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- PDB-4b0a: The high-resolution structure of yTBP-yTAF1 identifies conserved ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b0a
タイトルThe high-resolution structure of yTBP-yTAF1 identifies conserved and competing interaction surfaces in transcriptional activation
要素TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 1, LINKER, TATA-BOX-BINDING PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / DNA binding, bending ...TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / DNA binding, bending / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / disordered domain specific binding / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / molecular adaptor activity / protein heterodimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
TATA-Binding Protein / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site ...TATA-Binding Protein / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TATA-box-binding protein / Transcription initiation factor TFIID subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Anandapadamanaban, M. / Andresen, C. / Siponen, M. / Kokubo, T. / Ikura, M. / Moche, M. / Sunnerhagen, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: High-Resolution Structure of TBP with Taf1 Reveals Anchoring Patterns in Transcriptional Regulation
著者: Anandapadamanaban, M. / Andresen, C. / Siponen, M. / Kokubo, T. / Ikura, M. / Moche, M. / Sunnerhagen, M.
履歴
登録2012年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22013年7月24日Group: Database references
改定 1.32013年8月21日Group: Database references
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 1, LINKER, TATA-BOX-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,02511
ポリマ－30,3161
非ポリマー70810
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.894, 74.253, 99.667
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 1, LINKER, TATA-BOX-BINDING PROTEIN / TATA SEQUENCE-BINDING PROTEIN / TBP / TATA-BINDING FACTOR / TATA-BOX FACTOR / TRANSCRIPTION FACTOR ...TATA SEQUENCE-BINDING PROTEIN / TBP / TATA-BINDING FACTOR / TATA-BOX FACTOR / TRANSCRIPTION FACTOR D / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID TBP SUBUNIT / TAFII-130 / TAFII-145 / TBP-ASSOCIATED FACTOR 1 / TBP-ASSOCIATED FACTOR 145 KDA


分子量: 30316.363 Da / 分子数: 1 / 断片: TAF1 RESIDUES 8-71, LINKER, TBP RESIDUE 61-240 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): PLYSS
参照: UniProt: P46677, UniProt: P13393, histone acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE ENTRY CONTAINS AN ENGINEERED FUSION PROTEIN. THE TAND1 AND TAND2 REGION (8-71) OF TAF1 IS ...THE ENTRY CONTAINS AN ENGINEERED FUSION PROTEIN. THE TAND1 AND TAND2 REGION (8-71) OF TAF1 IS COVALENTLY LINKED VIA A PROTEIN LINKER (GGGSGGGSGGGS) TO TBP (61-240) IN ORDER TO ACCOMMODATE THESE IN THE SAME PDB CHAIN AN OFFSET OF 100 HAS BEEN APPLIED TO THE TBP RESIDUE NUMBERING AND SO THIS NOW RUNS FROM 161 TO 340 RATHER THAN 61 TO 240. OTHER_DETAILS: CONSTRUCTS CONTAIN RESIDUE: 8-71 MUTATIONS: G41A AND A42R, WHICH ARE DUE TO A CLONING ARTIFACT, RELATIVE TO THE UNIPROT ENTRY: P46677

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.73 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→59.54 Å / Num. obs: 17942 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 25.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.97→2.07 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YTB

1ytb


解像度: 1.97→59.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9188 / SU R Cruickshank DPI: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.176 / SU Rfree Blow DPI: 0.16 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.154
詳細: REFINEMENT NOTE 1: IDEAL-DIST CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CL CA GOL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2149. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM ...詳細: REFINEMENT NOTE 1: IDEAL-DIST CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CL CA GOL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2149. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=37. NUMBER TREATED BY BAD NON- BONDED CONTACTS=3.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 888 4.97 %RANDOM
Rwork0.1644 ---
obs0.167 17873 99.36 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.2727 Å20 Å20 Å2
2--2.589 Å20 Å2
3---0.6836 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→59.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1851 0 40 213 2104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012008HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.022710HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d949SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes49HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes295HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2008HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.5
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.63
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion262SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2561SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.09 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 127 4.53 %
Rwork0.1851 2678 -
all0.1868 2805 -
obs--99.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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