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- PDB-4aqp: The structure of the AXH domain of ataxin-1. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aqp
タイトルThe structure of the AXH domain of ataxin-1.
要素ATAXIN-1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / OB-FOLD / HIGH MOBILITY GROUP HOMOLOGY / HMG
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(G) binding / nuclear inclusion body / nuclear export / poly(U) RNA binding / social behavior / RNA processing / learning / brain development / memory / nuclear matrix ...poly(G) binding / nuclear inclusion body / nuclear export / poly(U) RNA binding / social behavior / RNA processing / learning / brain development / memory / nuclear matrix / nervous system development / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ataxin-1, N-terminal / ATAXIN1-like / Ataxin-1 like family / Ataxin, AXH domain / Ataxin, AXH domain superfamily / Ataxin-1 and HBP1 module (AXH) / AXH domain profile. / domain in Ataxins and HMG containing proteins
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Ataxin-1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.452 Å
データ登録者Rees, M. / Chen, Y.W. / de Chiara, C. / Pastore, A.
引用
ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2013
タイトル: Self-Assembly and Conformational Heterogeneity of the Axh Domain of Ataxin-1: An Unusual Example of a Chameleon Fold
著者: De Chiara, C. / Rees, M. / Menon, R.P. / Pauwels, K. / Lawrence, C. / Konarev, P.V. / Svergun, D.I. / Martin, S.R. / Chen, Y.W. / Pastore, A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: The Structure of the Axh Domain of Spinocerebellar Ataxin-1.
著者: Chen, Y.W. / Allen, M.D. / Veprintsev, D.B. / Lowe, J. / Bycroft, M.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2003
タイトル: The Axh Module: An Independently Folded Domain Common to Ataxin-1 and Hbp1.
著者: De Chiara, C. / Giannini, C. / Adinolfi, S. / De Boer, J. / Guida, S. / Ramos, A. / Jodice, C. / Kioussis, D. / Pastore, A.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Polyglutamine is not All: The Functional Role of the Axh Domain in the Ataxin-1 Protein.
著者: De Chiara, C. / Menon, R.P. / Dal Piaz, F. / Calder, L. / Pastore, A.
履歴
登録2012年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月17日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATAXIN-1
B: ATAXIN-1
C: ATAXIN-1
D: ATAXIN-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2828
ポリマ－55,1074
非ポリマー1754
水1,15364
1
A: ATAXIN-1
B: ATAXIN-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6824
ポリマ－27,5532
非ポリマー1292
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-44.3 kcal/mol
Surface area11790 Å2
手法PISA
2
C: ATAXIN-1
D: ATAXIN-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5994
ポリマ－27,5532
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-53.2 kcal/mol
Surface area11620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.539, 82.699, 137.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.8823, 0.4589, 0.10466), (-0.47068, 0.86009, 0.19673), (0.00026, -0.22283, 0.97486)-7.0637, -46.59366, 2.88887
2given(0.85773, 0.49449, 0.14065), (-0.51254, 0.8438, 0.15906), (-0.04002, -0.20852, 0.9772)-8.26149, -46.12433, 2.19498

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要素

#1: タンパク質
ATAXIN-1 / SPINOCEREBELLAR ATAXIA TYPE 1 PROTEIN


分子量: 13776.670 Da / 分子数: 4 / 断片: AXH DOMAIN, RESIDUES 566-688 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P54253
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.78 %
解説: DATA WERE MODIFIED AT THE UCLA DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER WITH TRUNCATION ALONG D1, D2, D3 BEING 2.90,2.45,2.45 ANGSTROMS. ALL VALUES REPORTED ARE AFTER CORRECTION, EXCEPT FOR R-MERGE AND ...解説: DATA WERE MODIFIED AT THE UCLA DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER WITH TRUNCATION ALONG D1, D2, D3 BEING 2.90,2.45,2.45 ANGSTROMS. ALL VALUES REPORTED ARE AFTER CORRECTION, EXCEPT FOR R-MERGE AND DATA REDUNDANCY WHICH IS FOR UNCORRECTED DATA.
結晶化pH: 6.5
詳細: PROTEIN SAMPLES AT 20 MG/ML CRYSTALLISED IN 0.1 M MES, PH 6.5, 10% W/V PWG 20000 AT ROOM TEMPERATURE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9697
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9697 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→70.9 Å / Num. obs: 16989 / % possible obs: 82.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 47.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.45→2.58 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 32.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OA8

