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- PDB-4auw: CRYSTAL STRUCTURE OF THE BZIP HOMODIMERIC MAFB IN COMPLEX WITH TH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4auw
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE BZIP HOMODIMERIC MAFB IN COMPLEX WITH THE C- MARE BINDING SITE
要素
  • (C-MARE BINDING SITE (5'-D(*AP*TP*AP*AP*TP*GP*CP*TP* GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*AP*AP*TP*T)-3')) x 2
  • TRANSCRIPTION FACTOR MAFB
キーワードTRANSCRIPTION / DNA / MACROPHAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


rhombomere 6 development / abducens nerve formation / rhombomere 5 development / brain segmentation / cornified envelope assembly / regulation of myeloid cell differentiation / negative regulation of erythrocyte differentiation / segment specification / respiratory gaseous exchange by respiratory system / inner ear morphogenesis ...rhombomere 6 development / abducens nerve formation / rhombomere 5 development / brain segmentation / cornified envelope assembly / regulation of myeloid cell differentiation / negative regulation of erythrocyte differentiation / segment specification / respiratory gaseous exchange by respiratory system / inner ear morphogenesis / negative regulation of osteoclast differentiation / keratinocyte differentiation / thymus development / protein processing / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / gene expression / T cell differentiation in thymus / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-containing complex binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Maf transcription factor, N-terminal / Maf N-terminal region / Transcription factor Maf family / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily ...Maf transcription factor, N-terminal / Maf N-terminal region / Transcription factor Maf family / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / : / DNA / DNA (> 10) / Transcription factor MafB
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Textor, L.C. / Holton, S. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun.
年: 2007
タイトル: Expression, purification, crystallization and preliminary crystallographic analysis of the mouse transcription factor MafB in complex with its DNA-recognition motif Cmare
著者: Textor, L.C. / Wilmanns, M. / Holton, S.J.
履歴
登録2012年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / reflns / reflns_shell
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _reflns.pdbx_Rsym_value
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION FACTOR MAFB
B: TRANSCRIPTION FACTOR MAFB
C: C-MARE BINDING SITE (5'-D(*AP*TP*AP*AP*TP*GP*CP*TP* GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
D: C-MARE BINDING SITE (5'-D(*AP*TP*AP*AP*TP*GP*CP*TP* GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
E: TRANSCRIPTION FACTOR MAFB
F: TRANSCRIPTION FACTOR MAFB
G: C-MARE BINDING SITE (5'-D(*AP*TP*AP*AP*TP*GP*CP*TP* GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
H: C-MARE BINDING SITE (5'-D(*AP*TP*AP*AP*TP*GP*CP*TP* GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,88413
ポリマ－71,9288
非ポリマー9575
水00
1
A: TRANSCRIPTION FACTOR MAFB
B: TRANSCRIPTION FACTOR MAFB
C: C-MARE BINDING SITE (5'-D(*AP*TP*AP*AP*TP*GP*CP*TP* GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
D: C-MARE BINDING SITE (5'-D(*AP*TP*AP*AP*TP*GP*CP*TP* GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5197
ポリマ－35,9644
非ポリマー5553
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7300 Å2
ΔGint-114.2 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
2
E: TRANSCRIPTION FACTOR MAFB
F: TRANSCRIPTION FACTOR MAFB
G: C-MARE BINDING SITE (5'-D(*AP*TP*AP*AP*TP*GP*CP*TP* GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
H: C-MARE BINDING SITE (5'-D(*AP*TP*AP*AP*TP*GP*CP*TP* GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3656
ポリマ－35,9644
非ポリマー4012
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7400 Å2
ΔGint-107.5 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.964, 94.964, 200.111
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質
TRANSCRIPTION FACTOR MAFB / MAF-B / KREISLER / SEGMENTATION PROTEIN KR / TRANSCRIPTION FACTOR MAF-1 / V-MAF MUSCULOAPONEUROTIC ...MAF-B / KREISLER / SEGMENTATION PROTEIN KR / TRANSCRIPTION FACTOR MAF-1 / V-MAF MUSCULOAPONEUROTIC FIBROSARCOMA ONCOGENE HOMOLOG B


分子量: 11540.252 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 211-305 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P54841
#2: DNA鎖 C-MARE BINDING SITE (5'-D(*AP*TP*AP*AP*TP*GP*CP*TP* GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*AP*AP*TP*T)-3')


分子量: 6437.183 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 C-MARE BINDING SITE (5'-D(*AP*TP*AP*AP*TP*GP*CP*TP* GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*AP*AP*TP*T)-3')


分子量: 6446.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#5: 化合物 ChemComp-DTU / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / ジチオエリトリト-ル


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.44 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / タイプ: ESRF / 波長: 0.9535
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9535 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48 Å / Num. obs: 20968 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.218 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0102 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.9→85.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 16.896 / SU ML: 0.321 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.69 / ESU R Free: 0.419 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29047 1081 5.1 %RANDOM
Rwork0.25505 ---
obs0.25684 19927 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.303 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å20 Å20 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→85.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2938 1710 12 0 4660
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0214891
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1472.4046909
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.015349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.62823.136169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.71115643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9341544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2759
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.462 81 -
Rwork0.492 1450 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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