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万見
- PDB-4arx: Lepidoptera-specific toxin Cry1Ac from Bacillus thuringiensis ssp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4arx
タイトルLepidoptera-specific toxin Cry1Ac from Bacillus thuringiensis ssp. kurstaki HD-73
要素PESTICIDAL CRYSTAL PROTEIN CRY1AC
キーワードTOXIN / MEMBRANE PORE-FORMING TOXIN / INSECTICIDAL PROTEIN LEPIDOPTERAN SPECIFICITY / RECEPTOR BINDING SITE
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated killing of host cell / sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
: / Cry1Ac, domain VII / Pesticidal crystal protein Cry, domain V / Insecticidal delta-endotoxin CryIA(c) domain 5 / Pesticidal crystal protein, central domain / Pesticidal crystal protein, central domain / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain / Pesticidal crystal protein, central domain superfamily / Pesticidal crystal protein, C-terminal ...: / Cry1Ac, domain VII / Pesticidal crystal protein Cry, domain V / Insecticidal delta-endotoxin CryIA(c) domain 5 / Pesticidal crystal protein, central domain / Pesticidal crystal protein, central domain / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain / Pesticidal crystal protein, central domain superfamily / Pesticidal crystal protein, C-terminal / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein / Pesticidal crystal protein, N-terminal / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain superfamily / delta endotoxin, N-terminal domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Delta-Endotoxin; domain 1 / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-DIAMINOPROPANE / Pesticidal crystal protein Cry1Ac
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS THURINGIENSIS SEROVAR KURSTAKI (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Derbyshire, D.J. / Carroll, J. / Ellar, D.J. / Li, J.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Basis of Galnac-Dependent Receptor Recognition by B. Thuringiensis Toxin Cry1Ac
著者: Derbyshire, D.J. / Carroll, J. / Ellar, D.J. / Li, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystallization of the Bacillus Thuringiensis Toxin Cry1Ac and its Complex with the Receptor Ligand N-Aceryl-D-Galactosamine
著者: Derbyshire, D.J. / Ellar, D.J. / Li, J.
履歴
登録2012年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PESTICIDAL CRYSTAL PROTEIN CRY1AC
B: PESTICIDAL CRYSTAL PROTEIN CRY1AC
C: PESTICIDAL CRYSTAL PROTEIN CRY1AC
D: PESTICIDAL CRYSTAL PROTEIN CRY1AC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,3639
ポリマ－259,9744
非ポリマー3895
水12,989721
1
A: PESTICIDAL CRYSTAL PROTEIN CRY1AC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1423
ポリマ－64,9931
非ポリマー1482
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PESTICIDAL CRYSTAL PROTEIN CRY1AC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1423
ポリマ－64,9931
非ポリマー1482
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PESTICIDAL CRYSTAL PROTEIN CRY1AC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9931
ポリマ－64,9931
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PESTICIDAL CRYSTAL PROTEIN CRY1AC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0862
ポリマ－64,9931
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.808, 112.975, 123.299
Angle α, β, γ (deg.)113.11, 91.52, 100.51
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYAA32 - 6072 - 577
21GLYGLYBB32 - 6072 - 577
12GLYGLYAA32 - 6072 - 577
22GLYGLYCC32 - 6072 - 577
13TYRTYRAA33 - 6073 - 577
23TYRTYRDD33 - 6073 - 577
14GLYGLYBB32 - 6072 - 577
24GLYGLYCC32 - 6072 - 577
15TYRTYRBB33 - 6073 - 577
25TYRTYRDD33 - 6073 - 577
16TYRTYRCC33 - 6073 - 577
26TYRTYRDD33 - 6073 - 577

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9958, 0.05312, 0.07401), (0.045, -0.9932, 0.1074), (0.07921, -0.1036, -0.9915)1.416, 12.83, 85.97
2given(0.9961, 0.06099, 0.06348), (-0.05478, 0.9939, -0.09536), (-0.06891, 0.09151, 0.9934)27.44, -23.31, 56.53
3given(0.9965, -0.05359, 0.06442), (-0.05614, -0.9977, 0.03854), (0.0622, -0.04202, -0.9972)26.3, 38.78, 27.04

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要素

#1: タンパク質
PESTICIDAL CRYSTAL PROTEIN CRY1AC / 133 KDA CRYSTAL PROTEIN / CRYSTALINE ENTOMOCIDAL PROTOXIN / INSECTICIDAL DELTA-ENDOTOXIN CRYIA(C)


分子量: 64993.480 Da / 分子数: 4
断片: ACTIVATED TOXIN OBTAINED BY TRYPSIN CLEAVAGE, RESIDUES 31-609
由来タイプ: 天然
由来: (天然) BACILLUS THURINGIENSIS SEROVAR KURSTAKI (バクテリア)
Variant: HD-73 / 参照: UniProt: P05068
#2: 化合物
ChemComp-13D / 1,3-DIAMINOPROPANE


分子量: 74.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H10N2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細1,3-DIAMINOPROPANE (13D): USING 1,3-DIAMINOPROPANE AS BUFFER DURING PURIFICATION PREVENTED ...1,3-DIAMINOPROPANE (13D): USING 1,3-DIAMINOPROPANE AS BUFFER DURING PURIFICATION PREVENTED AGGREGATION OF CRY1AC.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
解説: FROZEN CRYSTALS WERE ANNEALED BY THAWING IN THE CRYO -PROTECTANT SOLUTION AND RE-FROZEN IN THE VAPOUR OF LIQUID N2.
結晶化手法: microdialysis / pH: 9.8
詳細: MICRODIALYSIS AGAINST 65-69 MM PIPERAZINE PH 9.8, 25-29 MM NABR, 21-25% GLYCEROL, 9% MPD, 1% PEG350MME. FOR DETAILS SEE REFERNCE 1 IN REMARK 1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.4
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月19日 / 詳細: MONOCHROMATOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→43.19 Å / Num. obs: 95755 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 29.267 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.34→2.47 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 75.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CIY

1ciy


解像度: 2.35→112.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 6.302 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. LOCAL NCS RESTRAINTS WERE DEFINED AUTOMATICALLY. JELLY BODY RESTRAINTS AGAINST EXCESSIVE POSITION SHIFTS WERE APPLIED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21772 4815 5 %RANDOM
Rwork0.18382 ---
obs0.18552 90938 91.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.553 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.07 Å2-0.27 Å20.41 Å2
2---1.1 Å2-0.74 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→112.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18358 0 26 721 19105
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01918859
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0212709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2211.93325692
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.049330587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.81452305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.98223.067952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.243152854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.46315168
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.22793
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02121415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.024313
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A225770.05
12B225770.05
21A225730.05
22C225730.05
31A225870.04
32D225870.04
41B226220.04
42C226220.04
51B224960.05
52D224960.05
61C225040.04
62D225040.04
LS精密化 シェル解像度: 2.352→2.413 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 299 -
Rwork0.22 5418 -
obs--74.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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