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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4awa | ||||||
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タイトル | Crystal structure of active legumain in complex with YVAD-CMK at pH 5.0 | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / CYSTEINE PROTEASE / LYSOSOMAL / AEP / SUBSTRATE SPECIFICITY / MHCII / ANTIGEN PROCESSING / CANCER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of ERBB signaling pathway / legumain / vacuolar protein processing / renal system process / Vitamin D (calciferol) metabolism / receptor catabolic process / vitamin D metabolic process / self proteolysis / endolysosome lumen / response to acidic pH ...negative regulation of ERBB signaling pathway / legumain / vacuolar protein processing / renal system process / Vitamin D (calciferol) metabolism / receptor catabolic process / vitamin D metabolic process / self proteolysis / endolysosome lumen / response to acidic pH / activation of cysteine-type endopeptidase activity / dendritic spine organization / positive regulation of monocyte chemotaxis / Trafficking and processing of endosomal TLR / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / negative regulation of multicellular organism growth / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / associative learning / protein maturation / endopeptidase activator activity / cellular response to calcium ion / MHC class II antigen presentation / positive regulation of mitotic cell cycle / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of long-term synaptic potentiation / tau protein binding / memory / cellular response to amyloid-beta / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / late endosome / apical part of cell / peptidase activity / negative regulation of neuron apoptotic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Dall, E. / Brandstetter, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013 タイトル: Mechanistic and Structural Studies on Legumain Explain its Zymogenicity, Distinct Activation Pathways, and Regulation 著者: Dall, E. / Brandstetter, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4awa.cif.gz | 71.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4awa.ent.gz | 51.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4awa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4awa_validation.pdf.gz | 468.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4awa_full_validation.pdf.gz | 469.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4awa_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4awa_validation.cif.gz | 17.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/4awa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/4awa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32273.203 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 26-309 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: LEISHMANIA TARENTOLAE (真核生物) / 株 (発現宿主): P10 / 参照: UniProt: Q99538, legumain | ||||||||
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#2: タンパク質・ペプチド | | ||||||||
#3: 化合物 | #4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | 非ポリマーの詳細 | AC-YVAD-CMK (CHAIN I): AC-TYR-VAL-ALA-ASP-CHLOROMETH | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5 詳細: 0.1 M CITRIC ACID PH 5.0, 0.2 M LITHIUM SULFATE MONOHYDRATE, 25% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.6999 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.6999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→64.3 Å / Num. obs: 10650 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→7.91 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 95.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4AW9 解像度: 2.5→64.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 10.004 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.003 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.944 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→64.3 Å
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拘束条件 |
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