[日本語] English
万見
- PDB-4avm: Crystal structure of the N-BAR domain of human bridging integrator 2. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4avm
タイトルCrystal structure of the N-BAR domain of human bridging integrator 2.
要素BRIDGING INTEGRATOR 2
キーワードPROTEIN BINDING / PLASMA MEMBRANE / BAR ADAPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane tubulation / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / podosome assembly / podosome / anchoring junction / phagocytosis, engulfment / phagocytic cup / cell projection / cell chemotaxis / phospholipid binding ...plasma membrane tubulation / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / podosome assembly / podosome / anchoring junction / phagocytosis, engulfment / phagocytic cup / cell projection / cell chemotaxis / phospholipid binding / cell cortex / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Bridging integrator 2, C-terminal tail / Amphiphysin / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / BAR domain / AH/BAR domain superfamily ...: / : / Bridging integrator 2, C-terminal tail / Amphiphysin / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bridging integrator 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Allerston, C.K. / Krojer, T. / Cooper, C.D.O. / Vollmar, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / von Delft, F. / Gileadi, O.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the N-Bar Domain of Human Bridging Integrator 2.
著者: Allerston, C.K. / Krojer, T. / Cooper, C.D.O. / Vollmar, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / von Delft, F. / Gileadi, O.
履歴
登録2012年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Other / Structure summary
改定 1.22012年12月5日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BRIDGING INTEGRATOR 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6586
ポリマ－27,9961
非ポリマー6635
水3,801211
1
A: BRIDGING INTEGRATOR 2
ヘテロ分子

A: BRIDGING INTEGRATOR 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,31712
ポリマ－55,9912
非ポリマー1,32610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area5280 Å2
ΔGint-27.6 kcal/mol
Surface area26640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.886, 81.248, 150.384
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 BRIDGING INTEGRATOR 2 / BREAST CANCER-ASSOCIATED PROTEIN 1


分子量: 27995.590 Da / 分子数: 1 / 断片: N-BAR DOMAIN, RESIDUES 11-245 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q9UBW5
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.38 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 30% JEFFAMINE 2001, 0.1M HEPES PH 7.0, 100 MM NAI.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: MARRESEARCH MARMOSAIC 300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月29日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→150.38 Å / Num. obs: 18417 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 22.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 1.91→2.02 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
autoPROCデータ削減
AP_SCALEデータスケーリング
PHASERMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FIC

2fic


解像度: 1.91→40.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9474 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9361 / SU R Cruickshank DPI: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.158 / SU Rfree Blow DPI: 0.134 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.129
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1982 941 5.12 %RANDOM
Rwork0.1629 ---
obs0.1646 18377 99.23 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.4509 Å20 Å20 Å2
2---0.1109 Å20 Å2
3---3.5618 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.175 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→40.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1853 0 24 211 2088
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011943HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.82619HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d951SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes63HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes282HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1943HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.91
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion246SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies6HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2536SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.91→2.03 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2347 148 5.25 %
Rwork0.1765 2672 -
all0.1797 2820 -
obs--99.23 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.5892 Å / Origin y: -23.6398 Å / Origin z: -15.2463 Å
111213212223313233
T-0.0697 Å20.0089 Å20.002 Å2-0.0713 Å20.0126 Å2---0.0478 Å2
L0.1409 °20.11 °2-0.2958 °2-0.1126 °2-0.2608 °2--1.0036 °2
S-0.0024 Å °0.0017 Å °-0.0227 Å °-0.0149 Å °-0.008 Å °-0.0083 Å °0.0797 Å °0.1254 Å °0.0104 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る