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- PDB-4b5x: Crystal structures of divalent metal dependent pyruvate aldolase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b5x
タイトルCrystal structures of divalent metal dependent pyruvate aldolase (HpaI), mutant D42A
要素4-HYDROXY-2-OXO-HEPTANE-1,7-DIOATE ALDOLASE
キーワードLYASE / CATALYTIC MECHANISM
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-2-ketopimelate aldolase activity / 4-hydroxy-2-oxoheptanedioate aldolase / : / phenylacetate catabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-2-oxo-heptane-1,7-dioate aldolase, Enterobacteriales / 2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase domain / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 4-hydroxy-2-oxo-heptane-1,7-dioate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI ATCC 8739 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Coincon, M. / Wang, W. / Seah, S.Y.K. / Sygusch, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Reaction Intermediates in Pyruvate Class II Aldolase: Substrate Cleavage, Enolate Stabilization and Substrate Specificity
著者: Coincon, M. / Wang, W. / Sygusch, J. / Seah, S.Y.K.
履歴
登録2012年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Atomic model / Database references
改定 1.22012年9月26日Group: Atomic model
改定 1.32012年10月31日Group: Database references
改定 1.42017年7月12日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-HYDROXY-2-OXO-HEPTANE-1,7-DIOATE ALDOLASE
B: 4-HYDROXY-2-OXO-HEPTANE-1,7-DIOATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,05012
ポリマ－56,1062
非ポリマー94410
水16,141896
1
A: 4-HYDROXY-2-OXO-HEPTANE-1,7-DIOATE ALDOLASE
B: 4-HYDROXY-2-OXO-HEPTANE-1,7-DIOATE ALDOLASE
ヘテロ分子

A: 4-HYDROXY-2-OXO-HEPTANE-1,7-DIOATE ALDOLASE
B: 4-HYDROXY-2-OXO-HEPTANE-1,7-DIOATE ALDOLASE
ヘテロ分子

A: 4-HYDROXY-2-OXO-HEPTANE-1,7-DIOATE ALDOLASE
B: 4-HYDROXY-2-OXO-HEPTANE-1,7-DIOATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,15036
ポリマ－168,3186
非ポリマー2,83230
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
Buried area31700 Å2
ΔGint-344.3 kcal/mol
Surface area48100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.170, 151.170, 151.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2123-

HOH

21A-2126-

HOH

31B-2113-

HOH

41B-2120-

HOH

51B-2390-

HOH

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要素

#1: タンパク質 4-HYDROXY-2-OXO-HEPTANE-1,7-DIOATE ALDOLASE / HPAI / 2 / 4-DIHYDROXYHEPT-2-ENE-1 / 7-DIOIC ACID ALDOLASE / HHED ALDOLASE / 4-HYDROXY-2- ...HPAI / 2 / 4-DIHYDROXYHEPT-2-ENE-1 / 7-DIOIC ACID ALDOLASE / HHED ALDOLASE / 4-HYDROXY-2-KETOHEPTANE-1 / 7-DIOATE ALDOLASE / HKHD ALDOLASE


分子量: 28053.037 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI ATCC 8739 (大腸菌)
プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B1IS70, 2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 896 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.75 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.5 M AMMONIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, 30% GLYCEROL, 2 MM COCL2 PH 5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / タイプ: NSLS / 波長: 1.0809
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30.86 Å / Num. obs: 103465 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 17.8 % / Biso Wilson estimate: 26.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V5J

2v5j


解像度: 1.8→30.234 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1928 10328 10 %
Rwork0.1649 --
obs0.1677 103400 97.42 %
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 4 Å2 / ksol: 4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.234 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3808 0 52 896 4756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0173922
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4755345
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5991435
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.111604
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007703
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82050.34422940.31682582X-RAY DIFFRACTION83
1.8205-1.84190.30483070.30482707X-RAY DIFFRACTION85
1.8419-1.86440.30833100.29522706X-RAY DIFFRACTION87
1.8644-1.88790.28193220.27992832X-RAY DIFFRACTION90
1.8879-1.91280.28273260.2642916X-RAY DIFFRACTION91
1.9128-1.9390.27712960.2392969X-RAY DIFFRACTION94
1.939-1.96670.25353320.23593063X-RAY DIFFRACTION96
1.9667-1.9960.23813380.22523106X-RAY DIFFRACTION98
1.996-2.02720.26143470.21813140X-RAY DIFFRACTION99
2.0272-2.06040.22943430.2083144X-RAY DIFFRACTION100
2.0604-2.0960.21583700.20673175X-RAY DIFFRACTION100
2.096-2.13410.22463530.19253170X-RAY DIFFRACTION100
2.1341-2.17510.23473470.18473103X-RAY DIFFRACTION100
2.1751-2.21950.20513540.17853213X-RAY DIFFRACTION100
2.2195-2.26770.20113540.17213173X-RAY DIFFRACTION100
2.2677-2.32050.20443490.1813161X-RAY DIFFRACTION100
2.3205-2.37850.21083560.17653199X-RAY DIFFRACTION100
2.3785-2.44280.20923430.17213153X-RAY DIFFRACTION100
2.4428-2.51460.20353530.1723176X-RAY DIFFRACTION100
2.5146-2.59570.19883510.16033205X-RAY DIFFRACTION100
2.5957-2.68840.18643480.15363163X-RAY DIFFRACTION100
2.6884-2.7960.18993610.15753192X-RAY DIFFRACTION100
2.796-2.92320.19053500.15443180X-RAY DIFFRACTION100
2.9232-3.07710.19663490.14873211X-RAY DIFFRACTION100
3.0771-3.26970.17843640.1453193X-RAY DIFFRACTION100
3.2697-3.52180.16723570.13443211X-RAY DIFFRACTION100
3.5218-3.87560.15523510.12733217X-RAY DIFFRACTION100
3.8756-4.43490.14263630.11953214X-RAY DIFFRACTION100
4.4349-5.58170.14913650.13053256X-RAY DIFFRACTION100
5.5817-30.23830.21533750.19813342X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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