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- PDB-4atg: TAF6 C-terminal domain from Antonospora locustae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4atg
タイトルTAF6 C-terminal domain from Antonospora locustae
要素TAF6
キーワードTRANSCRIPTION / TFIID
機能・相同性
機能・相同性情報


SLIK (SAGA-like) complex / SAGA complex / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / transcription coactivator activity
類似検索 - 分子機能
TAF6, C-terminal HEAT repeat domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain superfamily / TAF6 C-terminal HEAT repeat domain / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種ANTONOSPORA LOCUSTAE (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Romier, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: TFIID Taf6-Taf9 Complex Formation Involves the Heat Repeat-Containing C-Terminal Domain of Taf6 and is Modulated by Taf5 Protein.
著者: Scheer, E. / Delbac, F. / Tora, L. / Moras, D. / Romier, C.
履歴
登録2012年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22012年8月22日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TAF6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0493
ポリマ－22,6351
非ポリマー4152
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.792, 50.685, 67.293
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 TAF6


分子量: 22634.561 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 160-355 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ANTONOSPORA LOCUSTAE (菌類) / プラスミド: PNEA-TH / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I6L8L5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細NOT IN DATABASES GLY 160 AND SER 161 THROMBIN CLEAVAGE SITE. HIS 162 AND MET 163 ENGINEERED NDE1 CLONING SITE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M CHES PH 9.5, 10% (W/V) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 17911 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 25.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 30.6
反射 シェル解像度: 1.89→1.94 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.89→18.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9311 / SU R Cruickshank DPI: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.138 / SU Rfree Blow DPI: 0.132 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.129
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2151 915 5.12 %RANDOM
Rwork0.1687 ---
obs0.1711 17887 99.22 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8543 Å20 Å2-1.182 Å2
2--0.6527 Å20 Å2
3----1.5069 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.236 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→18.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1577 0 26 185 1788
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011661HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.952247HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d622SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes36HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes232HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1661HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.94
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.61
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion220SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2143SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.89→2 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2235 151 5.34 %
Rwork0.1786 2676 -
all0.181 2827 -
obs--99.22 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.9766 Å / Origin y: 40.0697 Å / Origin z: 15.9232 Å
111213212223313233
T-0.0846 Å20.0216 Å20.0128 Å2--0.014 Å20.0028 Å2---0.0764 Å2
L2.0326 °20.1404 °20.6099 °2-0.9907 °20.7462 °2--1.3196 °2
S-0.0572 Å °-0.4045 Å °-0.0068 Å °0.0516 Å °0.0582 Å °0.008 Å °0.0442 Å °0.037 Å °-0.001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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