[日本語] English
万見
- PDB-4b3f: crystal structure of Ighmbp2 helicase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b3f
タイトルcrystal structure of Ighmbp2 helicase
要素DNA-BINDING PROTEIN SMUBP-2
キーワードHYDROLASE / HELICASE
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA helicase activity / RNA secondary structure unwinding / ATP-dependent activity, acting on RNA / DNA duplex unwinding / transcription factor binding / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA helicase activity / 5'-3' RNA helicase activity / ribosome binding / single-stranded DNA binding ...double-stranded DNA helicase activity / RNA secondary structure unwinding / ATP-dependent activity, acting on RNA / DNA duplex unwinding / transcription factor binding / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA helicase activity / 5'-3' RNA helicase activity / ribosome binding / single-stranded DNA binding / 5'-3' DNA helicase activity / growth cone / DNA helicase / tRNA binding / single-stranded RNA binding / nuclear body / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / axon / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #270 / Helicase SMUBP-2/Hcs1-like / DNA-binding protein SMUBP-2, R3H domain / : / Helicase SMUBP-2/HCS1, 1B domain / Putative single-stranded nucleic acids-binding domain / R3H domain / R3H domain / R3H domain superfamily / R3H domain profile. ...Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #270 / Helicase SMUBP-2/Hcs1-like / DNA-binding protein SMUBP-2, R3H domain / : / Helicase SMUBP-2/HCS1, 1B domain / Putative single-stranded nucleic acids-binding domain / R3H domain / R3H domain / R3H domain superfamily / R3H domain profile. / Zinc finger, AN1-type / AN1-like Zinc finger / AN1-like Zinc finger / Zinc finger AN1-type profile. / AN1-like Zinc finger / : / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / DEAD-like helicases superfamily / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA-binding protein SMUBP-2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lim, S.C. / Song, H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: The Ighmbp2 Helicase Structure Reveals the Molecular Basis for Disease-Causing Mutations in Dmsa1.
著者: Lim, S.C. / Bowler, M.W. / Lai, T.F. / Song, H.
履歴
登録2012年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 1.22018年5月2日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.32018年5月16日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "XA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "XA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
X: DNA-BINDING PROTEIN SMUBP-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7232
ポリマ－71,6281
非ポリマー951
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.566, 76.717, 88.536
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 DNA-BINDING PROTEIN SMUBP-2 / IGHMBP2 / ATP-DEPENDENT HELICASE IGHMBP2 / GLIAL FACTOR 1 / GF-1 / IMMUNOGLOBULIN MU-BINDING PROTEIN 2


分子量: 71627.969 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 3-648 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P38935, DNA helicase, RNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.37 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
シンクロトロンESRF ID14-4ESRF 10.9795
シンクロトロンNSRRC BL13B120.99315
シンクロトロンNSRRC BL13B131.54
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.993151
31.541
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 25840 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): 20 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 49.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル最高解像度: 2.5 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.5→55.639 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 30.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2523 1218 5.1 %
Rwork0.1902 --
obs0.1934 23987 92.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.34 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.0504 Å20 Å24.1327 Å2
2---12.1905 Å20 Å2
3---20.2409 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→55.639 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4853 0 5 99 4957
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084927
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1816666
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7161846
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078793
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004855
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.60010.34261060.25722241X-RAY DIFFRACTION82
2.6001-2.71840.33871070.24492301X-RAY DIFFRACTION84
2.7184-2.86170.34741280.22552376X-RAY DIFFRACTION87
2.8617-3.0410.30141300.22282474X-RAY DIFFRACTION91
3.041-3.27580.31421340.2192590X-RAY DIFFRACTION95
3.2758-3.60540.24271370.19492661X-RAY DIFFRACTION98
3.6054-4.12690.25731560.16982690X-RAY DIFFRACTION99
4.1269-5.19890.221620.14952713X-RAY DIFFRACTION99
5.1989-55.65250.20441580.16572723X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.01210.2604-1.07490.5345-0.13091.29530.46930.55120.63990.46410.25290.0996-0.0549-0.4596-0.44980.43570.212-0.05650.51470.21140.295829.047360.696914.6171
21.57580.5656-0.47181.94330.19870.4696-0.1010.39070.25230.08760.4087-0.0339-0.0394-0.2896-0.26170.70370.07740.01210.5954-0.05450.429936.347356.519415.619
32.5740.6147-0.32430.198-0.11991.607-0.1661-0.0553-1.20570.05560.1405-0.30210.127-0.01110.01690.2230.0150.06320.27-0.17760.587742.977633.460726.5054
40.70180.7813-0.24782.9317-1.53461.231-0.1582-0.2108-0.06790.1353-0.0597-1.1283-0.33410.20880.10980.4021-0.0630.03730.3676-0.13660.592152.722760.368721.4822
50.8497-0.1664-0.04841.2554-0.12290.30050.06450.5228-0.1689-0.52180.0348-0.0635-0.0515-0.242-0.00280.5275-0.03210.07620.5919-0.20570.40640.432744.97913.9245
60.9252-0.09450.04742.25820.63031.6029-0.14170.1060.028-0.08420.13150.7063-0.0832-0.1514-0.00260.03360.002-0.06320.07210.05780.492515.544443.867640.0985
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN X AND RESID 3:67)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN X AND RESID 68:184)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN X AND RESID 185:254)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN X AND RESID 255:309)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN X AND RESID 316:441)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN X AND RESID 442:648)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る