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- PDB-4ash: Crystal structure of the NS6 protease from murine norovirus 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ash
タイトルCrystal structure of the NS6 protease from murine norovirus 1
要素NS6 PROTEASE
キーワードHYDROLASE / TRYPSIN-LIKE / CALICIVIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


calicivirin / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis ...calicivirin / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Trypsin-like serine proteases ...Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NTPase / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種MURINE NOROVIRUS 1 (マウスノロウイルス 1)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.578 Å
データ登録者Leen, E.N. / Baeza, G. / Curry, S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structure of a Murine Norovirus Ns6 Protease-Product Complex Revealed by Adventitious Crystallisation.
著者: Leen, E.N. / Baeza, G. / Curry, S.
履歴
登録2012年5月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS6 PROTEASE
B: NS6 PROTEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7362
ポリマ－38,7362
非ポリマー00
水5,224290
1
A: NS6 PROTEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3681
ポリマ－19,3681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NS6 PROTEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3681
ポリマ－19,3681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.920, 70.140, 192.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2149-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NS6 PROTEASE


分子量: 19368.129 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 995-1177 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DERIVES FROM POLYPROTEIN
由来: (組換発現) MURINE NOROVIRUS 1 (マウスノロウイルス 1)
株: CW1 / プラスミド: PETM11-MNV NS6 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: A7U693, UniProt: Q80J95*PLUS, calicivirin
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 1133 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 1133 TO ALA
配列の詳細GLY AND SER AT THE N-TERMINUS OF THE PROTEIN IS DERIVED FROM THE TAG. ALA AT POSITION 139 IS A CYS ...GLY AND SER AT THE N-TERMINUS OF THE PROTEIN IS DERIVED FROM THE TAG. ALA AT POSITION 139 IS A CYS IN GENBANK SEQUENCE. THIS HAS BEEN MUTATED INTENTIONALLY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.45 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.2 M KSCN,0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 20% W/V POLY-ETHYLENE GLYCOL (PEG) 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9173
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→48.03 Å / Num. obs: 44988 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 29.8
反射 シェル解像度: 1.58→1.62 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 65.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1WQS, 2FYQ, AND 2IPH

1wqs

2fyq

2iph


解像度: 1.578→48.032 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 23.7 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 124-130 OF CHAIN A INCLUSIVE ARE DISORDERED IN THS STRUCTURE AS ARE RESIDUES 124-131 INCLUSIVE OF CHAIN B.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2084 2266 5 %
Rwork0.1836 --
obs0.1849 44931 93.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.321 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.1405 Å20 Å20 Å2
2--14.401 Å20 Å2
3----9.2605 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.578→48.032 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2585 0 0 290 2875
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062679
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.983660
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.609908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066425
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004464
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5781-1.61480.30271130.26551905X-RAY DIFFRACTION64
1.6148-1.65520.28681330.24242262X-RAY DIFFRACTION76
1.6552-1.70.28231240.22142577X-RAY DIFFRACTION86
1.7-1.750.25551580.21172828X-RAY DIFFRACTION94
1.75-1.80650.22331660.19872929X-RAY DIFFRACTION98
1.8065-1.87110.25931300.18682971X-RAY DIFFRACTION99
1.8711-1.9460.18891730.17762944X-RAY DIFFRACTION99
1.946-2.03460.20631440.17962996X-RAY DIFFRACTION99
2.0346-2.14180.21351450.17742958X-RAY DIFFRACTION98
2.1418-2.2760.20841450.18463033X-RAY DIFFRACTION99
2.276-2.45170.24391520.18372997X-RAY DIFFRACTION100
2.4517-2.69840.22611600.19383068X-RAY DIFFRACTION100
2.6984-3.08890.21831600.19382991X-RAY DIFFRACTION98
3.0889-3.89140.19291770.18333042X-RAY DIFFRACTION99
3.8914-48.05470.17881860.16373164X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.0045 Å / Origin y: -12.5719 Å / Origin z: 25.112 Å
111213212223313233
T0.1501 Å2-0.0061 Å2-0.0063 Å2-0.102 Å20.0029 Å2--0.1443 Å2
L0.8493 °20.1592 °2-0.4588 °2-0.2507 °2-0.2146 °2--1.4414 °2
S-0.0195 Å °0.0148 Å °-0.0149 Å °-0.0591 Å °0.0037 Å °0.0043 Å °-0.1075 Å °0.03 Å °0.0071 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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