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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4as5 | ||||||
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タイトル | Structure of mouse inositol monophosphatase 1 | ||||||
![]() | INOSITOL MONOPHOSPHATASE 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / LITHIUM / BIPOLAR DISORDER | ||||||
機能・相同性 | ![]() Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / D-galactose 1-phosphate phosphatase / inositol monophosphate phosphatase activity / : / lithium ion binding / inositol biosynthetic process / inositol-phosphate phosphatase / inositol monophosphate 3-phosphatase activity / inositol monophosphate 4-phosphatase activity / inositol monophosphate 1-phosphatase activity ...Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / D-galactose 1-phosphate phosphatase / inositol monophosphate phosphatase activity / : / lithium ion binding / inositol biosynthetic process / inositol-phosphate phosphatase / inositol monophosphate 3-phosphatase activity / inositol monophosphate 4-phosphatase activity / inositol monophosphate 1-phosphatase activity / inositol metabolic process / phosphatidylinositol biosynthetic process / phosphate-containing compound metabolic process / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / manganese ion binding / axon / neuronal cell body / magnesium ion binding / signal transduction / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Singh, N. / Knight, M. / Halliday, A.C. / Lack, N.A. / Lowe, E.D. / Churchill, G.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cloning, Expression, Purification, Crystallization and X-Ray Analysis of Inositol Monophosphatase from Mus Musculus and Homo Sapiens. 著者: Singh, N. / Halliday, A.C. / Knight, M. / Lack, N.A. / Lowe, E.D. / Churchill, G.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 449.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 370.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 486.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 493.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 72.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 30461.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 880分子 ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/IOD.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/IOD.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-IOD / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 0.2 M NAI, 20% W/V PEG 3350, 0.1 M BIS TRIS PROPANE AT PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月23日 / 詳細: TOROIDAL MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SINGLE BOUNCE SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.916 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.43→43.34 Å / Num. obs: 46562 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 48.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.43→2.56 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 96.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2HHM 解像度: 2.43→43.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9213 / SU R Cruickshank DPI: 0.393 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.47 / SU Rfree Blow DPI: 0.237 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.233 詳細: NOTE 1 :IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MG. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=9288. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. ...詳細: NOTE 1 :IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MG. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=9288. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=12.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 41.84 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.258 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.43→43.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.43→2.49 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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