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- PDB-4b5m: Neisseria AP endonuclease bound to the substrate with a cytosine ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b5m
タイトルNeisseria AP endonuclease bound to the substrate with a cytosine orphan base
要素
  • 5'-D(*3DRP*CP*AP*TP*CP*GP)-3'
  • 5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP)-3'
  • PUTATIVE EXODEOXYRIBONUCLEASE
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / phosphoric diester hydrolase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / base-excision repair / endonuclease activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / : / Exodeoxyribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.758 Å
データ登録者Lu, D. / Silhan, J. / MacDonald, J.T. / Carpenter, E.P. / Jensen, K. / Tang, C.M. / Baldwin, G.S. / Freemont, P.S.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for the recognition and cleavage of abasic DNA in Neisseria meningitidis.
著者: Lu, D. / Silhan, J. / MacDonald, J.T. / Carpenter, E.P. / Jensen, K. / Tang, C.M. / Baldwin, G.S. / Freemont, P.S.
履歴
登録2012年8月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE EXODEOXYRIBONUCLEASE
B: PUTATIVE EXODEOXYRIBONUCLEASE
C: PUTATIVE EXODEOXYRIBONUCLEASE
L: 5'-D(*3DRP*CP*AP*TP*CP*GP)-3'
M: 5'-D(*3DRP*CP*AP*TP*CP*GP)-3'
N: 5'-D(*3DRP*CP*AP*TP*CP*GP)-3'
U: 5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP)-3'
V: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'
W: 5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP)-3'
X: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'
Y: 5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP)-3'
Z: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,64212
ポリマ－108,64212
非ポリマー00
水00
1
A: PUTATIVE EXODEOXYRIBONUCLEASE
L: 5'-D(*3DRP*CP*AP*TP*CP*GP)-3'
U: 5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP)-3'
V: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2144
ポリマ－36,2144
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-16.9 kcal/mol
Surface area13140 Å2
手法PISA
2
B: PUTATIVE EXODEOXYRIBONUCLEASE
M: 5'-D(*3DRP*CP*AP*TP*CP*GP)-3'
W: 5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP)-3'
X: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2144
ポリマ－36,2144
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13230 Å2
手法PISA
3
C: PUTATIVE EXODEOXYRIBONUCLEASE
N: 5'-D(*3DRP*CP*AP*TP*CP*GP)-3'
Y: 5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP)-3'
Z: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2144
ポリマ－36,2144
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-13.8 kcal/mol
Surface area13190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.050, 77.050, 382.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 1:257 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 1:257 )
311CHAIN C AND (RESSEQ 1:257 )

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE EXODEOXYRIBONUCLEASE / NEISSERIA AP ENDONUCLEASE


分子量: 29699.594 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: C9X331, UniProt: Q7DD47*PLUS
#2: DNA鎖 5'-D(*3DRP*CP*AP*TP*CP*GP)-3'


分子量: 1660.107 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP)-3'


分子量: 1480.012 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)
#4: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'


分子量: 3374.210 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.93 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→50.1 Å / Num. obs: 30548 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 68.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.758→50.102 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2767 1529 5.1 %
Rwork0.2302 --
obs0.2325 30270 97.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.463 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.0887 Å20 Å20 Å2
2--14.0887 Å20 Å2
3----28.1773 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.758→50.102 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6257 1305 0 0 7562
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00510917
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3832974
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661120
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031188
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2077X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2077X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.023
13C2077X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.758-2.85660.49651680.39392838X-RAY DIFFRACTION99
2.8566-2.97090.37551460.34242850X-RAY DIFFRACTION99
2.9709-3.10610.39371510.32835X-RAY DIFFRACTION99
3.1061-3.26990.29991320.27562847X-RAY DIFFRACTION99
3.2699-3.47470.33481590.27692851X-RAY DIFFRACTION98
3.4747-3.74290.31431250.29872635X-RAY DIFFRACTION90
3.7429-4.11940.27561620.23792804X-RAY DIFFRACTION96
4.1194-4.71510.22291700.16762918X-RAY DIFFRACTION99
4.7151-5.9390.22211490.18193035X-RAY DIFFRACTION100
5.939-50.110.24571670.19373128X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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