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万見
- PDB-4aya: Crystal structure of ID2 HLH homodimer at 2.1A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aya
タイトルCrystal structure of ID2 HLH homodimer at 2.1A resolution
要素DNA-BINDING PROTEIN INHIBITOR ID-2
キーワードCELL CYCLE (細胞周期)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endodermal digestive tract morphogenesis / euchromatin => GO:0000791 / bundle of His development / regulation of cell cycle => GO:0051726 / negative regulation of B cell differentiation / enucleate erythrocyte differentiation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / cell morphogenesis involved in neuron differentiation ...: / endodermal digestive tract morphogenesis / euchromatin => GO:0000791 / bundle of His development / regulation of cell cycle => GO:0051726 / negative regulation of B cell differentiation / enucleate erythrocyte differentiation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / negative regulation of core promoter binding / negative regulation of muscle cell differentiation / 走性 / natural killer cell differentiation / membranous septum morphogenesis / embryonic digestive tract morphogenesis / neuron fate commitment / positive regulation of macrophage differentiation / regulation of neural precursor cell proliferation / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / oligodendrocyte development / olfactory bulb development / positive regulation of astrocyte differentiation / Peyer's patch development / positive regulation of blood pressure / NGF-stimulated transcription / metanephros development / transcription regulator inhibitor activity / mammary gland epithelial cell proliferation / regulation of neuron differentiation / cellular response to lithium ion / entrainment of circadian clock by photoperiod / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / locomotor rhythm / regulation of lipid metabolic process / negative regulation of neuron differentiation / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / mammary gland alveolus development / adipose tissue development / cell maturation / adult locomotory behavior / positive regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / 細胞老化 / transmembrane transporter binding / 細胞分化 / protein dimerization activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA-binding protein inhibitor / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Few Secondary Structures / イレギュラー
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / : / DNA-binding protein inhibitor ID-2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.103 Å
データ登録者Wong, M.V. / Jiang, S. / Palasingam, P. / Kolatkar, P.R.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: A Divalent Ion is Crucial in the Structure and Dominant-Negative Function of Id Proteins, a Class of Helix-Loop-Helix Transcription Regulators.
著者: Wong, M.V. / Jiang, S. / Palasingam, P. / Kolatkar, P.R.
履歴
登録2012年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-BINDING PROTEIN INHIBITOR ID-2
B: DNA-BINDING PROTEIN INHIBITOR ID-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8265
ポリマ－21,6892
非ポリマー1373
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-30.1 kcal/mol
Surface area7350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.622, 51.622, 111.474
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 DNA-BINDING PROTEIN INHIBITOR ID-2 / CLASS D BASIC HELIX-LOOP-HELIX PROTEIN 26 / CLASS B BASIC HELIX-LOOP-HELIX PROTEIN 26 / BHLHB26 / ...CLASS D BASIC HELIX-LOOP-HELIX PROTEIN 26 / CLASS B BASIC HELIX-LOOP-HELIX PROTEIN 26 / BHLHB26 / INHIBITOR OF DNA BINDING 2


分子量: 10844.563 Da / 分子数: 2 / 断片: HELIX-LOOP-HELIX DOMAIN, RESIDUES 1-82 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PDEST-565 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02363
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FIRST RESIDUE IN SEQUENCE AFTER TEV CLEAVAGE IS A GLYCINE. ID2 SEQUENCE NUMBERING STARTS FROM ...FIRST RESIDUE IN SEQUENCE AFTER TEV CLEAVAGE IS A GLYCINE. ID2 SEQUENCE NUMBERING STARTS FROM SECOND RESIDUE, METHIONINE. RESIDUE 83 ONWARDS CONTAINS THE C-TERMINAL STABILIZER POLYPEPTIDE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.8 %
結晶化pH: 6.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1 M MES PH6.5, 2.0 M POTASSIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 10569 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 41.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 40.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: INTERNAL SELENOMETHIONINE-SUBSTITUTED ID2 STRUCTURE AT 3.0A

解像度: 2.103→44.706 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.65 / 位相誤差: 27.31 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 1-29 ARE MISSING IN CHAIN A. RESIDUES 1-34 ARE MISSING IN CHAIN B.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2497 987 9.8 %
Rwork0.2246 --
obs0.2271 10026 95.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0 Å2 / ksol: 0 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.103→44.706 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数870 0 6 24 900
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007888
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0711198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.029346
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059141
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004149
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1031-2.21390.30491290.25131147X-RAY DIFFRACTION88
2.2139-2.35260.31241360.23511228X-RAY DIFFRACTION91
2.3526-2.53430.30811330.23571229X-RAY DIFFRACTION94
2.5343-2.78930.27751400.25851300X-RAY DIFFRACTION97
2.7893-3.19280.32681480.26131335X-RAY DIFFRACTION98
3.1928-4.02220.24791480.20961356X-RAY DIFFRACTION100
4.0222-44.7160.19681530.20911444X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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