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- PDB-4axo: Structure of the Clostridium difficile EutQ protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4axo
タイトルStructure of the Clostridium difficile EutQ protein
要素ETHANOLAMINE UTILIZATION PROTEIN
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / BACTERIAL MICROCOMPARTMENT / BMC
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate kinase / ethanolamine catabolic process / acetate kinase activity / bacterial microcompartment
類似検索 - 分子機能
Acetate kinase EutQ / Ethanolamine utilisation protein EutQ / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetate kinase EutQ
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM DIFFICILE (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Pitts, A.C. / Tuck, L.R. / Faulds-Pain, A. / Lewis, R.J. / Marles-Wright, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structural Insight Into the Clostridium Difficile Ethanolamine Utilisation Microcompartment.
著者: Pitts, A.C. / Tuck, L.R. / Faulds-Pain, A. / Lewis, R.J. / Marles-Wright, J.
履歴
登録2012年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ETHANOLAMINE UTILIZATION PROTEIN
B: ETHANOLAMINE UTILIZATION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2953
ポリマ－34,2702
非ポリマー241
水6,593366
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-29.9 kcal/mol
Surface area12380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.332, 66.578, 58.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2071-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ETHANOLAMINE UTILIZATION PROTEIN / EUTQ


分子量: 17135.225 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 17-157 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM DIFFICILE (バクテリア)
株: 630 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q187N7
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N-TERMINAL TRUNCATION, START AT RESIDUE 17. METHIONINE AND GLYCINE FROM EXPRESSION VECTOR AT N- ...N-TERMINAL TRUNCATION, START AT RESIDUE 17. METHIONINE AND GLYCINE FROM EXPRESSION VECTOR AT N-TERMINUS, C-TERMINAL HIS-TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.05 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PROTEIN IN 150 MM NACL, 50 MM TRIS.HCL PH 8.0 AT 8 MG/ML. HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION, 1/1 UL DROPS OVER 1ML OF PRECIPITANT: 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.5, 35 % (W/V) PEG 6000, 200 MM MGCL2. ...詳細: PROTEIN IN 150 MM NACL, 50 MM TRIS.HCL PH 8.0 AT 8 MG/ML. HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION, 1/1 UL DROPS OVER 1ML OF PRECIPITANT: 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.5, 35 % (W/V) PEG 6000, 200 MM MGCL2. CRYPROTECTED WITH WELL SOLUTION SUPPLEMENTED WITH 20 % (V/V) PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.8266
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月30日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→43.15 Å / Num. obs: 148309 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 9.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1→1.05 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PYT

2pyt


解像度: 1→36.503 Å / SU ML: 0.05 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 11.83 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: LOOP BETWEEN RESIDUES 56 AND 64 IN CHAIN A MODELLED IN TWO CONFORMATIONS WITH 0.55 AND 0.45 OCCUPANCY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.147 7431 5 %
Rwork0.1357 --
obs0.1363 148298 97.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.675 Å2 / ksol: 0.431 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 14.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.233 Å20 Å2-0.5928 Å2
2--1.9062 Å20 Å2
3----3.1392 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→36.503 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2100 0 1 366 2467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142354
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6013237
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.433901
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011415
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1-1.01140.24272520.23364723X-RAY DIFFRACTION99
1.0114-1.02330.22042400.21744774X-RAY DIFFRACTION99
1.0233-1.03580.21372460.19224749X-RAY DIFFRACTION99
1.0358-1.04890.20882550.18514735X-RAY DIFFRACTION99
1.0489-1.06270.18622360.16954805X-RAY DIFFRACTION100
1.0627-1.07730.15932510.15914730X-RAY DIFFRACTION99
1.0773-1.09270.16422560.14694763X-RAY DIFFRACTION99
1.0927-1.1090.1382650.13584747X-RAY DIFFRACTION99
1.109-1.12630.13992390.12684810X-RAY DIFFRACTION99
1.1263-1.14480.12992340.12184715X-RAY DIFFRACTION99
1.1448-1.16450.11732710.11344710X-RAY DIFFRACTION99
1.1645-1.18570.112420.10834759X-RAY DIFFRACTION99
1.1857-1.20850.12692740.11014715X-RAY DIFFRACTION99
1.2085-1.23320.13762270.11164810X-RAY DIFFRACTION99
1.2332-1.260.12352480.10784695X-RAY DIFFRACTION99
1.26-1.28930.11932480.10444736X-RAY DIFFRACTION98
1.2893-1.32150.10742490.1034698X-RAY DIFFRACTION98
1.3215-1.35730.13862490.1024693X-RAY DIFFRACTION98
1.3573-1.39720.12322760.10184630X-RAY DIFFRACTION97
1.3972-1.44230.12752390.10024682X-RAY DIFFRACTION97
1.4423-1.49390.11042260.10174570X-RAY DIFFRACTION96
1.4939-1.55370.12032450.09844598X-RAY DIFFRACTION95
1.5537-1.62440.11462160.10184531X-RAY DIFFRACTION94
1.6244-1.710.12772360.10844480X-RAY DIFFRACTION92
1.71-1.81710.13032350.11734360X-RAY DIFFRACTION91
1.8171-1.95740.13542530.12634468X-RAY DIFFRACTION93
1.9574-2.15440.13522620.12614784X-RAY DIFFRACTION100
2.1544-2.46610.14682620.14664821X-RAY DIFFRACTION99
2.4661-3.10680.17192640.16184767X-RAY DIFFRACTION99
3.1068-36.52710.17332350.16284809X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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