1oa8


解像度: 2.452→44.916 Å / SU ML: 0.78 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.95 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THERE ARE 4 CHEMICALLY IDENTICAL PROTEIN MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT. CHAINS A AND B CONSTITUTE A GLOBULAR DIMER, C & D FORM ANOTHER. CHAINS A AND B ARE STRUCTURALLY SLIGHTLY DIFFERENT, ...詳細: THERE ARE 4 CHEMICALLY IDENTICAL PROTEIN MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT. CHAINS A AND B CONSTITUTE A GLOBULAR DIMER, C & D FORM ANOTHER. CHAINS A AND B ARE STRUCTURALLY SLIGHTLY DIFFERENT, LIKEWISE FOR C & D CHAINS. A AND C ARE MORE ALIKE AND SO ARE CHAINS B & D. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2672 856 5 %
Rwork0.2175 --
obs0.2201 16984 82.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.331 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7993 Å20 Å20 Å2
2--1.3985 Å20 Å2
3---0.4007 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.452→44.916 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3844 0 10 64 3918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7235352
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7141451
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05616
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004690
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.452-2.60560.4943510.31651134X-RAY DIFFRACTION35
2.6056-2.80680.34321140.29182192X-RAY DIFFRACTION68
2.8068-3.08920.3031500.2793040X-RAY DIFFRACTION95
3.0892-3.5360.28891850.24813168X-RAY DIFFRACTION99
3.536-4.45440.24441700.19353228X-RAY DIFFRACTION99
4.4544-44.92330.24091860.1843366X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.85982.17252.44092.33222.04953.60280.37670.5012-0.46690.313-0.2173-0.01480.0381.07460.07970.39030.1303-0.10440.4485-0.14070.2479-5.0027.358320.9089
21.2001-0.2941-0.68012.8918-1.2453.97070.08510.0749-0.0118-0.2122-0.0436-0.03560.0251-0.13960.02790.11320.030.13910.0866-0.07850.1368-2.42081.436811.4699
32.01490.10311.09625.50050.79384.5-0.1074-0.07290.2688-0.1093-0.10350.2766-0.3043-0.3630.16710.27330.0665-0.07990.15-0.06490.1737-13.293514.809817.5979
44.28050.262.93183.2597-0.81454.26380.1326-0.0004-0.3790.8002-0.12820.15530.51490.0747-0.15810.57680.0048-0.07380.1209-0.12130.24-5.3434-34.503922.8276
52.81560.39421.57763.96321.12383.67070.1665-0.2008-0.28470.00640.219-0.17810.60780.0386-0.23610.290.042-0.11490.1363-0.03950.2046-7.4217-42.012313.2768
62.0212-0.57732.63023.6613.19767.9372-0.1883-0.06630.2330.1317-0.0031-0.3646-0.123-0.06540.23350.2767-0.025-0.01360.13050.0540.1877-6.9504-31.116422.9227
73.57860.99511.12815.59640.15364.6054-0.11450.07030.092-0.1396-0.0150.1654-0.2275-0.01960.11820.14370.0405-0.02930.2072-0.06150.1933-10.8739-22.210215.0508
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN C AND (RESSEQ 564:587)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN C AND (RESSEQ 588:689)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN D AND (RESSEQ 565:689)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 565:589)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 590:689)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 564:591)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 592:689)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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