- PDB-4b1f: Design of Inhibitors of Helicobacter pylori Glutamate Racemase as... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 4b1f
タイトル
Design of Inhibitors of Helicobacter pylori Glutamate Racemase as Selective Antibacterial Agents: Incorporation of Imidazoles onto a Core Pyrazolopyrimidinedione Scaffold to Improve Bioavailabilty
要素
GLUTAMATE RACEMASE
キーワード
ISOMERASE / IMPROVED BIOAVAILABILITY
機能・相同性
機能・相同性情報
glutamate racemase / glutamate racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / identical protein binding 類似検索 - 分子機能
Glutamate racemase / Asp/Glu racemase, active site 1 / Aspartate and glutamate racemases signature 1. / Asp/Glu racemase, active site 2 / Aspartate and glutamate racemases signature 2. / Rossmann fold - #1860 / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / Rossmann fold ...Glutamate racemase / Asp/Glu racemase, active site 1 / Aspartate and glutamate racemases signature 1. / Asp/Glu racemase, active site 2 / Aspartate and glutamate racemases signature 2. / Rossmann fold - #1860 / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.064 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.05→6 Å / Num. obs: 29091 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル
解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 90.7
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.7.0027
精密化
MOSFLM
データ削減
SCALA
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→24.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 8.882 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.23931
1574
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.18517
-
-
-
obs
0.18796
29091
93.3 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK