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- PDB-4aqf: X-ray crystallographic structure of Crimean-congo haemorrhagic fe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aqf
タイトルX-ray crystallographic structure of Crimean-congo haemorrhagic fever virus nucleoprotein
要素(NUCLEOPROTEIN) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / NAIROVIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral nucleocapsid / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1110 / Nucleocapsid N protein / Nucleocapsid N protein / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種CRIMEAN-CONGO HEMORRHAGIC FEVER VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wang, Y. / Dutta, S. / Karlberg, H. / Devignot, S. / Weber, F. / Hao, Q. / Tan, Y.J. / Mirazimi, A. / Kotaka, M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Structure of Crimean-Congo Haemorraghic Fever Virus Nucleoprotein: Superhelical Homo-Oligomers and the Role of Caspase-3 Cleavage.
著者: Wang, Y. / Dutta, S. / Karlberg, H. / Devignot, S. / Weber, F. / Hao, Q. / Tan, Y.J. / Mirazimi, A. / Kotaka, M.
履歴
登録2012年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOPROTEIN
B: NUCLEOPROTEIN
C: NUCLEOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,4927
ポリマ－162,1083
非ポリマー3844
水5,206289
1
A: NUCLEOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2233
ポリマ－54,0311
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NUCLEOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2233
ポリマ－54,0311
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: NUCLEOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0451
ポリマ－54,0451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.119, 133.119, 289.141
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1477-

SO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.702, 0.665, 0.256), (-0.713, 0.656, 0.248), (-0.003, -0.356, 0.934)33.789, 80.711, -58.668
2given(0.787, -0.564, 0.249), (0.583, 0.812, -0.005), (-0.2, 0.149, 0.968)42.765, -79.137, 40.832

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要素

#1: タンパク質 NUCLEOPROTEIN / NUCLEOCAPSID PROTEIN / PROTEIN N


分子量: 54031.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CRIMEAN-CONGO HEMORRHAGIC FEVER VIRUS (ウイルス)
株: IBAR10200 / プラスミド: PGEX-6P1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: P89522
#2: タンパク質 NUCLEOPROTEIN / NUCLEOCAPSID PROTEIN / PROTEIN N


分子量: 54045.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CRIMEAN-CONGO HEMORRHAGIC FEVER VIRUS (ウイルス)
株: IBAR10200 / プラスミド: PGEX-6P1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: P89522
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.96 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, PH 6.5, 37% (V/V) PEG 200, 12% (V/V) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 54514 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.1→29.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 35.36 / SU ML: 0.273 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.346 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23328 2769 5.1 %RANDOM
Rwork0.17013 ---
obs0.17332 51772 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 96.484 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20.09 Å20 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11088 0 20 289 11397
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0211335
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3931.94815302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.38551401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.67524.99515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.998152038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5441548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21669
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.72511335
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free27.5135231
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded31.07711166
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 197 -
Rwork0.298 3465 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2248-0.12490.3580.0223-0.07670.28470.0585-0.01390.20610.0401-0.01050.0055-0.21810-0.0480.40330.04710.06980.0954-0.01010.188267.5132-46.9113.1238
22.3545-0.54511.05450.2875-0.20480.5013-0.0876-0.1679-0.15560.02610.14230.0635-0.0693-0.0782-0.05470.06370.0088-0.02260.30590.09210.0471114.4933-82.527834.2048
30.2472-0.04270.33921.175-0.18231.17590.04390.0349-0.0220.15030.1476-0.19570.07430.2596-0.19150.06920.0537-0.01070.1217-0.03040.247945.79516.5213-30.5187
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 482
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 482
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 482

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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