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万見
- PDB-4av6: Crystal structure of Thermotoga maritima sodium pumping membrane ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4av6
タイトルCrystal structure of Thermotoga maritima sodium pumping membrane integral pyrophosphatase at 4 A in complex with phosphate and magnesium
要素K(+)-STIMULATED PYROPHOSPHATE-ENERGIZED SODIUM PUMP
キーワードHYDROLASE / SODIUM PUMP / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Na+-exporting diphosphatase / diphosphate hydrolysis-driven proton transmembrane transporter activity / sodium ion transmembrane transporter activity / inorganic diphosphate phosphatase activity / potassium ion binding / sodium ion transmembrane transport / calcium ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pyrophosphate-energised proton pump / Inorganic H+ pyrophosphatase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Kajander, T. / Kellosalo, J. / Kogan, K. / Pokharel, K. / Goldman, A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: The Structure and Catalytic Cycle of a Sodium-Pumping Pyrophosphatase.
著者: Kellosalo, J. / Kajander, T. / Kogan, K. / Pokharel, K. / Goldman, A.
履歴
登録2012年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: K(+)-STIMULATED PYROPHOSPHATE-ENERGIZED SODIUM PUMP
B: K(+)-STIMULATED PYROPHOSPHATE-ENERGIZED SODIUM PUMP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,08716
ポリマ－156,4342
非ポリマー65314
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8020 Å2
ΔGint-184.8 kcal/mol
Surface area40470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.800, 112.266, 109.714
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 5:28 OR RESSEQ 38:113 OR RESSEQ 119:148 OR RESSEQ 600:726 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 5:28 OR RESSEQ 38:113 OR RESSEQ 119:148 OR RESSEQ 600:726 )

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.87653, -0.02531, 0.48068), (-0.0263, -0.99964, -0.00468), (0.48063, -0.00854, -0.87688)
ベクター: -12.81174, 32.84422, 52.47643)

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要素

#1: タンパク質 K(+)-STIMULATED PYROPHOSPHATE-ENERGIZED SODIUM PUMP / MEMBRANE-BOUND SODIUM-TRANSLOCATING PYROPHOSPHATASE / PYROPHOSPHATE-ENERGIZED INORGANIC ...MEMBRANE-BOUND SODIUM-TRANSLOCATING PYROPHOSPHATASE / PYROPHOSPHATE-ENERGIZED INORGANIC PYROPHOSPHATASE / NA(+)-PPASE / TM-PPASE


分子量: 78217.141 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-726 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ1991 / 参照: UniProt: Q9S5X0, inorganic diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 353 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 395 TO GLY ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 353 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 395 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, VAL 353 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 395 TO GLY
非ポリマーの詳細POTASSIUM ION (K): MODELLED INTO THE FO-FC PEAK AT 4 A. MAGNESIUM ION (MG): MODELLED INTO THE FO-FC ...POTASSIUM ION (K): MODELLED INTO THE FO-FC PEAK AT 4 A. MAGNESIUM ION (MG): MODELLED INTO THE FO-FC PEAK AROUND THE PO4 MOLECULES AT 4 A ACCORDING TO OTHER PPASE COMPLEXES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 35% PEG 400, 50 MM TRIS PH 8.0, 50 MM LISO4, 50 MM NASO4
PH範囲: PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.873
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: SI (111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→30 Å / Num. obs: 17075 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 178.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.85
反射 シェル解像度: 4→4.22 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HIGH RESOLUTION RESTING STATE TMPPASE STRUCTURE

解像度: 4→29.832 Å / SU ML: 1.7 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 43.81 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SOME DISORDERED REGIONS AND SOME SIDE CHAINS WERE MODELLED BASED ON HIGH RESOLUTION RESTING TMPPASE STRUCTURE USED AS THE SEARCH MODEL.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 863 5.1 %
Rwork0.2952 --
obs0.2988 17061 98.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.49 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 154.483 Å2 / ksol: 0.235 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 239 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-35.461 Å20 Å2-23.7725 Å2
2---24.6168 Å20 Å2
3----10.8441 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→29.832 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9376 0 30 0 9406
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019606
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.16913080
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0513190
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1111599
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111611
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1833X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1833X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4-4.24990.39491470.3652659X-RAY DIFFRACTION98
4.2499-4.5770.37951360.3142680X-RAY DIFFRACTION99
4.577-5.03560.42481330.30062717X-RAY DIFFRACTION99
5.0356-5.75980.43441570.33712682X-RAY DIFFRACTION99
5.7598-7.23950.37611390.28332729X-RAY DIFFRACTION99
7.2395-29.83230.32371510.27272731X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3930.0610.10360.1886-0.13190.2690.23080.1653-0.4616-0.27230.211-0.01140.36130.04110.6326-0.7858-0.34980.16150.4580.18130.87819.3004-0.241819.6878
20.5384-0.35940.21170.7396-0.11530.1414-0.1429-0.13050.2406-0.07520.3207-0.5918-1.1280.10230.03881.7622-0.0936-0.03710.6691-0.04830.67814.176932.571639.5443
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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