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万見
- PDB-4ayn: Structure of the C-terminal barrel of Neisseria meningitidis FHbp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ayn
タイトルStructure of the C-terminal barrel of Neisseria meningitidis FHbp Variant 2
要素FACTOR H-BINDING PROTEIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIGENS / COMPLEMENT FACTOR H / VACCINES
機能・相同性Factor H binding protein, C-terminal / Factor H binding protein, C-terminal / Porin - #90 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / cell outer membrane / Beta Barrel / Mainly Beta / Factor H-binding protein
機能・相同性情報
生物種NEISSERIA MENINGITIDIS MC58 (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Johnson, S. / Tan, L. / van der Veen, S. / Caesar, J. / Goicoechea De Jorge, E. / Everett, R.J. / Bai, X. / Exley, R.M. / Ward, P.N. / Ruivo, N. ...Johnson, S. / Tan, L. / van der Veen, S. / Caesar, J. / Goicoechea De Jorge, E. / Everett, R.J. / Bai, X. / Exley, R.M. / Ward, P.N. / Ruivo, N. / Trivedi, K. / Cumber, E. / Jones, R. / Newham, L. / Staunton, D. / Borrow, R. / Pickering, M. / Lea, S.M. / Tang, C.M.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Design and Evaluation of Meningococcal Vaccines Through Structure-Based Modification of Host and Pathogen Molecules.
著者: Johnson, S. / Tan, L. / Van Der Veen, S. / Caesar, J. / Goicoechea De Jorge, E. / Harding, R.J. / Bai, X. / Exley, R.M. / Ward, P.N. / Ruivo, N. / Trivedi, K. / Cumber, E. / Jones, R. / ...著者: Johnson, S. / Tan, L. / Van Der Veen, S. / Caesar, J. / Goicoechea De Jorge, E. / Harding, R.J. / Bai, X. / Exley, R.M. / Ward, P.N. / Ruivo, N. / Trivedi, K. / Cumber, E. / Jones, R. / Newham, L. / Staunton, D. / Ufret-Vincenty, R. / Borrow, R. / Pickering, M.C. / Lea, S.M. / Tang, C.M.
履歴
登録2012年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22015年3月25日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FACTOR H-BINDING PROTEIN
B: FACTOR H-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,94611
ポリマ－59,0822
非ポリマー8659
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area11610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.791, 75.951, 40.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.31355, -0.94855, -0.04401), (-0.94957, -0.31335, -0.01146), (-0.00292, 0.04538, -0.99897)
ベクター: 51.22273, 70.93513, -5.31968)

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要素

#1: タンパク質 FACTOR H-BINDING PROTEIN / FACTOR H BINDING PROTEIN V2


分子量: 29540.922 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 27-273 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) NEISSERIA MENINGITIDIS MC58 (髄膜炎菌)
Variant: P22 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: C6KHT4
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細DISCREPANCIES AT TERMINI ARE FROM VECTOR. THE SEQUENCE HAS BEEN RENUMBERED TO MATCH THAT OF THE ...DISCREPANCIES AT TERMINI ARE FROM VECTOR. THE SEQUENCE HAS BEEN RENUMBERED TO MATCH THAT OF THE VARIANT 1 SEQUENCE (PDB ID 2W81)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6
詳細: 30% PEG2KMME, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.96
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→60 Å / Num. obs: 14737 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 32.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 2.06→2.18 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2W81

2w81


解像度: 2.06→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9491 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9296 / SU R Cruickshank DPI: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.224 / SU Rfree Blow DPI: 0.168 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.164
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2129 741 5.03 %RANDOM
Rwork0.1788 ---
obs0.1805 14737 98.64 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6616 Å20 Å20 Å2
2---5.826 Å20 Å2
3---5.1644 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1895 0 45 120 2060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011970HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.122649HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d687SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes53HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes287HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1970HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.05
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion241SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2222SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.23 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2327 146 5.15 %
Rwork0.1943 2687 -
all0.1962 2833 -
obs--98.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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