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- PDB-4b4r: Crystal Structure of the lectin domain of F18 fimbrial adhesin Fe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b4r
タイトルCrystal Structure of the lectin domain of F18 fimbrial adhesin FedF in complex with blood group B type 1 hexasaccharide
要素F18 FIMBRIAL ADHESIN AC
キーワードCELL ADHESION / FIMBRIAE / BACTERIAL ADHESINS / PROTEIN-CARBOHYDRATE INTERACTIONS / ABH BLOOD GROUP BINDING
機能・相同性Jelly Rolls - #1210 / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / F18 fimbrial adhesin AC
機能・相同性情報
生物種ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Moonens, K. / Bouckaert, J. / Coddens, A. / Tran, T. / Panjikar, S. / De Kerpel, M. / Cox, E. / Remaut, H. / De Greve, H.
引用
ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2012
タイトル: Structural Insight in Histo-Blood Group Binding by the F18 Fimbrial Adhesin Fedf.
著者: Moonens, K. / Bouckaert, J. / Coddens, A. / Tran, T. / Panjikar, S. / De Kerpel, M. / Cox, E. / Remaut, H. / De Greve, H.
#1: ジャーナル: Microb.Pathog. / 年: 1996
タイトル: Characterization of F18 Fimbrial Genes Fede and Fedf Involved in Adhesion and Length of Enterotoxemic Escherichia Coli Strain 107/86.
著者: Imberechts, H. / Wild, P. / Charlier, G. / De Greve, H. / Lintermans, P. / Pohl, P.
履歴
登録2012年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F18 FIMBRIAL ADHESIN AC
B: F18 FIMBRIAL ADHESIN AC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6544
ポリマ－32,6222
非ポリマー2,0322
水1,54986
1
A: F18 FIMBRIAL ADHESIN AC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3272
ポリマ－16,3111
非ポリマー1,0161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: F18 FIMBRIAL ADHESIN AC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3272
ポリマ－16,3111
非ポリマー1,0161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.900, 54.700, 145.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 F18 FIMBRIAL ADHESIN AC / FEDF / FIMBRIAL ADHESIN FEDF


分子量: 16311.161 Da / 分子数: 2 / 断片: LECTIN DOMAIN, RESIDUES 35-185 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FEDF LECTIN DOMAIN COMPRISING RESIDUS 15-165 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 株: 107/86 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q47212
#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido- ...alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1015.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-2[DGalpa1-3]DGalpb1-3DGlcpNAcb1-3DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,6,5/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3-2-4-5/a4-b1_b3-c1_c3-d1_d2-e1_d3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-Galp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細BLOOD GROUP B TYPE 1 HEXASACCHARIDE DERIVED FROM SUS SCROFA DOMESTICA. BLOOD GROUP DETERMINANT ...BLOOD GROUP B TYPE 1 HEXASACCHARIDE DERIVED FROM SUS SCROFA DOMESTICA. BLOOD GROUP DETERMINANT ACQUIRED FROM ELICITYL (FRANCE)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.17 M AMMONIUM SULFATE, 25.5% (W/V) PEG 4000 AND 15% (V/V) GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 25267 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4B4P

4b4p


解像度: 1.8→51.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 6.841 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SIDE CHAINS WITH POOR OR MISSING ELECTRON DENSITY WERE MODELLED IN MOST LIKELY CONFORMER, WITH OCCUPANCY SET TO 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25557 1330 5 %RANDOM
Rwork0.2119 ---
obs0.21411 25267 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.752 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20 Å20 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→51.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2169 0 138 86 2393
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0212388
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0281.9943279
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0335292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.98324.78392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.91315354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.204157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211707
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1331.51415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.81822289
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.883973
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1794.5984
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 98 -
Rwork0.259 1861 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.20011.10160.62763.49150.02893.2623-0.0818-0.41360.41710.1230.04910.074-0.185-0.19360.03270.16060.07050.03520.11660.00570.1593-10.38-4.33417.095
22.46560.31880.53960.63680.13521.22680.0654-0.13540.07740.1347-0.0011-0.0505-0.05490.1312-0.06440.13670.01550.01430.14050.02450.0769-0.346-11.81917.579
32.05050.27750.7911.61180.35532.48090.09770.1899-0.1434-0.04260.04950.02340.01720.0191-0.14720.11650.03280.01090.12260.050.0832-4.984-17.18410.084
48.16351.7718.13823.3882-3.864214.80940.4306-0.28190.06990.4664-0.33950.1123-0.24660.1723-0.09110.3489-0.00560.08780.32-0.01220.200310.49-7.97629.222
55.02370.8383.57532.33522.46139.2312-0.33450.37920.78860.07010.00980.2837-0.39290.34490.32460.1147-0.0027-0.00830.1240.08530.1776-3.018-5.35310.129
65.10050.4897-2.17631.7137-0.90873.628-0.3789-0.4408-0.4674-0.25780.0703-0.20270.76050.5760.30860.35680.05560.06490.12940.02220.1721-2.779-39.11516.198
78.82591.8702-7.73731.3318-2.580314.0909-0.6650.0322-0.3278-0.16450.39010.24690.9768-1.80840.27490.3144-0.08680.06830.50420.03110.2016-21.817-38.31823.775
82.84060.6262-1.51753.0958-1.32162.1913-0.10850.25390.0764-0.16230.21780.24940.204-0.224-0.10930.1871-0.002-0.01490.1040.02940.0678-9.188-29.63714.212
91.7539-0.1332-3.1792.2381-6.05749.3721-0.15690.2529-0.2627-0.0568-0.176-0.00790.29630.13680.3330.25-0.00130.03070.202-0.00130.16330.191-24.5740.11
107.11353.0413-5.66071.6231-2.11045.7647-0.21160.1489-0.055-0.1970.1423-0.01820.269-0.11010.06920.26430.0160.03240.10450.03750.083-5.37-34.60515.495
1125.4478.94732.77913.32243.385618.1834-0.202-2.6963-0.8987-0.2767-0.34140.30810.0189-1.29080.54340.17860.05260.05370.8560.2980.2368-19.222-37.07932.741
122.6007-0.9604-1.85281.53241.74666.5105-0.33590.1933-0.272-0.77510.27030.12980.6703-0.16270.06560.6772-0.1406-0.00810.1797-0.02580.1554-11.194-39.8498.139
137.06421.9488-9.41654.8209-5.461132.2259-0.7040.1301-0.7024-0.64590.2074-0.17121.3102-0.88740.49670.3143-0.05970.05640.0868-0.01350.2187-10.19-45.37316.202
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2A24 - 82
3X-RAY DIFFRACTION3A83 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4A113 - 126
5X-RAY DIFFRACTION5A127 - 148
6X-RAY DIFFRACTION6B5 - 44
7X-RAY DIFFRACTION7B45 - 67
8X-RAY DIFFRACTION8B68 - 93
9X-RAY DIFFRACTION9B94 - 103
10X-RAY DIFFRACTION10B104 - 112
11X-RAY DIFFRACTION11B113 - 126
12X-RAY DIFFRACTION12B127 - 138
13X-RAY DIFFRACTION13B139 - 149

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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