PDB-4b0y: Determination of X-ray Structure of human SOUL by Molecular Repla...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4b0y

タイトル

Determination of X-ray Structure of human SOUL by Molecular Replacement

要素

HEME-BINDING PROTEIN 2

キーワード

APOPTOSIS

機能・相同性

機能・相同性情報

azurophil granule lumen / heme binding / Neutrophil degranulation / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Freire, F. / Carvalho, A.L. / Aveiro, S.S. / Charbonnier, P. / Moulis, J.M. / Romao, M.J. / Goodfellow, B.J. / Macedo, A.L.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Human Soul: A Heme-Binding or a Bh3 Domain-Containing Protein
著者: Freire, F. / Carvalho, A.L. / Aveiro, S.S. / Charbonnier, P. / Moulis, J.M. / Romao, M.J. / Goodfellow, B.J. / Macedo, A.L.

履歴

登録	2012年7月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4b0y.cif.gz	79.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4b0y.ent.gz	59.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4b0y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/4b0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/4b0y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ayzSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ia8-1 5ngo-6 3r8k-3 6h6a-2 5fie-d 1j7j-1 1wny-1 1udz-2 4aky-3 7nlj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HEME-BINDING PROTEIN 2

25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.670, 144.670, 60.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

#1: タンパク質	HEME-BINDING PROTEIN 2 / PLACENTAL PROTEIN 23 / PP23 / PROTEIN SOUL 分子量: 25550.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9Y5Z4

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 66 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M MES 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.931
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→47.35 Å / Num. obs: 5025 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 6.2 / 冗長度: 30.8 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 24.6
反射シェル	解像度: 3.5→3.69 Å / 冗長度: 32.2 % / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AYZ

4ayz

解像度: 3.5→47.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.868 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.809 / SU B: 61.251 / SU ML: 0.435 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.273 / ESU R Free: 0.586
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30638	484	9.6 %	RANDOM
R_work	0.27046	-	-	-
obs	0.2739	4541	99.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.441 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.44 Å²	-0.72 Å²	0 Å²
2-	-	-1.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→47.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1259	0	0	0	1259

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.846	1.942	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.726	5	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.92	24.727	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.6	15	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.864	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	199
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.021	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.5→3.59 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	36	-
R_work	0.304	323	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.8872	0.2766	-3.3726	-0.319	-3.6399	12.4884	-0.4308	0.7688	-0.9621	0.2784	-0.2876	-0.3596	-0.5979	0.3978	0.7184	0.4622	0.0176	-0.0905	0.2273	-0.1139	0.3228	15.9372	-62.2818	-2.5441
2	37.0419	4.1057	-9.9612	0.9555	-2.9198	11.7728	-0.3587	1.4131	0.7274	-0.2929	0.009	0.1752	-0.0192	0.0437	0.3497	0.2508	0.0678	-0.2004	0.0779	0.0042	0.1723	18.9902	-56.0322	-0.2511
3	6.0441	2.6827	1.6672	4.7899	-0.3431	3.1364	0.5449	-0.6994	0.3728	0.5444	-0.4218	0.442	0.5736	-0.3904	-0.1231	0.2138	-0.0124	0.0303	0.2402	-0.0108	0.0669	13.5052	-62.7104	19.5824
4	10.8945	21.2071	-10.9343	13.0336	-4.1199	-4.2216	0.1803	0.3977	0.9155	-0.0329	0.1833	0.5525	0.1476	-0.0341	-0.3636	0.2363	0.0672	-0.0777	0.546	-0.0617	0.3898	-0.8741	-71.2937	14.7986
5	1.2574	-1.7017	0.4832	-2.6622	-4.8156	6.4329	-0.3044	0.1274	-0.0694	-0.0544	-0.1323	0.0611	0.4674	0.4863	0.4367	0.1113	0.0701	-0.0648	0.1595	-0.0401	0.3475	14.9719	-59.9329	12.8032
6	9.1082	-0.2277	5.4939	-0.1903	-1.0484	7.3235	0.4469	0.3132	-0.2637	0.0478	0.2084	-0.091	-0.0856	-0.3466	-0.6553	0.1284	0.0338	-0.06	0.1889	-0.0158	0.2803	11.8298	-59.6146	13.2712
7	-2.3521	-1.6695	-4.9542	23.1077	-4.7807	-13.2008	-0.0612	-0.037	-0.1307	-0.1622	-0.0699	0.8296	0.3884	0.105	0.1311	0.0583	-0.0528	-0.0159	0.5274	0.084	0.5015	-1.3008	-63.0397	13.0875
8	7.1848	1.238	-2.3998	1.1952	-0.8841	5.8499	0.2467	-0.275	-0.0735	-0.3978	-0.1124	0.4331	-0.1668	0.1684	-0.1344	0.1993	0.0244	-0.1763	0.044	-0.0315	0.1677	17.434	-57.6996	8.2032
9	5.8603	8.1973	-5.4295	20.2308	-15.8125	12.0835	0.1282	-0.0115	-0.1922	0.6111	-0.2184	-0.4544	-0.5993	0.4975	0.0902	0.2258	0.0476	0.0075	0.4718	-0.0947	0.2555	31.8244	-52.394	8.9289
10	6.806	0.1606	2.0262	0.4414	-1.4721	6.3838	-0.2053	-0.1093	-0.0084	-0.1626	-0.0388	-0.4615	0.0823	0.166	0.2441	0.0465	0.0238	0.0828	0.1125	0.0242	0.2773	22.4383	-57.1407	7.8187

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	19 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	36 - 47
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	48 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	74 - 82
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	83 - 97
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	100 - 116
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	117 - 125
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	126 - 146
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	147 - 167
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	168 - 197

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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