0425-0.06010.1345-0.03830.131-16.918330.7374-33.5954
72.5221-0.3526-1.20752.1416-0.04810.97690.0982-0.07130.07030.4037-0.1432-0.4429-0.08250.17870.06390.2214-0.1469-0.14230.26160.02270.2621-1.334329.3209-31.5512
82.48551.5190.11162.8971-0.15620.67510.0248-0.0061-0.11730.2733-0.1498-0.45130.03260.30490.11240.28670.0223-0.10450.26990.00920.3578-2.505913.9566-34.7518
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 39:125)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 126:236)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 237:354)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 355:490)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 38:117)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 118:249)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 250:358)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 359:490)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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