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万見
- PDB-4atm: Crystal structure of the BAR domain of human Amphiphysin, isoform... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4atm
タイトルCrystal structure of the BAR domain of human Amphiphysin, isoform 1 at 1.8 Angstrom resolution featuring increased order at the N- terminus.
要素AMPHIPHYSIN
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / INVAGINATION / KNOBS-IN-HOLES / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


leading edge membrane / synaptic vesicle endocytosis / phospholipid binding / endocytosis / synaptic vesicle / synaptic vesicle membrane / actin cytoskeleton / Clathrin-mediated endocytosis / chemical synaptic transmission / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Amphiphysin, isoform 1 / Amphiphysin I, SH3 domain / Amphiphysin / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 ...Amphiphysin, isoform 1 / Amphiphysin I, SH3 domain / Amphiphysin / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.783 Å
データ登録者Allerston, C.K. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Bountra, C. / von Delft, F. / Gileadi, O.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Bar Domain of Human Amphiphysin, Isoform 1
著者: Allerston, C.K. / Krojer, T. / Gileadi, O.
履歴
登録2012年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2012年5月30日ID: 4A3A
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Structure summary
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMPHIPHYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0408
ポリマ－28,5451
非ポリマー4957
水4,197233
1
A: AMPHIPHYSIN
ヘテロ分子

A: AMPHIPHYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,08016
ポリマ－57,0912
非ポリマー98914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area7000 Å2
ΔGint-27.3 kcal/mol
Surface area22830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.390, 82.390, 86.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2037-

HOH

21A-2082-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 AMPHIPHYSIN


分子量: 28545.377 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-242 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: P49418
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細G116E MUTATION DERIVED DURING PCR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.82 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M CITRATE PH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→37.2 Å / Num. obs: 32882 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 25.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.78→1.88 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASERMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SOG

3sog


解像度: 1.783→37.014 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2181 1668 5.1 %
Rwork0.1872 --
obs0.1887 32833 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.719 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9932 Å20 Å20 Å2
2--2.9932 Å20 Å2
3----5.9864 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.783→37.014 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1784 0 32 233 2049
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071911
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.942574
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.61734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004334
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.783-1.83550.31361600.28622548X-RAY DIFFRACTION100
1.8355-1.89480.29321220.26692568X-RAY DIFFRACTION100
1.8948-1.96250.28651370.25152583X-RAY DIFFRACTION100
1.9625-2.0410.26151420.22112534X-RAY DIFFRACTION100
2.041-2.13390.23661380.19482595X-RAY DIFFRACTION100
2.1339-2.24640.2051390.1842561X-RAY DIFFRACTION100
2.2464-2.38710.18891330.17072598X-RAY DIFFRACTION100
2.3871-2.57140.20981220.17662602X-RAY DIFFRACTION100
2.5714-2.83010.22481500.19052579X-RAY DIFFRACTION100
2.8301-3.23940.21771630.17032596X-RAY DIFFRACTION100
3.2394-4.08050.19651280.17192656X-RAY DIFFRACTION100
4.0805-37.02190.20251340.18052745X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3873-0.81871.12721.7341-2.3863.28151.068-3.5130.02883.699-0.2832-1.29311.27142.0288-0.76021.2090.1407-0.2941.1137-0.29480.638239.11564.654644.9498
23.56073.00365.63332.9445.11069.209-0.1721-0.12920.1546-0.2319-0.05430.1109-0.4673-0.28090.28780.17010.00610.00460.1848-0.00730.208819.6992-14.12264.2181
32.20221.31632.34142.95512.96758.10580.2006-0.0459-0.03770.2279-0.20330.20970.7103-0.69750.02370.0634-0.0262-0.00830.21450.00110.24774.9573-36.0251-16.3183
40.39452.63833.22465.86216.78476.23160.0405-0.33340.2354-0.026-0.52140.3285-0.0449-1.01450.47920.2760.00130.01470.3224-0.12550.285121.4062-4.15425.1132
50.34460.83951.31993.48014.29426.03590.125-0.05190.0380.5225-0.10420.01890.5442-0.19540.00630.1291-0.04610.05290.1205-0.01460.199620.9501-19.46689.9799
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 19:23)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 24:84)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 85:116)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 117:157)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 158:239)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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