[日本語] English
万見
- PDB-4azz: Carbohydrate binding module CBM66 from Bacillus subtilis -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4azz
タイトルCarbohydrate binding module CBM66 from Bacillus subtilis
要素LEVANASE
キーワードHYDROLASE / LEVAN
機能・相同性
機能・相同性情報


fructan beta-fructosidase / fructan beta-fructosidase activity / sucrose alpha-glucosidase activity / sucrose catabolic process / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-keto-disaccharide hydrolase / 3-keto-disaccharide hydrolase / Glycoside hydrolase, family 32, active site / Glycosyl hydrolases family 32 active site. / Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 ...3-keto-disaccharide hydrolase / 3-keto-disaccharide hydrolase / Glycoside hydrolase, family 32, active site / Glycosyl hydrolases family 32 active site. / Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 / Exo-inulinase; domain 1 / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Gloster, T.M. / Flint, J.E. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: How Nature Can Exploit Nonspecific Catalytic and Carbohydrate Binding Modules to Create Enzymatic Specificity.
著者: Cuskin, F. / Flint, J.E. / Gloster, T.M. / Morland, C. / Basle, A. / Henrissat, B. / Coutinho, P.M. / Strazzulli, A. / Solovyova, A.S. / Davies, G.J. / Gilbert, H.J.
履歴
登録2012年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22013年1月9日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LEVANASE
B: LEVANASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3622
ポリマ－38,3622
非ポリマー00
水6,269348
1
A: LEVANASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1811
ポリマ－19,1811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LEVANASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1811
ポリマ－19,1811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.837, 60.950, 71.121
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 LEVANASE / BETA-D-FRUCTOFURANOSIDASE / EXO-BETA-D-FRUCTOSIDASE / EXO-LEVANASE


分子量: 19181.127 Da / 分子数: 2 / 断片: CARBOHYDRATE BINDING MODULE, RESIDUES 515-677 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P05656, fructan beta-fructosidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CARBOHYDRATE BINDING MODULE WAS PREDICTED TO COMPRISE RESIDUES 515-677 OF THE FULL LENGTH PROTEIN. ...CARBOHYDRATE BINDING MODULE WAS PREDICTED TO COMPRISE RESIDUES 515-677 OF THE FULL LENGTH PROTEIN. N-TERMINAL METHIONINE AND C-TERMINAL HIS TAG (LEHHHHHH) WERE ADDED FOR EXPRESSION AND PURIFICATION.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.3 %
解説: PHASING WAS DONE FROM A DIFFERENT DATA SET WITH SEMET INCORPORATION - ADDITIONAL INFORMATION PROVIDED BELOW. THE NATIVE HIGHER RESOLUTION DATA WERE USED FOR REFINEMENT FOLLOWING STRUCTURE SOLUTION.
結晶化詳細: PROTEIN AT 20 MG/ML FROM 1 M LICL, 20% POLYETHYLENE 6000 AND 0.1 M CITRIC ACID, PH 4

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF ID14-210.933
シンクロトロンESRF ID23-120.979
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2006年2月16日
ADSC QUANTUM 315r2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2x-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9331
20.9791
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 32834 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.7→69.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.142 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20628 1668 5.1 %RANDOM
Rwork0.15734 ---
obs0.15986 31147 98.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 14.437 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å20 Å20.31 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→69.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2574 0 0 348 2922
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022898
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6381.9333979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4185417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.29824.792144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.75915525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2181514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.696→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 110 -
Rwork0.246 2130 -
obs--93.65 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る