PDB-4b4o: Crystal Structure of human epimerase family protein SDR39U1 (isof...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4b4o

タイトル

Crystal Structure of human epimerase family protein SDR39U1 (isoform2) with NADPH

要素

EPIMERASE FAMILY PROTEIN SDR39U1

キーワード

ISOMERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity / mitochondrion / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Vollmar, M. / Muniz, J.R.C. / Shafqat, N. / Picaud, S. / Krojer, T. / Chaikuad, A. / Pike, A.C.W. / Yue, W.W. / Filippakopoulos, P. / Kavanagh, K.L. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Epimerase Family Protein Sdr39U1 (Isoform2) with Nadph
著者: Vollmar, M. / Muniz, J.R.C. / Shafqat, N. / Picaud, S. / Krojer, T. / Chaikuad, A. / Pike, A.C.W. / Yue, W.W. / Filippakopoulos, P. / Kavanagh, K.L. / von Delft, F. / Weigelt, J. / ...

履歴

登録	2012年7月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4b4o.cif.gz	866.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4b4o.ent.gz	730.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4b4o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/4b4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/4b4o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1r6d-d 1boh-d 3k87-d 4zvz-1 4zvz-2 5u5x-d 3vp4-d 1xro-d 1cf5-1 3h61-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: EPIMERASE FAMILY PROTEIN SDR39U1

B: EPIMERASE FAMILY PROTEIN SDR39U1

C: EPIMERASE FAMILY PROTEIN SDR39U1

D: EPIMERASE FAMILY PROTEIN SDR39U1

E: EPIMERASE FAMILY PROTEIN SDR39U1

F: EPIMERASE FAMILY PROTEIN SDR39U1

G: EPIMERASE FAMILY PROTEIN SDR39U1

H: EPIMERASE FAMILY PROTEIN SDR39U1

ヘテロ分子

265 kDa, 8 ポリマー
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1

A: EPIMERASE FAMILY PROTEIN SDR39U1

ヘテロ分子

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2

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3

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4

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8

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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.824, 83.362, 105.191
Angle α, β, γ (deg.)	89.93, 76.73, 71.52
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	EPIMERASE FAMILY PROTEIN SDR39U1 / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE FAMILY 39U MEMBER 1 分子量: 32054.963 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ISOFORM2 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC-CTHF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: Q9NRG7
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	POLYETHYLENE GLYCOL (PE4): FRAGMENT OF SUSPECTED PEG3350 FROM CRYSTALLISATION
配列の詳細	C TERMINAL RESIDUES AENL ARE DUE TO CLONING

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.2 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.2M NA FORMATE 15W/V PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9792
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 68174 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 4.1 / 冗長度: 7.9 % / B_iso Wilson estimate: 36.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.7→102.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.874 / SU B: 19.214 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.341 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23074	3466	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19791	-	-	-
obs	0.19958	64704	98.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.159 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.08 Å²	0.42 Å²	-0.04 Å²
2-	-	0.05 Å²	-0.2 Å²
3-	-	-	-1.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→102.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17382	0	536	520	18438

