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万見
- PDB-4aq6: substrate bound homogentisate 1,2-dioxygenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aq6
タイトルsubstrate bound homogentisate 1,2-dioxygenase
要素HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / EXTRADIOL-TYPE / EXTRADIOL-TYPE DIOXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


homogentisate 1,2-dioxygenase / homogentisate 1,2-dioxygenase activity / tyrosine catabolic process / L-phenylalanine catabolic process / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / iron ion binding / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Homogentisate 1,2-dioxygenase, bacterial / Homogentisate 1,2-dioxygenase / Homogentisate 1,2-dioxygenase, C-terminal domain / Homogentisate 1,2-dioxygenase, N-terminal domain / Homogentisate 1,2-dioxygenase C-terminal / Homogentisate 1,2-dioxygenase N-terminal / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls ...Homogentisate 1,2-dioxygenase, bacterial / Homogentisate 1,2-dioxygenase / Homogentisate 1,2-dioxygenase, C-terminal domain / Homogentisate 1,2-dioxygenase, N-terminal domain / Homogentisate 1,2-dioxygenase C-terminal / Homogentisate 1,2-dioxygenase N-terminal / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 2-(3,6-DIHYDROXYPHENYL)ACETIC ACID / Homogentisate 1,2-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Jeoung, J.-H. / Lin, T.-Y. / Bommer, M. / Dobbek, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Visualizing the Substrate-, Superoxo-, Alkylperoxo- and Product-Bound States at the Non-Heme Fe(II) Site of Homogentisate Dioxygenase
著者: Jeoung, J.-H. / Bommer, M. / Lin, T.-Y. / Dobbek, H.
履歴
登録2012年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references / Other
改定 1.22013年8月14日Group: Database references
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
B: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
C: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
D: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
E: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
F: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
G: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
H: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
I: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
J: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
K: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
L: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)579,69537
ポリマ－576,72512
非ポリマー2,97025
水82,5094580
1
A: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
B: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
C: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
D: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
E: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
F: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,70618
ポリマ－288,3636
非ポリマー1,34412
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area47120 Å2
ΔGint-259.3 kcal/mol
Surface area74430 Å2
手法PISA
2
G: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
H: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
I: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
J: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
K: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
L: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,98919
ポリマ－288,3636
非ポリマー1,62613
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area46730 Å2
ΔGint-260.4 kcal/mol
Surface area74160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.393, 93.714, 162.984
Angle α, β, γ (deg.)87.69, 80.42, 68.39
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE / HOMOGENTISATE OXYGENASE / HOMOGENTISIC ACID OXIDASE / HOMOGENTISICASE


分子量: 48060.422 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 株: KT2440 / 解説: DSM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88E47, homogentisate 1,2-dioxygenase
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-OMD / 2-(3,6-DIHYDROXYPHENYL)ACETIC ACID / HOMOGENTISIC ACID / ホモゲンチジン酸


分子量: 168.147 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O4
#4: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: VAPOUR DIFFUSION (1:1 MIX): 17 % PEG 3350, 0.02 M NAK PHOSPHATE AND 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 8.0, 1 MM TCEP, 2 MICROMETER HOMOGENTISATE, 15 MG/ML PROTEIN

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→35 Å / Num. obs: 337386 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 18.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EYB

1eyb


解像度: 1.98→34.174 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2162 16868 5 %
Rwork0.1611 --
obs0.1639 337340 95.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.459 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.5888 Å2-1.7846 Å2-0.7527 Å2
2--3.5953 Å20.5927 Å2
3---0.9935 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→34.174 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39512 0 175 4580 44267
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00741455
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06256606
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.87715270
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0725880
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057566
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.00250.31055370.246510191X-RAY DIFFRACTION92
2.0025-2.02610.28845410.230810277X-RAY DIFFRACTION91
2.0261-2.05080.28445380.219610252X-RAY DIFFRACTION93
2.0508-2.07670.2895450.23610349X-RAY DIFFRACTION92
2.0767-2.1040.28825400.2210257X-RAY DIFFRACTION93
2.104-2.13290.26085520.192510480X-RAY DIFFRACTION94
2.1329-2.16330.26865530.195210519X-RAY DIFFRACTION94
2.1633-2.19560.26135570.199710567X-RAY DIFFRACTION94
2.1956-2.22990.26815580.188210617X-RAY DIFFRACTION95
2.2299-2.26650.27325500.193610434X-RAY DIFFRACTION94
2.2665-2.30550.23395590.175110610X-RAY DIFFRACTION95
2.3055-2.34740.26795650.186210749X-RAY DIFFRACTION96
2.3474-2.39260.25555650.181110727X-RAY DIFFRACTION96
2.3926-2.44140.22515620.162910678X-RAY DIFFRACTION96
2.4414-2.49450.25185650.179810735X-RAY DIFFRACTION96
2.4945-2.55250.23625700.164210836X-RAY DIFFRACTION97
2.5525-2.61630.25965710.179310842X-RAY DIFFRACTION97
2.6163-2.6870.24785670.179110769X-RAY DIFFRACTION97
2.687-2.7660.2525720.174910876X-RAY DIFFRACTION97
2.766-2.85530.23285700.162110817X-RAY DIFFRACTION97
2.8553-2.95730.2325690.159210821X-RAY DIFFRACTION97
2.9573-3.07560.20625730.153810882X-RAY DIFFRACTION97
3.0756-3.21550.21215730.158410887X-RAY DIFFRACTION97
3.2155-3.38490.19845710.14310854X-RAY DIFFRACTION97
3.3849-3.59670.18365740.139210895X-RAY DIFFRACTION97
3.5967-3.87410.17965700.133910832X-RAY DIFFRACTION97
3.8741-4.26330.14925740.120210913X-RAY DIFFRACTION97
4.2633-4.87870.14595750.117310917X-RAY DIFFRACTION98
4.8787-6.14080.17555750.13510929X-RAY DIFFRACTION98
6.1408-34.1790.17715770.145310960X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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