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- PDB-4azm: Human epidermal fatty acid-binding protein (FABP5) in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4azm
タイトルHuman epidermal fatty acid-binding protein (FABP5) in complex with the inhibitor BMS-309413
要素FATTY ACID-BINDING PROTEIN, EPIDERMAL
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / LIPID CARRIER PROTEIN / ENDOCANNABINOID / BETA-BARREL / BETA-CLAMSHELL / DOMAIN SWAPPING
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / lipid transport across blood-brain barrier / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of glucose transmembrane transport / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine biosynthetic process / retinoic acid binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / Signaling by Retinoic Acid ...regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / lipid transport across blood-brain barrier / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of glucose transmembrane transport / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine biosynthetic process / retinoic acid binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / Signaling by Retinoic Acid / Triglyceride catabolism / epidermis development / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / secretory granule membrane / fatty acid binding / lipid metabolic process / glucose metabolic process / azurophil granule lumen / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / postsynaptic density / lipid binding / synapse / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-T4B / Fatty acid-binding protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Sanson, B. / Wang, T. / Sun, J. / Kaczocha, M. / Ojima, I. / Deutsch, D. / Li, H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Crystallographic Study of Fabp5 as an Intracellular Endocannabinoid Transporter.
著者: Sanson, B. / Wang, T. / Sun, J. / Wang, L. / Kaczocha, M. / Ojima, I. / Deutsch, D. / Li, H.
履歴
登録2012年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22014年2月26日Group: Database references
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FATTY ACID-BINDING PROTEIN, EPIDERMAL
B: FATTY ACID-BINDING PROTEIN, EPIDERMAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9775
ポリマ－30,9352
非ポリマー1,0413
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9310 Å2
ΔGint-53.9 kcal/mol
Surface area14580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.670, 104.670, 58.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 FATTY ACID-BINDING PROTEIN, EPIDERMAL / EPIDERMAL-TYPE FATTY ACID-BINDING PROTEIN / E-FABP / FATTY ACID-BINDING PROTEIN 5 / PSORIASIS- ...EPIDERMAL-TYPE FATTY ACID-BINDING PROTEIN / E-FABP / FATTY ACID-BINDING PROTEIN 5 / PSORIASIS-ASSOCIATED FATTY ACID-BINDING PROTEIN HOMOLOG / PA-FABP


分子量: 15467.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: EPIDERMIS / Cell: KERATINOCYTE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01469
#2: 化合物 ChemComp-T4B / ((2'-(5-ETHYL-3,4-DIPHENYL-1H-PYRAZOL-1-YL)-3-BIPHENYLYL)OXY)ACETIC ACID / BMS-309403


分子量: 474.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H26N2O3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細ADDITIONAL 3 N-TERM AMINO ACIDS, GSH, LEFT AFTER REMOVAL OF POLY-HIS TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.32 M SODIUM CITRATE, 0.1 M HEPES PH 7.0, SATURATED WITH RESPECT TO BMS-309403, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K. CRYOPROTECTION: 28% GLYCEROL IN MOTHER LIQUOR.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月18日
放射モノクロメーター: DOUBLE SILICON(111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→20 Å / Num. obs: 8919 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 72.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 35.6
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B56

1b56


解像度: 2.75→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 28.966 / SU ML: 0.272 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.362 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25195 444 5 %RANDOM
Rwork0.20503 ---
obs0.20739 8446 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.217 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2101 0 78 44 2223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222209
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.452.0032966
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6135267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.21725.22290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.27815426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1231512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.361.51335
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.73922158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2773874
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1484.5808
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 31 -
Rwork0.258 606 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.062-1.2904-0.84832.02151.95782.102-0.1468-0.2898-0.01980.21260.1412-0.10090.0811-0.0810.00560.17090.07790.00080.1930.04870.097532.443516.0285-8.3235
23.781-1.67550.10377.2776-0.92042.4796-0.1504-0.1894-0.26530.09370.23010.67740.1311-0.4226-0.07980.0308-0.00570.02050.22050.06690.093626.72-2.465524.0154
35.0311-2.25921.35594.0998-0.4363.96940.15560.2811-0.2179-0.26510.00670.2407-0.1965-0.4197-0.16230.15920.0685-0.00230.17730.02940.110727.63924.327319.6284
48.1891-1.1138-0.60942.40950.062.0818-0.10270.06250.29380.03350.0562-0.0602-0.19040.00720.04650.1290.04820.04140.05120.04240.044737.252420.8415-12.0746
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2A59 - 134
3X-RAY DIFFRACTION3B2 - 59
4X-RAY DIFFRACTION4B60 - 135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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