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- PDB-4b60: Structure of rFnBPA(189-505) in complex with fibrinogen gamma cha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b60
タイトルStructure of rFnBPA(189-505) in complex with fibrinogen gamma chain C- terminal peptide
要素
  • FIBRINOGEN GAMMA CHAIN
  • FIBRONECTIN-BINDING PROTEIN A
キーワードCELL ADHESION / FNBPA / FIBRINOGEN / FIBRINOGEN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


aggregation of unicellular organisms / platelet maturation / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / fibrinogen binding / platelet alpha granule / blood coagulation, fibrin clot formation / cellular response to interleukin-6 / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion ...aggregation of unicellular organisms / platelet maturation / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / fibrinogen binding / platelet alpha granule / blood coagulation, fibrin clot formation / cellular response to interleukin-6 / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / extracellular matrix structural constituent / plasminogen activation / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of exocytosis / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / fibronectin binding / protein secretion / protein polymerization / cellular response to interleukin-1 / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of vasoconstriction / cell adhesion molecule binding / fibrinolysis / Integrin signaling / cell-matrix adhesion / platelet alpha granule lumen / positive regulation of protein secretion / Post-translational protein phosphorylation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / platelet aggregation / response to calcium ion / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Platelet degranulation / ER-Phagosome pathway / protein-containing complex assembly / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / blood microparticle / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / structural molecule activity / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibronectin binding repeat / Fibronectin binding repeat / Fibrinogen-binding domain 2 / C-terminus of bacterial fibrinogen-binding adhesin / Immunoglobulin-like - #1290 / Immunoglobulin-like - #1280 / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Fibrogen-binding domain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, coiled coil domain ...Fibronectin binding repeat / Fibronectin binding repeat / Fibrinogen-binding domain 2 / C-terminus of bacterial fibrinogen-binding adhesin / Immunoglobulin-like - #1290 / Immunoglobulin-like - #1280 / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Fibrogen-binding domain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, coiled coil domain / Fibrinogen alpha chain / Fibrinogen alpha/beta chain family / Fibrinogen alpha/beta chain family / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / Adhesion domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibrinogen gamma chain / Fibronectin-binding protein A
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Stemberk, V. / Moroz, O. / Atkin, K.E. / Turkenburg, J.P. / Potts, J.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Evidence for Steric Regulation of Fibrinogen Binding to Staphylococcus Aureus Fibronectin-Binding Protein a (Fnbpa).
著者: Stemberk, V. / Jones, R.P. / Moroz, O. / Atkin, K.E. / Edwards, A.M. / Turkenburg, J.P. / Leech, A.P. / Massey, R.C. / Potts, J.R.
履歴
登録2012年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references
改定 1.22014年5月14日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIBRONECTIN-BINDING PROTEIN A
B: FIBRONECTIN-BINDING PROTEIN A
C: FIBRINOGEN GAMMA CHAIN
D: FIBRINOGEN GAMMA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9345
ポリマ－74,8944
非ポリマー401
水7,314406
1
A: FIBRONECTIN-BINDING PROTEIN A
C: FIBRINOGEN GAMMA CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4472
ポリマ－37,4472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-7.4 kcal/mol
Surface area14650 Å2
手法PISA
2
B: FIBRONECTIN-BINDING PROTEIN A
D: FIBRINOGEN GAMMA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4873
ポリマ－37,4472
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.510, 59.050, 73.490
Angle α, β, γ (deg.)91.86, 98.05, 97.87
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 FIBRONECTIN-BINDING PROTEIN A / RFNBPA


分子量: 35755.328 Da / 分子数: 2 / 断片: N2N3, RESIDUES 189-505 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14738
#2: タンパク質・ペプチド FIBRINOGEN GAMMA CHAIN


分子量: 1691.780 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINUS, RESIDUES 421-433 / 由来タイプ: 合成
詳細: REPRESENTS THE LAST 17 C-TERMINAL RESIDUES OF THE FIBRINOGEN GAMMA CHAIN, ISOFORM GAMMA-A
由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P02679
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細GPAM N-TERMINAL RESISDUES FROM VECTOR THE LAST 17 C-TERMINAL RESIDUES OF THE FIBRINOGEN GAMMA ...GPAM N-TERMINAL RESISDUES FROM VECTOR THE LAST 17 C-TERMINAL RESIDUES OF THE FIBRINOGEN GAMMA CHAIN, ISOFORM GAMMA-A

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.93 % / 解説: NONE
結晶化詳細: PEG 2K MME 25%, 0.2 M CA AC, ISOPROPANOL 10%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91731
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→58.4 Å / Num. obs: 51268 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.83→1.87 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 67.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4B5Z

4b5z


解像度: 1.83→58.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 6.414 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 189-194, 479-489 AND 504-505 FROM CHAINS A AND B ARE ABSENT AND RESIDUES 1-3 FORM THE C CHAIN AND 1-5 FROM THE D CHAIN ARE ABSENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24593 2600 5.1 %RANDOM
Rwork0.19847 ---
obs0.20088 48668 93.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20.04 Å2-0.03 Å2
2--0.08 Å2-0.09 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→58.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4791 0 1 406 5198
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0194871
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5571.9316594
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.777310363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8075611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.43926.22246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.87415817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9781512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2747
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021143
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.827→1.875 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 136 -
Rwork0.275 2629 -
obs--67.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36960.07760.1470.33580.41511.39710.0007-0.025-0.00410.0371-0.00530.00760.02270.00640.00460.0665-0.01110.00730.02670.05320.12830.917-2.134-6.2325
21.0041-0.4855-1.21470.46890.88123.35130.0188-0.0281-0.0612-0.03950.04850.04720.07970.1551-0.06730.0777-0.0123-0.0070.03690.04440.136210.027623.718-17.8594
36.48531.962111.14681.84954.696921.3794-0.10370.2550.1975-0.25620.05320.0021-0.49380.37570.05060.0718-0.02160.00130.04290.05340.1099-3.19571.3615-21.7883
46.1396-2.6554-12.30333.00786.65626.2738-0.3767-0.2437-0.38380.2435-0.11080.18050.77070.25860.48750.03870.00450.03690.0720.06470.16459.189526.37077.644
50.06780.06840.01910.22310.16390.32410.0055-0.0302-0.00820.0018-0.00340.01450.03260.0351-0.00220.0353-0.00340.0020.04620.05420.10427.516414.0635-6.3726
600000000000000-00.1128-0.0880.02920.11630.01250.036525.659316.6407-41.8716
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A195 - 345
2X-RAY DIFFRACTION1A346 - 501
3X-RAY DIFFRACTION2B195 - 345
4X-RAY DIFFRACTION2B346 - 501
5X-RAY DIFFRACTION3C4 - 17
6X-RAY DIFFRACTION4D6 - 17
7X-RAY DIFFRACTION5A2001 - 2201
8X-RAY DIFFRACTION5B2001 - 2196
9X-RAY DIFFRACTION5C - B2001 - 2005
10X-RAY DIFFRACTION5D - B2001 - 2004
11X-RAY DIFFRACTION6B1502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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