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- PDB-4asw: Structure of the complex between the N-terminal dimerisation doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4asw
タイトルStructure of the complex between the N-terminal dimerisation domain of Sgt2 and the UBL domain of Get5
要素
  • SMALL GLUTAMINE-RICH TETRATRICOPEPTIDE REPEAT-CONTAINING PROTEIN 2
  • UBIQUITIN-LIKE PROTEIN MDY2
キーワードCHAPERONE / TAIL-ANCHORED / POST-TRANSLATIONAL TARGETING
機能・相同性
機能・相同性情報


cell morphogenesis involved in conjugation with cellular fusion / TRC complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / cytoplasmic stress granule / protein-macromolecule adaptor activity / response to heat / molecular adaptor activity / identical protein binding ...cell morphogenesis involved in conjugation with cellular fusion / TRC complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / cytoplasmic stress granule / protein-macromolecule adaptor activity / response to heat / molecular adaptor activity / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mdy2, Get4 binding domain / Get5, C-terminal domain / Binding domain to Get4 on Get5, Golgi to ER traffic protein / Ubiquitin-like protein MDY2, C-terminal domain / SGTA, homodimerisation domain / Homodimerisation domain of SGTA / : / Immunoglobulin FC, subunit C / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. ...Mdy2, Get4 binding domain / Get5, C-terminal domain / Binding domain to Get4 on Get5, Golgi to ER traffic protein / Ubiquitin-like protein MDY2, C-terminal domain / SGTA, homodimerisation domain / Homodimerisation domain of SGTA / : / Immunoglobulin FC, subunit C / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small glutamine-rich tetratricopeptide repeat-containing protein 2 / Ubiquitin-like protein MDY2
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法溶液NMR / ARIA
データ登録者Simon, A.C. / Simpson, P.J. / Goldstone, R.M. / Krysztofinska, E.M. / Murray, J.W. / High, S. / Isaacson, R.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structure of the Sgt2/Get5 Complex Provides Insights Into Get-Mediated Targeting of Tail-Anchored Membrane Proteins
著者: Simon, A.C. / Simpson, P.J. / Goldstone, R.M. / Krysztofinska, E.M. / Murray, J.W. / High, S. / Isaacson, R.L.
履歴
登録2012年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22013年2月27日Group: Database references
改定 1.32016年11月30日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Other / Structure summary
改定 2.02021年6月23日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Other
カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat ...atom_site / database_PDB_caveat / pdbx_database_status / pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_representative.selection_criteria / _pdbx_nmr_software.name
改定 2.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SMALL GLUTAMINE-RICH TETRATRICOPEPTIDE REPEAT-CONTAINING PROTEIN 2
B: SMALL GLUTAMINE-RICH TETRATRICOPEPTIDE REPEAT-CONTAINING PROTEIN 2
C: UBIQUITIN-LIKE PROTEIN MDY2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4623
ポリマ－29,4623
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)9 / 100LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 SMALL GLUTAMINE-RICH TETRATRICOPEPTIDE REPEAT-CONTAINING PROTEIN 2 / SGT2_NT / SGT/UBP / VIRAL PROTEIN U-BINDING PROTEIN


分子量: 10098.163 Da / 分子数: 2 / 断片: DIMERISATION DOMAIN, RESIDUES 1-78 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PET46-SGT2_NT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q12118
#2: タンパク質 UBIQUITIN-LIKE PROTEIN MDY2 / GOLGI TO ER TRAFFIC PROTEIN 5 / MATING-DEFICIENT PROTEIN 2 / TRANSLATION MACHINERY-ASSOCIATED ...GOLGI TO ER TRAFFIC PROTEIN 5 / MATING-DEFICIENT PROTEIN 2 / TRANSLATION MACHINERY-ASSOCIATED PROTEIN 24 / GET5 / GET


分子量: 9265.789 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 70-152 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PET46-SGT2_NT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q12285

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111600
121800
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 90% WATER/10% D2O
試料状態イオン強度: 250 mM / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 303.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
ARIABARDIAUX B,MALLIAVIN T,NILGES M精密化
NMRView構造決定
精密化手法: ARIA / ソフトェア番号: 1 / 詳細: BMRB 18342
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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