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万見
- PDB-4avc: Crystal structure of protein lysine acetyltransferase Rv0998 in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4avc
タイトルCrystal structure of protein lysine acetyltransferase Rv0998 in complex with acetyl CoA and cAMP
要素LYSINE ACETYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / ACETYLTRANSFERASE / ALLOSTERIC REGULATION / DOMAIN COUPLING
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity / acetyltransferase activity / cAMP binding / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / DNA-binding transcription factor activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. ...Acetyltransferase (GNAT) domain / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / GNAT domain / Jelly Rolls / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Acetyltransferase Pat
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.806 Å
データ登録者Lee, H.J. / Lang, P.T. / Fortune, S.M. / Sassetti, C.M. / Alber, T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Cyclic AMP Regulation of Protein Lysine Acetylation in Mycobacterium Tuberculosis.
著者: Lee, H.J. / Lang, P.T. / Fortune, S.M. / Sassetti, C.M. / Alber, T.
履歴
登録2012年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月22日Group: Database references
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSINE ACETYLTRANSFERASE
B: LYSINE ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,10710
ポリマ－72,4492
非ポリマー2,6588
水1,49583
1
A: LYSINE ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4694
ポリマ－36,2241
非ポリマー1,2453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LYSINE ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6386
ポリマ－36,2241
非ポリマー1,4135
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.661, 50.151, 110.102
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 LYSINE ACETYLTRANSFERASE


分子量: 36224.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O05581

-
非ポリマー , 5種, 91分子

#2: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9796
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 詳細: DOUBLE CRYSTAL SI(111)
放射モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 17628 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 41.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXAUTOSOL位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.806→39.884 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2672 848 5.1 %
Rwork0.1985 --
obs0.202 16793 93.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.092 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.2433 Å20 Å2-8.7237 Å2
2---0.2334 Å20 Å2
3---3.4767 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.806→39.884 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4902 0 171 83 5156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125399
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2137084
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4041932
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076809
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006913
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8059-2.98160.37881370.2912397X-RAY DIFFRACTION85
2.9816-3.21170.30181350.24982518X-RAY DIFFRACTION90
3.2117-3.53480.28321450.21022657X-RAY DIFFRACTION94
3.5348-4.04580.26931580.18362719X-RAY DIFFRACTION96
4.0458-5.09570.21111280.15432793X-RAY DIFFRACTION98
5.0957-39.88780.24981450.19882861X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2795-0.08830.03990.04150.03340.1846-0.0471-0.01030.02160.0260.0098-0.0138-0.06730.0023-0.0040.21390.0833-0.00690.1672-0.00690.1863-57.331269.666186.7268
20.08970.06820.03860.1299-0.03250.1242-0.06450.02390.167-0.03010.12160.1423-0.0721-0.11650.0029-0.22640.2318-0.1962-0.07390.2025-0.048-49.144357.461682.6889
30.06320.08620.04580.13630.11660.1650.0002-0.0106-0.0580.01350.0528-0.1150.00140.0692-0.06060.13490.0008-0.0320.1989-0.1210.27-30.186759.289993.1451
40.1802-0.05320.09870.1866-0.03730.188-0.0565-0.0175-0.07610.09390.0280.01380.0078-0.00540.00050.26360.0119-0.03510.2514-0.06110.2655-29.852568.6846105.4586
50.07650.0378-0.02010.08310.06520.09270.06640.0377-0.0361-0.0110.0481-0.10020.0010.12110.04780.1851-0.0490.01120.1986-0.03260.1767-19.125569.558596.991
60.1357-0.02930.13090.11190.00450.16390.07440.06170.0028-0.0535-0.0327-0.0218-0.08430.2105-0.02960.2826-0.1034-0.01040.2363-0.00530.0898-16.291469.861390.4876
70.5631-0.1538-0.06540.16060.02220.11490.011-0.01670.21930.12470.0342-0.08120.03350.0802-0.01240.14590.0083-0.00840.09510.01020.12694.603435.305972.5556
80.0391-0.0014-0.0010.042-0.01340.03360.01590.00340.05760.00470.07050.12840.0405-0.03380.10720.1036-0.01850.00390.12960.08120.1608-4.926437.075771.579
90.31310.0319-0.04970.03760.01360.2336-0.0658-0.1047-0.12030.0307-0.00160.0031-0.0094-0.0111-0.02680.09160.03720.01190.10280.00370.0821-24.725844.745461.9411
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 8:25)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 26:126)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 127:170)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 171:206)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 207:287)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 288:333)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 8:100)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 101:154)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 155:333)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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