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- PDB-4art: STRUCTURE OF THE ORF273 PROTEIN FROM THE ACIDIANUS TWO-TAILED VIRUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4art
タイトルSTRUCTURE OF THE ORF273 PROTEIN FROM THE ACIDIANUS TWO-TAILED VIRUS
要素STRUCTURAL PROTEIN ORF273
キーワードVIRAL PROTEIN / ARCHAEAL VIRUS / EXTREMOPHILES / BICAUDAVIRUS / HYPER-THERMOSTABILITY
機能・相同性: / Acidianus two-tailed virus, ORF273 protein / virion component / Structural protein ORF273
機能・相同性情報
生物種ACIDIANUS TWO-TAILED VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Felisberto-Rodrigues, C. / Ortiz-Lombardia, M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Atv(Orf273), a New Fold for a Thermo-and Acido-Stable Protein from the Acidianus Two-Tailed Virus.
著者: Felisberto-Rodrigues, C. / Blangy, S. / Goulet, A. / Vestergaard, G. / Cambillau, C. / Garrett, R.A. / Ortiz-Lombardia, M.
履歴
登録2012年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STRUCTURAL PROTEIN ORF273
B: STRUCTURAL PROTEIN ORF273
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5187
ポリマ－66,0462
非ポリマー4725
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-52.5 kcal/mol
Surface area22080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.620, 78.620, 189.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 STRUCTURAL PROTEIN ORF273


分子量: 33023.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ACIDIANUS TWO-TAILED VIRUS (ウイルス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): T7 EXPRESS IQ PLYSS / 参照: UniProt: Q3V4T6
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.72 %
解説: SOLEIL DATASET (SE-SAD) WAS USED TO SOLVE THE STRUCTURE AND IN THE REFINEMENT OF THE FIRST MODEL. ESRF DATASET USED IMPROVE THE RESOLUTION TO 2.15 A, IN LATER REFINEMENT CYCLES.
結晶化pH: 6
詳細: PROTEIN SOLUTION AT 5 MG/ML IN 10 MM BICINE PH 8.5 AND 100 MM NACL WAS MIXED IN A 3:1 RATIO TO A SOLUTION CONTAINING 3.6% ISOPROPANOL AND 1.9 M AMMONIUM SULPHATE AS PRECIPITANT AGENTS IN 5 MM MGCL2 AND 2 MM AMP

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF ID2910.91839
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 120.97911
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2010年7月25日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2010年6月3日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918391
20.979111
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 32549 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 3.72 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.15→28.42 Å / SU R Cruickshank DPI: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.239 / SU Rfree Blow DPI: 0.185
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY RESIDUES 44-54 AND 75- 82 ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2338 1660 5.1 %RANDOM
Rwork0.2024 ---
obs0.2041 32529 97.92 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4232 Å20 Å20 Å2
2---0.4232 Å20 Å2
3---0.8465 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.354 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→28.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3917 0 27 249 4193
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.22 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2547 166 5.53 %
Rwork0.2291 2838 -
all0.2307 3004 -
obs--97.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5073-0.47710.80152.6144-0.43553.4255-0.164-0.2318-0.18570.3480.14770.02880.4893-0.13290.01620.11910.09550.0673-0.01850.0235-0.246445.7033-12.59447.9308
20.7574-0.0626-0.12421.02950.3652.1584-0.0349-0.0093-0.0190.00510.0289-0.01990.06360.08780.0060.03610.03450.03150.06190.0304-0.179546.99112.210847.2129
35.22211.3471-1.16427.051-2.15193.6049-0.23290.72730.191-0.86990.62720.85870.8253-0.7733-0.39430.0892-0.2303-0.11590.12530.159-0.325121.25331.552264.2322
40.6522-0.1616-0.28581.1438-0.89593.4610.0216-0.06220.0324-0.02560.07890.13360.2259-0.2341-0.10050.0273-0.0057-0.00830.01190.01-0.210933.78878.115467.0611
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESSEQ 22:111
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESSEQ 112:270
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND RESSEQ 24:111
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND RESSEQ 112:269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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