PDB-4aq4: substrate bound sn-glycerol-3-phosphate binding periplasmic prote...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4aq4

タイトル

substrate bound sn-glycerol-3-phosphate binding periplasmic protein ugpB from Escherichia coli

要素

SN-GLYCEROL-3- ...

キーワード

DIESTER-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

glycerophosphodiester transmembrane transport / glycerol-3-phosphate-transporting ATPase complex / glycerol-3-phosphate transmembrane transport / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Wuttge, S. / Bommer, M. / Jaeger, F. / Martins, B.M. / Jacob, S. / Licht, A. / Scheffel, F. / Dobbek, H. / Schneider, E.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2012
タイトル: Determinants of Substrate Specificity and Biochemical Properties of the Sn-Glycerol-3-Phosphate ATP Binding Cassette Transporter (Ugpb-Aec(2) ) of Escherichia Coli.
著者: Wuttge, S. / Bommer, M. / Jager, F. / Martins, B.M. / Jacob, S. / Licht, A. / Scheffel, F. / Dobbek, H. / Schneider, E.

履歴

登録	2012年4月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月17日	Group: Database references
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4aq4.cif.gz	184.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4aq4.ent.gz	147.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4aq4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4aq4_validation.pdf.gz	444.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4aq4_full_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示
XML形式データ	4aq4_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	4aq4_validation.cif.gz	29.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/4aq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/4aq4	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	7c0u-1 7c0o-1 7c0f-1 7c0l-2 6i5w-d 5l0v-d 7c0v-1 7c14-1 7c15-1 4h3q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (3) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (3) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (3) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (3)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (3)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (3)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN UGPB

ヘテロ分子

47.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.346, 49.346, 406.894
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

-
SN-GLYCEROL-3- ... , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN UGPB 分子量: 46588.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / プラスミド: PFSA131 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AG81, UniProt: P0AG80*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 341分子

#2: 化合物	ChemComp-G3P / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル3-りん酸分子量: 172.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉O₆P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	THE CRYSTAL STRUCTURE DESCRIBES THE MATURE PROTEIN LACKING THE PERIPLASMIC SIGNAL SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: VAPOUR DIFFUSION (1:1 MIX): 5 MM COBALT(II) CHLORIDE, 5 MM NICKEL(II) CHLORIDE, 5 MM CADMIUM CHLORIDE, 5 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 12% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.3% N- ...詳細: VAPOUR DIFFUSION (1:1 MIX): 5 MM COBALT(II) CHLORIDE, 5 MM NICKEL(II) CHLORIDE, 5 MM CADMIUM CHLORIDE, 5 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 12% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.3% N-OCTYL-BETA-D-GLUCOSIDE, 5MM SN- GLYCEROL-3-PHOSPHATE, 1% GLYCEROL, 90 MG/ML PROTEIN

結晶

マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE

結晶化

手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: VAPOUR DIFFUSION (1:1 MIX): 5 MM COBALT(II) CHLORIDE, 5 MM NICKEL(II) CHLORIDE, 5 MM CADMIUM CHLORIDE, 5 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 12% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.3% N- ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長
シンクロトロン	BESSY	14.1	1	0.91841
シンクロトロン	BESSY	14.2	2	1.9

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 225 mm CCD	1	CCD	2011年1月18日
MARMOSAIC 225 mm CCD	2	CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91841	1
2	1.9	1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 88817 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 19.59 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.8

反射シェル

解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX	AUTOSOL	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→46.372 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 2 / 位相誤差: 15.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1922	4464	5 %
R_work	0.1626	-	-
obs	0.1641	88812	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.633 Å² / k_sol: 0.346 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.1376 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.1376 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.2751 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.372 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3274	0	25	335	3634

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3397
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.019	4598
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.615	1258
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	476
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	601

