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- PDB-4b0z: Crystal structure of S. pombe Rpn12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b0z
タイトルCrystal structure of S. pombe Rpn12
要素26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN12
キーワードPROTEIN BINDING / PROTEASOME UBITQUITIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Proteasome assembly / MAPK6/MAPK4 signaling / UCH proteinases / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis ...Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Proteasome assembly / MAPK6/MAPK4 signaling / UCH proteinases / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Ub-specific processing proteases / Regulation of PTEN stability and activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / nuclear periphery / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / chromatin / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #990 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / MONOTHIOGLYCEROL / 26S proteasome regulatory subunit rpn12
類似検索 - 構成要素
生物種SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.585 Å
データ登録者Boehringer, J. / Riedinger, C. / Paraskevopoulos, K. / Johnson, E.O.D. / Lowe, E.D. / Khoudian, C. / Smith, D. / Noble, M.E.M. / Gordon, C. / Endicott, J.A.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: Structural and Functional Characterisation of Rpn12 Identifies Residues Required for Rpn10 Proteasome Incorporation.
著者: Boehringer, J. / Riedinger, C. / Paraskevopoulos, K. / Johnson, E.O.D. / Lowe, E.D. / Khoudian, C. / Smith, D. / Noble, M.E.M. / Gordon, C. / Endicott, J.A.
履歴
登録2012年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月7日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN12
B: 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,19311
ポリマ－52,4522
非ポリマー7419
水6,557364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-11.2 kcal/mol
Surface area23520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.780, 91.380, 143.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN12 / RPN12


分子量: 26225.963 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-224 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P50524
#2: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-SGM / MONOTHIOGLYCEROL / (2R)-3-メルカプト-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 108.159 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2S
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細MONOTHIOGLYCEROL (SGM) IS BOUND TO CYS 65 BY A DISULPHIDE BRIDGE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.2 M NA NO3, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 22.5% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9791
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月17日 / 詳細: TOROIDAL ZERODUR MIRROR
放射モノクロメーター: ASYMMETRIC LAUE 001 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→42.34 Å / Num. obs: 74706 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 22.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.59→1.67 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.585→40.111 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2248 3719 5.1 %
Rwork0.188 --
obs0.1898 73328 97.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.509 Å2 / ksol: 0.455 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.585→40.111 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3606 0 46 364 4016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0153876
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5255251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5431464
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081575
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007679
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.585-1.64170.26643220.21026416X-RAY DIFFRACTION91
1.6417-1.70740.22483470.17536613X-RAY DIFFRACTION93
1.7074-1.78510.20293730.15196792X-RAY DIFFRACTION96
1.7851-1.87920.20053980.15226859X-RAY DIFFRACTION97
1.8792-1.99690.20983820.16036997X-RAY DIFFRACTION98
1.9969-2.15110.18873890.15677048X-RAY DIFFRACTION99
2.1511-2.36760.20893800.1487113X-RAY DIFFRACTION100
2.3676-2.71010.19333860.1557158X-RAY DIFFRACTION100
2.7101-3.41420.21813690.17657184X-RAY DIFFRACTION99
3.4142-40.12370.26253730.23857429X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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