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	18400
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	12165
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.539	1.997	25117
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.419	3.005	29629
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.805	5	2363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.271	23.218	696
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.772	15	2508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.591	15	118
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	2830
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	20573
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	3801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.38	226	-
R_work	0.317	4362	-
obs	-	-	89.07 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3992	-0.0314	1.3077	2.4704	0.0946	2.4223	0.2046	0.1525	-0.2969	-0.3259	-0.1232	0.2746	0.3376	-0.1252	-0.0814	0.2033	0.0494	-0.0355	0.1348	-0.0624	0.2208	44.9404	-58.2004	-46.5109
2	1.4322	-0.708	-0.9777	1.4398	1.2807	2.6776	0.0549	0.1137	-0.0319	-0.0153	-0.0728	0.0843	-0.0022	-0.0593	0.0179	0.1148	-0.0038	-0.0262	0.0919	0.0098	0.1577	47.6742	-45.3277	-33.9814
3	3.5103	0.7752	-2.4728	2.0891	-1.1258	3.3952	0.0119	-0.0828	0.0505	0.008	0.0325	0.1142	-0.0724	-0.0899	-0.0444	0.1032	-0.0272	-0.0842	0.1138	-0.0458	0.136	48.2814	-46.3288	-29.8684
4	1.5567	-0.1863	0.6472	2.3673	-0.6767	2.4948	0.0607	-0.1572	-0.2749	0.0489	-0.0192	0.0155	0.3692	-0.1097	-0.0415	0.1621	-0.0114	0.0351	0.1387	0.0023	0.1947	72.6319	-84.9331	-41.7964
5	1.7055	0.1749	-2.1572	0.6579	-0.2395	3.222	-0.073	-0.0394	-0.1145	-0.0163	-0.0177	-0.0573	-0.0455	0.0658	0.0907	0.1552	0.0387	-0.0114	0.0859	-0.0052	0.1374	77.6669	-72.9376	-53.5505
6	1.5333	-1.2167	-1.8145	3.1191	2.7947	4.1942	0.1995	0.1537	0.1081	-0.0742	-0.053	-0.183	-0.07	0.0207	-0.1465	0.1754	0.0431	-0.0508	0.1366	0.0825	0.1287	77.3152	-73.2879	-58.5102
7	1.5893	0.3293	-0.0458	1.8689	-0.3458	3.2751	0.0725	-0.0601	0.0852	0.2795	-0.0129	-0.0882	-0.2621	0.2171	-0.0596	0.1445	0.0377	-0.0166	0.1531	0.0084	0.1803	57.3694	-15.5243	-50.7302
8	1.7671	-0.6162	1.1763	1.2558	-0.4866	1.4193	-0.0105	0.0099	0.001	0.0018	-0.0276	0.0726	0.1049	0.004	0.0381	0.1829	0.0611	0.0383	0.1417	0.0006	0.1532	48.7127	-17.7934	-65.6779
9	3.1557	-1.9205	0.5446	6.8501	0.8718	2.1836	0.0735	0.2121	-0.0048	-0.0384	-0.1005	0.1771	0.0281	0.0532	0.027	0.1568	0.0236	0.0375	0.2023	0.0055	0.0145	48.3337	-14.7318	-68.8695
10	1.2618	0.8726	-0.2868	4.3468	-0.5284	0.4045	-0.0104	0.1519	-0.1885	-0.359	0.1062	-0.2537	0.1874	0.0757	-0.0958	0.1665	-0.0016	-0.0171	0.2099	-0.0625	0.1682	90.0385	-51.3567	-43.8964
11	2.1514	-0.1215	1.4275	1.4434	-0.1004	2.1573	-0.0103	0.0139	0.1144	0.0138	-0.0201	-0.0385	-0.2	-0.0305	0.0304	0.1399	-0.0196	0.0463	0.1637	-0.0115	0.1544	90.2247	-43.6368	-28.0299
12	5.3519	2.4799	0.7375	3.4541	-0.6765	1.1392	0.0363	-0.372	-0.155	-0.05	0.0531	-0.1802	0.1048	-0.0761	-0.0894	0.1909	-0.017	0.0507	0.2497	0.0007	0.068	96.0954	-47.8404	-19.3115
13	1.4514	0.0587	-0.4761	2.3849	-0.264	3.9401	-0.0836	0.2627	0.3392	-0.427	-0.0217	0.0832	-0.3764	-0.0224	0.1052	0.2901	0.0376	-0.0579	0.1674	0.0231	0.2941	76.553	-36.5972	-86.9549
14	2.708	-1.1531	1.5141	1.9379	-0.8082	1.3135	-0.0319	0.121	0.135	-0.1744	-0.0065	0.0007	0.0739	-0.0932	0.0385	0.1751	-0.0164	0.003	0.1525	-0.0069	0.143	78.5007	-50.9331	-77.3164
15	5.7792	1.3015	2.3679	2.2895	1.2925	2.1528	-0.0356	-0.1801	-0.1565	-0.1972	0.0746	0.013	-0.0639	0.0382	-0.039	0.1854	0.0014	0.0834	0.1511	0.0782	0.1008	80.7151	-51.106	-72.7876
16	1.6588	0.2883	0.0035	2.8242	-1.0264	2.4043	0.0207	-0.0297	-0.205	0.0533	0.0411	-0.1317	0.207	0.2113	-0.0617	0.1589	0.0638	-0.0148	0.1929	-0.0326	0.186	68.4575	-79.2148	-90.6218
17	0.9813	0.0755	-0.3995	1.1003	0.5346	3.2201	-0.041	-0.0351	-0.0073	0.0269	0.0169	0.0197	-0.0079	-0.1746	0.0241	0.1662	0.0446	-0.015	0.1431	0.0085	0.1577	58.7151	-75.5971	-102.2186
18	1.3542	-1.9343	-0.8053	6.834	1.2593	2.4625	0.0744	0.2054	0.0013	-0.0837	0.006	-0.1869	-0.1932	-0.0526	-0.0805	0.1713	0.0255	-0.0721	0.2058	0.0196	0.1274	61.7814	-76.4811	-112.0925
19	1.263	-0.4135	0.6951	2.121	-0.1874	2.703	-0.0002	0.1034	-0.084	-0.1517	0.1115	0.1402	0.1402	-0.0551	-0.1113	0.1129	-0.0187	0.016	0.175	-0.0032	0.156	32.667	-51.583	-97.3964
20	2.202	0.1436	-1.4274	1.3055	-0.0957	2.2406	-0.1199	0.0142	0.0695	0.1324	0.089	-0.0143	0.0701	0.0708	0.0309	0.1131	0.0113	-0.0181	0.148	0.0018	0.1323	33.7856	-47.2522	-79.0258
21	4.5896	2.3169	-1.2825	3.1399	-0.1636	1.5547	-0.1117	-0.1286	0.067	0.0953	0.1873	0.0897	-0.0069	0.0249	-0.0756	0.1308	0.0576	-0.0852	0.1871	0.0365	0.1096	33.7221	-50.5088	-78.0322
22	1.9504	0.8232	0.416	1.7839	0.3632	3.056	-0.007	-0.1635	0.1957	0.1227	-0.0941	-0.0284	-0.4287	0.2312	0.1011	0.2626	-0.0963	0.0122	0.235	0.0017	0.206	44.8762	-10.053	-103.7267
23	1.3067	0.2691	0.201	0.8256	0.1939	1.6317	-0.0052	0.0854	0.0103	-0.0077	0.0033	-0.0772	0.0322	0.225	0.002	0.2183	-0.0373	0.021	0.1406	-0.0091	0.1291	34.5266	-20.6563	-114.3687
24	3.4781	-2.4584	1.6827	4.4349	-1.6946	2.2265	0.1114	0.1449	-0.1423	0.0022	-0.1385	0.1632	-0.0752	0.1295	0.0271	0.216	-0.0594	0.0446	0.1851	-0.0685	0.065	33.753	-18.3892	-117.2164

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 150
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	151 - 238
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	239 - 295
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 149
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	150 - 237
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	238 - 295
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 149
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	150 - 237
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	238 - 295
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1 - 63
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	66 - 237
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	238 - 295
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	1 - 149
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	150 - 237
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	238 - 295
16	X-RAY DIFFRACTION	16	F	1 - 87
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	88 - 237
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	238 - 295
19	X-RAY DIFFRACTION	19	G	1 - 168
20	X-RAY DIFFRACTION	20	G	169 - 237
21	X-RAY DIFFRACTION	21	G	238 - 295
22	X-RAY DIFFRACTION	22	H	1 - 171
23	X-RAY DIFFRACTION	23	H	172 - 237
24	X-RAY DIFFRACTION	24	H	238 - 295

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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