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- PDB-4apz: Structure of B. subtilis genomic dUTPase YncF in complex with dU,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4apz
タイトルStructure of B. subtilis genomic dUTPase YncF in complex with dU, PPi and Mg in P1
要素PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
キーワードHYDROLASE / YNCF
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYURIDINE / PHOSPHATE ION / PYROPHOSPHATE 2- / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase YncF
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Garcia-Nafria, J. / Timm, J. / Harrison, C. / Turkenburg, J.P. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Tying Down the Arm in Bacillus Dutpase: Structure and Mechanism
著者: Garcia-Nafria, J. / Timm, J. / Harrison, C. / Turkenburg, J.P. / Wilson, K.S.
履歴
登録2012年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other
改定 1.22013年7月31日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
改定 1.32013年8月7日Group: Database references
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
2: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
3: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
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9: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
A: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
B: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
C: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
D: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
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F: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
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l: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
m: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)809,481194
ポリマ－788,72448
非ポリマー20,756146
水85,1394726
1
k: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
l: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
m: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,67613
ポリマ－49,2953
非ポリマー1,38010
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16340 Å2
ΔGint-84.5 kcal/mol
Surface area16090 Å2
手法PISA
2
e: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
f: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
g: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,67613
ポリマ－49,2953
非ポリマー1,38010
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16340 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area15900 Å2
手法PISA
3
1: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
Y: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
Z: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,58112
ポリマ－49,2953
非ポリマー1,2859
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16080 Å2
ΔGint-75.2 kcal/mol
Surface area16110 Å2
手法PISA
4
P: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
Q: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
R: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,58112
ポリマ－49,2953
非ポリマー1,2859
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16120 Å2
ΔGint-74.7 kcal/mol
Surface area16310 Å2
手法PISA
5
8: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
9: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
a: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,58112
ポリマ－49,2953
非ポリマー1,2859
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16160 Å2
ΔGint-74.5 kcal/mol
Surface area16210 Å2
手法PISA
6
S: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
T: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
U: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,58112
ポリマ－49,2953
非ポリマー1,2859
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16120 Å2
ΔGint-73.2 kcal/mol
Surface area16180 Å2
手法PISA
7
D: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
E: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
F: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,58112
ポリマ－49,2953
非ポリマー1,2859
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16150 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area16250 Å2
手法PISA
8
A: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
B: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
C: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,58112
ポリマ－49,2953
非ポリマー1,2859
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16180 Å2
ΔGint-74.7 kcal/mol
Surface area16240 Å2
手法PISA
9
h: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
i: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
j: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,58112
ポリマ－49,2953
非ポリマー1,2859
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16140 Å2
ΔGint-72.6 kcal/mol
Surface area16100 Å2
手法PISA
10
V: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
W: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
X: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,58112
ポリマ－49,2953
非ポリマー1,2859
