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- PDB-4b5u: Crystal structures of divalent metal dependent pyruvate aldolase,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b5u
タイトルCrystal structures of divalent metal dependent pyruvate aldolase, HpaI, in complex with pyruvate and succinic semialdehyde
要素4-HYDROXY-2-OXO-HEPTANE-1,7-DIOATE ALDOLASE
キーワードLYASE / CATALYTIC MECHANISM
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-2-ketopimelate aldolase activity / 4-hydroxy-2-oxoheptanedioate aldolase / : / phenylacetate catabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-2-oxo-heptane-1,7-dioate aldolase, Enterobacteriales / : / 2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase domain / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PYRUVIC ACID / 4-oxobutanoic acid / 4-hydroxy-2-oxo-heptane-1,7-dioate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI ATCC 8739 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.913 Å
データ登録者Coincon, M. / Wang, W. / Seah, S.Y.K. / Sygusch, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Reaction Intermediates in Pyruvate Class II Aldolase: Substrate Cleavage, Enolate Stabilization and Substrate Specificity
著者: Coincon, M. / Wang, W. / Sygusch, J. / Seah, S.Y.K.
履歴
登録2012年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Atomic model / Database references
改定 1.22012年10月31日Group: Database references
改定 1.32017年7月12日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年12月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-HYDROXY-2-OXO-HEPTANE-1,7-DIOATE ALDOLASE
B: 4-HYDROXY-2-OXO-HEPTANE-1,7-DIOATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,75112
ポリマ－54,0202
非ポリマー73110
水14,556808
1
A: 4-HYDROXY-2-OXO-HEPTANE-1,7-DIOATE ALDOLASE
B: 4-HYDROXY-2-OXO-HEPTANE-1,7-DIOATE ALDOLASE
ヘテロ分子

A: 4-HYDROXY-2-OXO-HEPTANE-1,7-DIOATE ALDOLASE
B: 4-HYDROXY-2-OXO-HEPTANE-1,7-DIOATE ALDOLASE
ヘテロ分子

A: 4-HYDROXY-2-OXO-HEPTANE-1,7-DIOATE ALDOLASE
B: 4-HYDROXY-2-OXO-HEPTANE-1,7-DIOATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,25236
ポリマ－162,0596
非ポリマー2,19330
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
Buried area30150 Å2
ΔGint-240.9 kcal/mol
Surface area45010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.130, 151.130, 151.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2066-

HOH

21A-2137-

HOH

31B-2105-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 4-HYDROXY-2-OXO-HEPTANE-1,7-DIOATE ALDOLASE / HPAI / 2 / 4-DIHYDROXYHEPT-2-ENE-1 / 7-DIOIC ACID ALDOLASE / HHED ALDOLASE / 4-HYDROXY-2- ...HPAI / 2 / 4-DIHYDROXYHEPT-2-ENE-1 / 7-DIOIC ACID ALDOLASE / HHED ALDOLASE / 4-HYDROXY-2-KETOHEPTANE-1 / 7-DIOATE ALDOLASE / HKHD ALDOLASE


分子量: 27009.793 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-251 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI ATCC 8739 (大腸菌)
プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B1IS70, 2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase

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非ポリマー , 6種, 818分子

#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#6: 化合物 ChemComp-SSN / 4-oxobutanoic acid / Succinic semialdehyde / こはく酸セミアルデヒド


分子量: 102.089 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 808 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.17 % / 解説: WE REPORTED RPIM INSTEAD OF RMERGE
結晶化詳細: 0.5 M AMMONIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, 30% GLYCEROL, 2 MM COCL2 PH 5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→41.9 Å / Num. obs: 87289 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 21.8 % / Biso Wilson estimate: 18.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 1.91→1.96 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 81.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V5J

2v5j


解像度: 1.913→41.916 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 2 / 位相誤差: 12.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1539 6546 7.5 %
Rwork0.1304 --
obs0.1322 87275 98.64 %
溶媒の処理減衰半径: 1.4 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 4 Å2 / ksol: 4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.913→41.916 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3800 0 42 808 4650
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143933
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3875343
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8241461
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087603
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006712
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.913-1.93480.26831330.25341645X-RAY DIFFRACTION62
1.9348-1.95750.23432150.20282646X-RAY DIFFRACTION97
1.9575-1.98140.22822180.18762692X-RAY DIFFRACTION100
1.9814-2.00650.18932180.17012689X-RAY DIFFRACTION100
2.0065-2.03290.18852200.15732717X-RAY DIFFRACTION100
2.0329-2.06070.18092230.14612740X-RAY DIFFRACTION100
2.0607-2.09020.16452170.14052684X-RAY DIFFRACTION100
2.0902-2.12140.15732180.13192690X-RAY DIFFRACTION100
2.1214-2.15450.15122230.13812740X-RAY DIFFRACTION100
2.1545-2.18980.15242190.12812714X-RAY DIFFRACTION100
2.1898-2.22760.15412200.13372701X-RAY DIFFRACTION100
2.2276-2.26810.15252200.13332722X-RAY DIFFRACTION100
2.2681-2.31170.15522210.12612725X-RAY DIFFRACTION100
2.3117-2.35890.16362200.12392715X-RAY DIFFRACTION100
2.3589-2.41020.14042170.12222675X-RAY DIFFRACTION100
2.4102-2.46630.16112220.12492732X-RAY DIFFRACTION100
2.4663-2.52790.15592190.11862698X-RAY DIFFRACTION100
2.5279-2.59630.1512220.1252751X-RAY DIFFRACTION100
2.5963-2.67270.15832200.12042702X-RAY DIFFRACTION100
2.6727-2.75890.14422230.12252751X-RAY DIFFRACTION100
2.7589-2.85750.16462200.12562714X-RAY DIFFRACTION100
2.8575-2.97190.15822200.12432714X-RAY DIFFRACTION100
2.9719-3.10710.1472240.1222763X-RAY DIFFRACTION100
3.1071-3.27080.14622200.1182717X-RAY DIFFRACTION100
3.2708-3.47570.1372210.11442730X-RAY DIFFRACTION100
3.4757-3.74390.13512250.11182765X-RAY DIFFRACTION100
3.7439-4.12030.11932240.10782771X-RAY DIFFRACTION100
4.1203-4.71590.12912230.10682752X-RAY DIFFRACTION100
4.7159-5.93880.1422280.13362805X-RAY DIFFRACTION100
5.9388-41.9260.18462330.1792869X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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