PDB-4aq8: CRYSTAL STRUCTURE OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2 AND PROTOCADHERIN-15...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4aq8

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2 AND PROTOCADHERIN-15 EC1- 2 FORM II

要素

CADHERIN-23
PROTOCADHERIN-15

キーワード

CELL ADHESION / DEAFNESS

機能・相同性

機能・相同性情報

detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / kinocilium / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / inner ear receptor cell stereocilium organization / stereocilium tip / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / righting reflex / inner ear auditory receptor cell differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.63 Å

データ登録者

Sotomayor, M. / Weihofen, W. / Gaudet, R. / Corey, D.P.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structure of a Force-Conveying Cadherin Bond Essential for Inner-Ear Mechanotransduction
著者: Sotomayor, M. / Weihofen, W. / Gaudet, R. / Corey, D.P.

履歴

登録	2012年4月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月21日	Group: Database references
改定 1.2	2012年12月12日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4aq8.cif.gz	377.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4aq8.ent.gz	310.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4aq8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/4aq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/4aq8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4apxSC 4aqaC 4aqeC 4axwC 2wbx 2wcp 2wd0 2whv S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4apx-d 4aqa-d 4axw-d 5jqh-1 4aqe-d 4n6e-1 5jqh-2 1zym-d 4ifc-d 6h7j-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: CADHERIN-23

B: CADHERIN-23

C: PROTOCADHERIN-15

D: PROTOCADHERIN-15

ヘテロ分子

103 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CADHERIN-23

C: PROTOCADHERIN-15

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CADHERIN-23

D: PROTOCADHERIN-15

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.749, 57.030, 156.164
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.92, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CADHERIN-23 / OTOCADHERIN 分子量: 23856.436 Da / 分子数: 2 / 断片: EC1-2, RESIDUES 24-228 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99PF4
#2: タンパク質	PROTOCADHERIN-15 分子量: 27502.619 Da / 分子数: 2 / 断片: EC1-2, RESIDUES 27-259 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99PJ1
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	NOTE SEQUENCE CONFLICT OF GENBANK NP_001136218.1 AND EMBL- BANK CDS AAG53891.1 WITH Q99PJ1 RESIDUES ...NOTE SEQUENCE CONFLICT OF GENBANK NP_001136218.1 AND EMBL- BANK CDS AAG53891.1 WITH Q99PJ1 RESIDUES 34-36(YED TO FEN)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 0.1 MES, 10% PEG 8000, PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97949
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.63→38.57 Å / Num. obs: 41589 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 2.62→2.69 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4APX

4apx

解像度: 2.63→38.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 20.982 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.455 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.U VALUES WITH TLS ADDED. N-TERMINAL METHIONINES ARE A CLONING ARTIFACT. PROTEINS WERE CLONED WITH AN ADDITIONAL C-TERMINAL HIS-TAG.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24273	2113	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18854	-	-	-
obs	0.19126	39350	99.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.622 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8 Å²	0 Å²	-0.32 Å²
2-	-	0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.63→38.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7013	0	14	480	7507

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	7177
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4670
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.201	1.954	9814
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.832	3	11436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.165	5	887
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.453	25	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.056	15	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.191	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	8069
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.458	1.5	4451
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.065	1.5	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.879	2	7311
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.196	3	2726
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.064	4.5	2503
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.626→2.694 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.388	152	-
R_work	0.346	2724	-
obs	-	-	93.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3791	-2.5301	2.6738	4.0243	-2.8701	3.549	-0.5503	-0.4993	0.324	0.3437	0.3418	-0.0064	-0.2917	-0.2404	0.2084	0.1569	0.1074	-0.0108	0.0888	-0.0462	0.2424	-20.826	35.665	-67.483
2	4.7328	-1.4977	0.998	3.5423	-1.9332	3.3451	-0.1227	-0.4536	-0.2119	0.2277	-0.0398	-0.266	-0.0268	0.2058	0.1626	0.1448	0.1011	0.0073	0.1435	0.0376	0.1673	11.285	6.037	-45.611
3	4.882	-3.0976	2.3068	3.7204	-1.5416	3.6687	0.0396	-0.0315	-0.1044	0.2366	0.0028	-0.1611	0.098	0.1177	-0.0424	0.1247	-0.0208	-0.0701	0.0135	0.0095	0.1043	32.236	27.011	-8.29
4	4.0133	-1.2936	1.0683	3.4374	-2.2534	3.9945	-0.0336	0.2936	0.3529	0.2415	0.3302	0.2736	-0.5066	-0.7281	-0.2966	0.1473	0.2047	0.0604	0.3483	0.1139	0.1169	-0.805	55.242	-30.381
5	7.4344	-4.0137	1.22	3.8798	-0.4909	1.0906	0.1549	0.0347	-0.4547	-0.0031	0.024	0.2133	0.1978	-0.0187	-0.1789	0.1637	0.0832	-0.0131	0.0612	0.0181	0.1494	-16.623	7.087	-62.044
6	9.3473	-4.8284	0.6924	4.6984	-0.8301	2.2967	-0.1871	0.0296	0.5241	0.0515	0.0893	-0.3318	-0.1559	0.0655	0.0978	0.0558	0.0144	-0.0307	0.0231	-0.0016	0.0958	-53.715	40.353	-65.069
7	7.8685	-3.7917	2.2024	4.0187	-1.4456	3.3587	0.4749	0.7573	-0.4735	-0.4412	-0.3745	0.3353	0.2851	0.0255	-0.1005	0.1603	0.1196	-0.0923	0.1592	-0.1045	0.0778	18.463	29.052	-33.69
8	19.0675	-2.8441	2.4599	2.1154	0.014	1.8573	0.2254	-0.8641	-0.5967	-0.0215	-0.1977	0.1512	0.1969	0.0751	-0.0277	0.0991	0.0928	0.0529	0.2455	0.1072	0.104	62.208	15.958	-15.001

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 101
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1209
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1210
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1211
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	102 - 208
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1212
7	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 101
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1209
9	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1210
10	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1212
11	X-RAY DIFFRACTION	4	B	102 - 208
12	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1211
13	X-RAY DIFFRACTION	5	C	0 - 120
14	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1239
15	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1240
16	X-RAY DIFFRACTION	6	C	121 - 236
17	X-RAY DIFFRACTION	6	C	1238
18	X-RAY DIFFRACTION	7	D	0 - 120
19	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1238
20	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1239
21	X-RAY DIFFRACTION	8	D	121 - 236
22	X-RAY DIFFRACTION	8	D	1240

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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