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万見
- PDB-4ato: New insights into the mechanism of bacterial Type III toxin-antit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ato
タイトルNew insights into the mechanism of bacterial Type III toxin-antitoxin systems: selective toxin inhibition by a non-coding RNA pseudoknot
要素
  • TOXI
  • TOXN
キーワードTOXIN/ANTITOXIN / TOXIN-ANTITOXIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid maintenance / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding
類似検索 - 分子機能
ToxN/AbiQ toxin / : / Toxin ToxN, type III toxin-antitoxin system / Thiol Ester Dehydrase; Chain A - #130 / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Endoribonuclease ToxN
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS THURINGIENSIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Short, F.L. / Pei, X.Y. / Blower, T.R. / Ong, S.L. / Luisi, B.F. / Salmond, G.P.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Selectivity and Self-Assembly in the Control of a Bacterial Toxin by an Antitoxic Noncoding RNA Pseudoknot.
著者: Short, F.L. / Pei, X.Y. / Blower, T.R. / Ong, S.L. / Fineran, P.C. / Luisi, B.F. / Salmond, G.P.C.
履歴
登録2012年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22013年1月30日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TOXN
G: TOXI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0343
ポリマ－33,9162
非ポリマー1181
水3,999222
1
A: TOXN
G: TOXI
ヘテロ分子

A: TOXN
G: TOXI
ヘテロ分子

A: TOXN
G: TOXI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,1029
ポリマ－101,7476
非ポリマー3553
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area15600 Å2
ΔGint-79.1 kcal/mol
Surface area35260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.100, 127.100, 37.735
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 TOXN


分子量: 22928.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACILLUS THURINGIENSIS (バクテリア)
株: KURSTAKI HD-73 / 解説: ENVIRONMENT ISOLATED FROM SCOTLAND SOIL, U.K / プラスミド: PFLS67 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q3YN09
#2: RNA鎖 TOXI


分子量: 10987.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACILLUS THURINGIENSIS (バクテリア)
株: KURSTAKI HD-73 / 解説: ENVIRONMENT ISOLATED FROM SCOTLAND SOIL, U.K / プラスミド: PFLS44 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.1 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PRECIPITANT CONTAINS 0.2 M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 50% MPD. CRYSTALLIZATION WITH A SITTING DROP, VAPOUR DIFFUSION METHOD.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月28日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→28 Å / Num. obs: 34618 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 40.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.11→2.23 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XDB

2xdb


解像度: 2.2→27.95 Å / SU ML: 0.71 / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 20.38 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUES 1-4 AND 173-194 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1917 1713 4.9 %
Rwork0.1602 --
obs0.1618 34618 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.841 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0311 Å20 Å20 Å2
2--1.0311 Å20 Å2
3----2.0622 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→27.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1382 726 8 222 2338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062245
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0833200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.693963
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082377
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005287
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.26470.28991490.2422731X-RAY DIFFRACTION100
2.2647-2.33780.28631160.22732794X-RAY DIFFRACTION100
2.3378-2.42130.23431370.21422715X-RAY DIFFRACTION100
2.4213-2.51820.24511290.21112776X-RAY DIFFRACTION100
2.5182-2.63270.30491680.21942707X-RAY DIFFRACTION100
2.6327-2.77140.25771610.20062731X-RAY DIFFRACTION100
2.7714-2.94490.20751320.16932775X-RAY DIFFRACTION100
2.9449-3.17190.1731270.14912737X-RAY DIFFRACTION100
3.1719-3.49060.17831360.14952751X-RAY DIFFRACTION100
3.4906-3.99440.17971500.13732735X-RAY DIFFRACTION100
3.9944-5.02780.13841520.11542713X-RAY DIFFRACTION100
5.0278-27.95270.17561560.16152740X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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