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- PDB-4b20: Structural basis of DNA loop recognition by Endonuclease V -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b20
タイトルStructural basis of DNA loop recognition by Endonuclease V
要素
  • 5'-D(*AP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*GP*CP)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*GP*AP*CP*AP*GP)-3'
  • Endonuclease V
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribonuclease V / deoxyribonuclease V activity / RNA endonuclease activity producing 5'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / single-stranded RNA binding / DNA repair / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Endonuclease V / Endonuclease V / archaeoglobus fulgidus dsm 4304 fold / archaeoglobus fulgidus dsm 4304 superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Endonuclease V
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Rosnes, I. / Rowe, A.D. / Forstrom, R.J. / Alseth, I. / Bjoras, M. / Dalhus, B.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Basis of DNA Loop Recognition by Endonuclease V.
著者: Rosnes, I. / Rowe, A.D. / Vik, E.S. / Forstrom, R.J. / Alseth, I. / Bjoras, M. / Dalhus, B.
履歴
登録2012年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22025年12月10日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_entry_details / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_ref
Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease V
B: Endonuclease V
C: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*CP*AP*GP)-3'
D: 5'-D(*AP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*GP*CP)-3'
F: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*CP*AP*GP)-3'
G: 5'-D(*AP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*GP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6378
ポリマ－61,5896
非ポリマー492
水1,42379
1
A: Endonuclease V
C: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*CP*AP*GP)-3'
D: 5'-D(*AP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*GP*CP)-3'
ヘテロ分子

A: Endonuclease V
C: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*CP*AP*GP)-3'
D: 5'-D(*AP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*GP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6378
ポリマ－61,5896
非ポリマー492
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
Buried area7020 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area21600 Å2
手法PISA
2
B: Endonuclease V
F: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*CP*AP*GP)-3'
G: 5'-D(*AP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*GP*CP)-3'
ヘテロ分子

B: Endonuclease V
F: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*CP*AP*GP)-3'
G: 5'-D(*AP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*GP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6378
ポリマ－61,5896
非ポリマー492
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area21920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.231, 135.370, 194.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Endonuclease V / Deoxyinosine 3'endonuclease / Deoxyribonuclease V / DNase V


分子量: 25635.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: nfi, TM_1865 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9X2H9, deoxyribonuclease V
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*AP*CP*AP*GP)-3'


分子量: 2147.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*GP*CP)-3'


分子量: 3010.978 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.22 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→60 Å / Num. obs: 19328 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.75→60 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2906 843 4.3 %RANDOM
Rwork0.2274 ---
obs0.2274 17361 88.9 %-
溶媒の処理Bsol: 41.4369 Å2 / ksol: 0.330552 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--33.456 Å20 Å20 Å2
2--28.833 Å20 Å2
3---4.623 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.4 Å
Luzzati sigma a0.59 Å0.68 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3580 629 2 79 4290
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0073
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.349
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.45
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.204
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.742
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.82.5
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 63 4.7 %
Rwork0.41 1283 -
obs--70 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PARAMCNS_TOPPAR:PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:WATER_REP.PARAMINOSIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ION.PARAMCNS_TOPPAR:WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:INOSIN.PARAMCNS_TOPPAR:ION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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