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万見
- PDB-4av3: Crystal structure of Thermotoga Maritima sodium pumping membrane ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4av3
タイトルCrystal structure of Thermotoga Maritima sodium pumping membrane integral pyrophosphatase with metal ions in active site
要素K(+)-STIMULATED PYROPHOSPHATE-ENERGIZED SODIUM PUMP
キーワードHYDROLASE / MEMBRANE PYROPHOSPHOTASE / ION PUMP
機能・相同性
機能・相同性情報


Na+-exporting diphosphatase / diphosphate hydrolysis-driven proton transmembrane transporter activity / sodium ion transmembrane transporter activity / inorganic diphosphate phosphatase activity / potassium ion binding / sodium ion transmembrane transport / calcium ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pyrophosphate-energised proton pump / Inorganic H+ pyrophosphatase
類似検索 - ドメイン・相同性
K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kajander, T. / Kogan, K. / Kellosalo, J. / Pokharel, K. / Goldman, A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: The Structure and Catalytic Cycle of a Sodium-Pumping Pyrophosphatase.
著者: Kellosalo, J. / Kajander, T. / Kogan, K. / Pokharel, K. / Goldman, A.
履歴
登録2012年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: K(+)-STIMULATED PYROPHOSPHATE-ENERGIZED SODIUM PUMP
B: K(+)-STIMULATED PYROPHOSPHATE-ENERGIZED SODIUM PUMP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,5636
ポリマ－156,4342
非ポリマー1294
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-113.1 kcal/mol
Surface area43010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.520, 107.779, 102.521
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.587, 0.021, -0.809), (0.016, -1, -0.014), (-0.809, -0.005, -0.587)
ベクター: 22.25765, 153.78954, 47.42078)

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要素

#1: タンパク質 K(+)-STIMULATED PYROPHOSPHATE-ENERGIZED SODIUM PUMP / MEMBRANE INTEGRAL PYROPHOSPHATASE MEMBRANE-BOUND SODIUM-TRANSLOCATING PYROPHOSPHATASE / ...MEMBRANE INTEGRAL PYROPHOSPHATASE MEMBRANE-BOUND SODIUM-TRANSLOCATING PYROPHOSPHATASE / PYROPHOSPHATE-ENERGIZED INORGANIC PYROPHOSPHATASE / NA(+)-PPASE / TM-PPASE


分子量: 78217.141 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-726 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ1991 / 参照: UniProt: Q9S5X0, inorganic diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 353 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 395 TO GLY ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 353 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 395 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, VAL 353 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 395 TO GLY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.43 %
解説: INITIALLY THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY MIRAS USING TWO DIFFERENT DERIVATIVES. THEN UTILIZING 3.3 A NATIVE DATASET THE PHASES WERE EXTENDED AND BACKBONE HELICAL MODEL WAS BUILD. THIS MODEL ...解説: INITIALLY THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY MIRAS USING TWO DIFFERENT DERIVATIVES. THEN UTILIZING 3.3 A NATIVE DATASET THE PHASES WERE EXTENDED AND BACKBONE HELICAL MODEL WAS BUILD. THIS MODEL WAS USED AS A STARTING MODEL WITH ROSETTA-MR IMPLEMENTED IN PHENIX.
結晶化詳細: 19-22% PEG 350, 0.1 M MES-NAOH PH 6.5, 0.2 M CA2CL, 2 MM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月10日
詳細: RH-COATED SI MIRROR AND RH- COATED TOROIDAL SI MIRROR
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 49279 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.43 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMACモデル構築
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
REFMAC位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: OUR BACKBONE HELICAL LOW RESOLUTION MODEL

解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 24.872 / SU ML: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.564 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24478 2622 5.1 %RANDOM
Rwork0.20458 ---
obs0.20658 49279 97.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.691 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.51 Å20 Å21.57 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---7.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9965 0 4 19 9988
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0210170
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.026296
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7031.96513879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.281315492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.35651393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.91723.912294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.878151431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9941513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02111541
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022092
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 187 -
Rwork0.293 3276 -
obs--91.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.91340.30240.24352.34030.06172.1679-0.14490.8911-0.5391-0.5907-0.0181-0.10720.0653-0.15130.16310.2633-0.02560.05240.2261-0.13970.095-2.484968.388910.1976
22.789-0.3182-0.07892.19010.56822.3642-0.1487-0.70470.52590.24470.1059-0.5852-0.31180.28440.04280.20520.0308-0.14490.2246-0.11780.26215.018785.322842.3976
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 726
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 726

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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