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- PDB-4awl: The NF-Y transcription factor is structurally and functionally a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4awl
タイトルThe NF-Y transcription factor is structurally and functionally a sequence specific histone
要素
  • (HSP70 PROMOTER ...) x 2
  • (NUCLEAR TRANSCRIPTION FACTOR Y SUBUNIT ...) x 3
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX / NF-Y / DNA-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


CCAAT-binding factor complex / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cellular response to leukemia inhibitory factor / protein-DNA complex / PPARA activates gene expression / RNA polymerase II transcription regulator complex / rhythmic process ...CCAAT-binding factor complex / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cellular response to leukemia inhibitory factor / protein-DNA complex / PPARA activates gene expression / RNA polymerase II transcription regulator complex / rhythmic process / protein folding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2430 / CCAAT-binding factor, conserved site / NF-YA/HAP2 subunit signature. / Nuclear transcription factor Y subunit A / CCAAT-binding transcription factor (CBF-B/NF-YA) subunit B / NF-YA/HAP2 family profile. / CCAAT-Binding transcription Factor / Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2430 / CCAAT-binding factor, conserved site / NF-YA/HAP2 subunit signature. / Nuclear transcription factor Y subunit A / CCAAT-binding transcription factor (CBF-B/NF-YA) subunit B / NF-YA/HAP2 family profile. / CCAAT-Binding transcription Factor / Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone / Histone, subunit A / Histone, subunit A / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclear transcription factor Y subunit alpha / Nuclear transcription factor Y subunit beta / Nuclear transcription factor Y subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Nardini, M. / Gnesutta, N. / Donati, G. / Gatta, R. / Forni, C. / Fossati, A. / Vonrhein, C. / Moras, D. / Romier, C. / Mantovani, R. / Bolognesi, M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: Sequence-Specific Transcription Factor NF-Y Displays Histone-Like DNA Binding and H2B-Like Ubiquitination.
著者: Nardini, M. / Gnesutta, N. / Donati, G. / Gatta, R. / Forni, C. / Fossati, A. / Vonrhein, C. / Moras, D. / Romier, C. / Bolognesi, M. / Mantovani, R.
履歴
登録2012年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEAR TRANSCRIPTION FACTOR Y SUBUNIT ALPHA
B: NUCLEAR TRANSCRIPTION FACTOR Y SUBUNIT BETA
C: NUCLEAR TRANSCRIPTION FACTOR Y SUBUNIT GAMMA
I: HSP70 PROMOTER FRAGMENT
J: HSP70 PROMOTER FRAGMENT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6455
ポリマ－46,6455
非ポリマー00
水362
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13030 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.700, 62.560, 139.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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NUCLEAR TRANSCRIPTION FACTOR Y SUBUNIT ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 NUCLEAR TRANSCRIPTION FACTOR Y SUBUNIT ALPHA / CCAAT BOX DNA-BINDING PROTEIN SUBUNIT A / CAAT BOX DNA-BINDING PROTEIN SUBUNIT A / NUCLEAR ...CCAAT BOX DNA-BINDING PROTEIN SUBUNIT A / CAAT BOX DNA-BINDING PROTEIN SUBUNIT A / NUCLEAR TRANSCRIPTION FACTOR Y SUBUNIT A / NF-YA


分子量: 9329.813 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 233-303 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P23511
#2: タンパク質 NUCLEAR TRANSCRIPTION FACTOR Y SUBUNIT BETA / CCAAT BOX DNA-BINDING PROTEIN SUBUNIT B / CAAT BOX DNA-BINDING PROTEIN SUBUNIT B / NUCLEAR ...CCAAT BOX DNA-BINDING PROTEIN SUBUNIT B / CAAT BOX DNA-BINDING PROTEIN SUBUNIT B / NUCLEAR TRANSCRIPTION FACTOR Y SUBUNIT B / NF-YB


分子量: 10853.485 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 51-143 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FRAGMENT NUMBERING 49-141 IS THE NUMBERING DEFINED IN THE LITERATURE
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P25208
#3: タンパク質 NUCLEAR TRANSCRIPTION FACTOR Y SUBUNIT GAMMA / CAAT BOX DNA-BINDING PROTEIN SUBUNIT C / CAAT BOX DNA-BINDING PROTEIN SUBUNIT C / NUCLEAR ...CAAT BOX DNA-BINDING PROTEIN SUBUNIT C / CAAT BOX DNA-BINDING PROTEIN SUBUNIT C / NUCLEAR TRANSCRIPTION FACTOR Y SUBUNIT C / NF-YC / TRANSACTIVATOR HSM-1/2