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7996-1.82	0.2705	138	0.2347	2622	X-RAY DIFFRACTION	93
1.82-1.8414	0.2558	151	0.2201	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8414-1.8639	0.2313	145	0.2012	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8639-1.8875	0.2345	150	0.195	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8875-1.9123	0.2246	145	0.1951	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9123-1.9385	0.2476	150	0.1793	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9385-1.9662	0.187	152	0.1704	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9662-1.9956	0.2092	145	0.1749	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9956-2.0267	0.212	145	0.1713	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0267-2.06	0.2227	156	0.1713	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.0955	0.1636	148	0.165	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0955-2.1336	0.2033	151	0.1652	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1336-2.1746	0.2021	151	0.1631	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1746-2.219	0.1735	146	0.1554	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.219-2.2673	0.2501	155	0.1658	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2673-2.32	0.1908	154	0.1643	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.378	0.1978	143	0.163	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.378-2.4423	0.1896	150	0.1632	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4423-2.5142	0.2203	147	0.1596	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5142-2.5953	0.1608	152	0.1593	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5953-2.6881	0.2113	151	0.163	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6881-2.7957	0.1904	147	0.1714	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7957-2.9229	0.2039	148	0.1616	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9229-3.077	0.2047	147	0.1584	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
3.077-3.2697	0.1873	145	0.1609	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2697-3.5221	0.1594	149	0.1525	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5221-3.8764	0.177	154	0.1428	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8764-4.4369	0.1449	155	0.1389	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4369-5.5885	0.189	145	0.1551	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5885-46.3876	0.1893	149	0.1725	2812	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7821	-0.3815	-0.2995	0.6416	0.3114	0.7945	-0.0877	0.0057	-0.1371	0.1023	0.0427	-0.0462	0.267	0.1705	0.0265	0.1363	0.0336	0.0595	0.16	-0.0302	0.1466	56.5121	15.0927	168.9063
2	1.0868	-0.0874	-0.6785	0.4545	0.2267	1.1955	0.0404	0.164	0.0536	-0.0001	-0.0415	0.0582	-0.108	-0.0915	-0.0395	0.0981	0.0035	0.0652	0.134	-0.01	0.1418	46.1498	26.3792	167.7283
3	0.7557	0.6208	-0.379	0.56	-0.1536	0.6858	-0.0273	0.0098	-0.0567	0.1224	-0.0867	0.2779	0.1912	-0.3342	-0.421	0.2	-0.082	0.1617	0.3021	-0.0856	0.3058	21.7137	18.5614	189.2584
4	0.8364	-0.0048	-0.2844	0.645	0.4759	0.9237	0.0025	-0.106	0.0216	0.1637	-0.0534	0.1073	0.0189	-0.1185	-0.0086	0.1531	0.0012	0.0904	0.1779	-0.0244	0.151	36.0492	28.293	187.1106
5	0.8914	0.4014	-0.2549	0.5215	-0.3456	1.5245	-0.0294	0.1068	-0.0448	0.0213	-0.0666	0.1532	0.0721	-0.2988	0.0178	0.1307	-0.0275	0.0864	0.1957	-0.052	0.1936	30.8049	19.8122	179.7796
6	0.9111	-0.1426	-0.5391	0.4487	0.1501	0.7795	0.0366	0.0763	0.0275	-0.0728	0.027	-0.0753	-0.0465	0.089	0.0568	0.0802	0.0029	0.0675	0.1639	-0.0204	0.1397	56.4811	22.2427	161.3362
7	1.3167	0.3477	-0.0741	1.0457	0.1219	1.7022	-0.0248	0.3019	-0.0603	-0.0822	-0.092	0.1422	0.0282	-0.231	0.0272	0.1078	-0.0239	0.0369	0.2244	-0.0593	0.1783	37.1541	16.1143	162.3939
8	0.6226	-0.2034	-0.4762	0.7329	0.2868	1.2423	0.0464	0.0218	0.0931	0.044	-0.021	-0.0037	-0.2029	-0.0556	-0.0687	0.1226	0.0076	0.0708	0.1552	-0.0371	0.1697	40.5922	32.7899	181.4422

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ -1:55)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 56:135)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 136:159)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 160:242)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 243:282)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 283:309)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 310:336)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 337:414)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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