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万見
- PDB-4b5i: Product complex of Neisseria AP endonuclease in presence of metal ions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b5i
タイトルProduct complex of Neisseria AP endonuclease in presence of metal ions
要素
  • 5'-D(*3DRP*CP*AP*TP*CP*GP)-3'
  • 5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP)-3'
  • PUTATIVE EXODEOXYRIBONUCLEASE
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / phosphoric diester hydrolase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / base-excision repair / endonuclease activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / : / Exodeoxyribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.555 Å
データ登録者Lu, D. / Silhan, J. / MacDonald, J.T. / Carpenter, E.P. / Jensen, K. / Tang, C.M. / Baldwin, G.S. / Freemont, P.S.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for the recognition and cleavage of abasic DNA in Neisseria meningitidis.
著者: Lu, D. / Silhan, J. / MacDonald, J.T. / Carpenter, E.P. / Jensen, K. / Tang, C.M. / Baldwin, G.S. / Freemont, P.S.
履歴
登録2012年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE EXODEOXYRIBONUCLEASE
U: 5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP)-3'
V: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'
X: 5'-D(*3DRP*CP*AP*TP*CP*GP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3095
ポリマ－36,2544
非ポリマー551
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-18.5 kcal/mol
Surface area12620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.090, 69.090, 119.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PUTATIVE EXODEOXYRIBONUCLEASE / NEISSERIA AP ENDONUCLEASE


分子量: 29699.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: C9X331, UniProt: Q7DD47*PLUS, exodeoxyribonuclease III

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DNA鎖 , 3種, 3分子 UVX

#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP)-3'


分子量: 1480.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*CP)-3'


分子量: 3414.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)
#4: DNA鎖 5'-D(*3DRP*CP*AP*TP*CP*GP)-3' / DNA 6MER CONTAINING ABASIC RESIDUE


分子量: 1660.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)

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非ポリマー , 2種, 33分子

#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.55 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9797
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→59.8 Å / Num. obs: 9098 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.555→45.231 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2515 448 4.9 %
Rwork0.2047 --
obs0.207 9098 91.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.214 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4179 Å20 Å20 Å2
2--2.4179 Å20 Å2
3----4.8359 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.555→45.231 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2072 438 1 32 2543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032683
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5363627
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.366987
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001393
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5548-2.92440.37011310.29972538X-RAY DIFFRACTION83
2.9244-3.68420.28721560.21612894X-RAY DIFFRACTION93
3.6842-45.23770.211610.1793218X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.517-1.4469-0.38932.92161.1931.3782-0.4045-0.45480.27830.79620.5422-0.19190.0752-0.14130.05240.28220.1041-0.060.3077-0.07330.1131-13.488929.191514.2242
20.295-0.3889-0.18740.50760.16430.1889-0.2017-0.467-0.47420.2581-0.07880.1421-0.4416-0.37480.00010.34650.13510.01460.36050.01090.4093-21.856337.05278.0559
32.0593-0.04140.55021.27181.02611.7643-0.3194-0.3924-0.06830.0176-0.22820.1855-0.0421-0.4349-0.67480.04550.00140.14860.30410.03460.1328-25.682923.55098.1398
40.2223-0.0904-0.26310.42921.13053.0281-0.1320.09780.11450.23730.0360.32430.827-0.2615-0.01680.1791-0.08490.02650.2835-0.05660.4941-31.045817.88722.0998
51.04691.3158-0.64181.8183-0.07863.6570.706-0.2861-0.7002-0.149-0.29340.45280.0356-0.02270.18460.12450.0162-0.20710.4311-0.09470.356-28.913933.3065-5.7231
61.18460.0453-0.33291.911-0.23591.604-0.11670.1713-0.5277-0.74710.08380.51240.6665-0.35350.00060.3420.0043-0.02690.2141-0.03490.2898-18.994115.1237-4.6916
70.5965-0.6561-0.76864.7541.01861.929-0.216-0.027-0.2011-0.18610.5648-0.5320.30970.08270.19670.12450.0701-0.04350.2731-0.08880.2406-9.12420.54850.1825
80.0496-0.04590.00310.0413-0.0007-0.00060.15161.47770.22020.50650.578-0.14150.6407-0.28180.0021.2308-0.11270.37040.65060.08960.8651-18.88869.235922.9656
90.0616-0.0646-0.00640.0629-0.00190.01520.4130.5403-0.6861-0.11550.05290.19060.3295-0.22360.00160.89180.10770.0871.23290.63121.0189-14.1052-7.74956.8885
100.2630.1964-0.07740.1366-0.05780.01980.3052-0.6113-1.25320.9066-0.68850.3011-0.2996-0.03130.00120.86540.33770.00320.7224-0.23580.6601-11.53111.26220.6194
110.50310.29030.12470.2145-0.0630.3190.3411-0.2499-0.49390.098-0.2982-0.61080.21720.3943-0.00060.90540.261-0.06760.5113-0.00270.7564-9.7163-1.03496.2878
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:70)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 71:85)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 86:119)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 120:136)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 137:142)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 143:196)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 197:256)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN U AND RESID 31:35)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN V AND RESID 42:46)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN V AND RESID 47:52)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN X AND RESID 36:41)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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