分子量: 11104.061 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 27-120 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13952

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HSP70 PROMOTER ... , 2種, 2分子 IJ

#4: DNA鎖 HSP70 PROMOTER FRAGMENT


分子量: 7618.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#5: DNA鎖 HSP70 PROMOTER FRAGMENT


分子量: 7738.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)

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非ポリマー , 1種, 2分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細FOREIGN SEQUENCE PRESENT IN THE NF-YA RECOMBINANT PROTEIN THAT WERE ADDED FOR EXPRESSION- ...FOREIGN SEQUENCE PRESENT IN THE NF-YA RECOMBINANT PROTEIN THAT WERE ADDED FOR EXPRESSION-PURIFICATION PURPOSES N- TERMINAL MET C-TERMINAL GLY-SER-LEU-VAL-PRO-ARG FOREIGN SEQUENCE PRESENT IN THE NF-YB RECOMBINANT PROTEIN THAT WERE ADDED FOR EXPRESSION-PURIFICATION PURPOSES N- TERMINAL MET

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.99 %
解説: A 25 BP OLIGONUCLEOTIDE CUT FROM THE XENOPUS LAEVIS NUCLEOSOME, PDB ENTRY 1AOI, WAS USED AS THE SEARCH MODEL FOR THE DNA PART OF THE COMPLEX
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: VAPOUR DIFFUSION METHOD , HANGING DROP, 20-24% PEG3350, 100 MM MES OR CACODYLATE BUFFER, PH 6.5, 50 MM NAF. T ROOM.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9,1.0
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
211
反射解像度: 3.08→62.56 Å / Num. obs: 8907 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 3.08→3.25 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 76.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N1J

1n1j


解像度: 3.08→35.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 43.765 / SU ML: 0.413 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.462 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE NF-YA MODEL COMPRISES RESIDUES 232-293. POOR DENSITY IS PRESENT FOR THE 232-235 SEGMENT, WHILE NO INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY WAS ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE NF-YA MODEL COMPRISES RESIDUES 232-293. POOR DENSITY IS PRESENT FOR THE 232-235 SEGMENT, WHILE NO INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY WAS PRESENT FOR THE 294-307 SEGMENT. NF-YB AND NF-YC COMPRISE RESIDUES 50-141 AND 40-119, RESPECTIVELY. FOR THE FIRST TWO NF-YB N-TERMINAL RESIDUES, THE FIRST THIRTEEN NF-YC N-TERMINAL RESIDUES AND THE LAST NF-YC C- TERMINAL RESIDUES NO ELECTRON DENSITY WAS AVAILABLE. FINAL STRUCTURE HAS NO RESIDUES IN THE DISALLOWED REGION OF THE RAMACHANDRAN PLOT AS DEFINED IN THE CCP4 PROCHECK PROGRAM.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24971 418 4.7 %RANDOM
Rwork0.19133 ---
obs0.19418 8448 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 79.475 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.15 Å20 Å20 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3----7.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.08→35.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1928 1019 0 2 2949
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223099
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7512.3824379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8315231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.56822.9997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.75615389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4781521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211979
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.421.51170
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.85321887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.18331929
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9694.52492
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.081→3.161 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 29 -
Rwork0.241 454 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4211-0.6110.499410.1407-1.39384.7595-0.00330.0272-0.03090.18820.10260.8673-0.3645-0.6517-0.09930.0578-0.01780.06470.3199-0.02440.20374.7418-4.5547-11.0834
23.6264-1.18132.14376.8842-3.089211.102-0.1970.6290.5963-0.4932-0.2198-0.4506-1.19060.36930.41680.1914-0.05660.00480.12980.0820.328914.69845.4631-18.0178
33.0816-1.36054.45516.714-3.274921.2583-0.20230.14410.43270.3520.0613-0.212-1.2927-0.18260.1410.0391-0.1322-0.06540.05650.06920.271414.0244.3378-10.7036
42.1146-0.71631.46093.2313-1.32954.13450.07460.3310.0951-0.7381-0.1236-0.1930.89980.33270.0490.2283-0.07270.02540.2451-0.02550.234213.2061-12.3674-18.4462
51.4718-0.02972.71896.65981.21449.8097-0.0288-0.515-0.32391.0735-0.31960.18361.0613-0.47860.34840.2481-0.02940.07150.12160.08310.132314.1637-17.25824.8075
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A232 - 293
2X-RAY DIFFRACTION2B50 - 141
3X-RAY DIFFRACTION3C40 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4I1 - 25
5X-RAY DIFFRACTION5J-10 - -1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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