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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4awt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the reduced Shewanella Yellow Enzyme 1 (SYE1) M25L mutant | ||||||
要素 | SYE1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / COFACTOR-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | SHEWANELLA ONEIDENSIS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.98 Å | ||||||
データ登録者 | Elegheert, J. / Brige, A. / Savvides, S.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Modulation of Isoalloxazine Ring Planarity Influences Fmn Electronic Properties in Old Yellow Enzymes 著者: Elegheert, J. / Pauwels, E. / Wille, G. / Brige, A. / Savvides, S.N. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4awt.cif.gz | 195 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4awt.ent.gz | 151.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4awt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4awt_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4awt_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4awt_validation.xml.gz | 23.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4awt_validation.cif.gz | 37.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/4awt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/4awt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 39699.629 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N-TERMINAL T2 IS INVOLVED IN AN N, O FIVE RING ACETAL BY REACTION WITH HO-CH2-CH2-O-CH2-CHO, A PEG400 BREAKDOWN PRODUCT. 由来: (組換発現) SHEWANELLA ONEIDENSIS (バクテリア) 株: MR-1 / プラスミド: PACYC-DUET1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8EEC8, NADPH dehydrogenase |
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#4: 糖 | ChemComp-BOG / |
-非ポリマー , 5種, 625分子
#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
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#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 化合物 | ChemComp-01F / |
#6: 化合物 | ChemComp-PE4 / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
非ポリマーの詳細 | BETA-OCTYLGLUCO配列の詳細 | M25L MUTATION TO MODULATE FMN PLANARITY | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.2 詳細: 100 MM TRIS PH 8.2, 1.65 M (NH4)2SO4, 2 % PEG400 AND 0.25 % (W/V) BETA-OCTYL GLUCOSIDE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8076 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8076 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.98→30 Å / Num. obs: 202572 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24.5 |
反射 シェル | 解像度: 0.98→1 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 95.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4AWS 解像度: 0.98→30 Å / Num. parameters: 33818 / Num. restraintsaints: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 46 / Occupancy sum hydrogen: 2802.34 / Occupancy sum non hydrogen: 3459 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.98→30 Å
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拘束条件 |
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