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16000 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area16190 Å2
手法PISA
11
2: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
3: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
4: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,58112
ポリマ－49,2953
非ポリマー1,2859
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16110 Å2
ΔGint-73.2 kcal/mol
Surface area16190 Å2
手法PISA
12
5: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
6: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
7: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,58112
ポリマ－49,2953
非ポリマー1,2859
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16130 Å2
ΔGint-74.6 kcal/mol
Surface area16110 Å2
手法PISA
13
J: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
K: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
L: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,58112
ポリマ－49,2953
非ポリマー1,2859
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16060 Å2
ΔGint-72.2 kcal/mol
Surface area16150 Å2
手法PISA
14
G: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
H: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
I: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,58112
ポリマ－49,2953
非ポリマー1,2859
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16060 Å2
ΔGint-72.8 kcal/mol
Surface area16120 Å2
手法PISA
15
b: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
c: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
d: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,58112
ポリマ－49,2953
非ポリマー1,2859
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16120 Å2
ΔGint-74.4 kcal/mol
Surface area16150 Å2
手法PISA
16
M: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
N: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
O: PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,58112
ポリマ－49,2953
非ポリマー1,2859
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16080 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area16150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.060, 97.070, 193.850
Angle α, β, γ (deg.)89.72, 88.47, 90.11
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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21B
31C
41D
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6given(0.111799, -0.987344, 0.112484), (-0.986659, -0.12377, -0.105758), (0.118341, -0.09916, -0.988009)-3.02989, 2.26764, 50.1998
7given(-0.014018, -0.9921, 0.12466), (0.112443, -0.125446, -0.985708), (0.993559, 0.0002, 0.113314)0.11245, -0.69306, -0.11801
8given(-0.994501, -0.104159, 0.010937), (-0.104698, 0.986096, -0.129045), (0.002656, -0.12948, -0.991578)47.57328, 5.36468, 52.83185
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10given(-0.986555, -0.121789, -0.108976), (-0.122403, 0.108817, 0.986497), (-0.108286, 0.986573, -0.122261)50.54827, -44.57251, 56.55306
11given(0.002528, -0.116755, -0.993158), (0.00495, 0.99315, -0.116742), (0.999985, -0.004621, 0.003089)50.14241, 2.86305, 2.48774
12given(0.002616, -0.999989, -0.003937), (0.993238, 0.002142, 0.116078), (-0.116068, -0.004214, 0.993232)2.64131, -51.16776, 3.32213
13given(0.099058, 0.009802, -0.995033), (0.011139, -0.9999, -0.008741), (-0.995019, -0.010218, -0.099157)50.54804, -45.26357, 55.31411
14given(-0.003416, 0.994046, -0.108906), (-0.999949, -0.002355, 0.009863), (0.009548, 0.108934, 0.994003)50.7015, 1.93252, 2.61079
15given(0.99275, 0.118509, -0.020055), (0.020153, 0.00037, 0.999797), (0.118493, -0.992953, -0.002021)3.66579, -50.86861, 2.68448
16given(-0.002513, 0.999895, 0.014289), (-0.002014, 0.014284, -0.999896), (-0.999995, -0.002541, 0.001978)47.70943, 5.86269, 53.12786
17given(0.986842, 0.118855, 0.10962), (0.120176, -0.992737, -0.005497), (0.10817, 0.018599, -0.993958)-0.08332, -48.30709, 53.65716
18given(-0.003333, 0.108181, 0.994126), (-0.993254, -0.115591, 0.009249), (0.115913, -0.987388, 0.107836)-0.18815, -0.60905, -0.35909
19given(-0.992902, -0.002972, -0.118896), (-0.01132, -0.992788, 0.119351), (-0.118393, 0.11985, 0.985707)53.88813, -48.49456, 6.57125
20given(-0.000893, -0.010027, -0.999949), (0.999999, -0.001162, -0.000881), (-0.001153, -0.999949, 0.010028)52.62896, -48.28378, 4.76398
21given(-0.107556, 0.986219, -0.125714), (-0.007877, 0.125598, 0.99205), (0.994168, 0.107692, -0.00574)54.00499, -47.08855, 5.14778
22given(-0.999972, -0.004511, 0.005926), (-0.005418, -0.105196, -0.994437), (0.005109, -0.994441, 0.105169)50.32329, 2.84167, 1.93657
23given(-0.109068, 0.098076, 0.989184), (0.11514, -0.987176, 0.110572), (0.987343, 0.125955, 0.096377)2.3992, -51.58133, 3.03294
24given(-0.124461, 0.992171, 0.010306), (0.992089, 0.124609, -0.015207), (-0.016372, 0.008332, -0.999831)51.125, -44.68394, 56.80988
25given(0.117628, -0.121821, 0.985557), (0.008612, 0.992535, 0.121656), (-0.99302, -0.005822, 0.117799)86.3856, -45.74787, 124.57925
26given(0.00416, -0.999988, -0.002572), (-0.999968, -0.004177, 0.0068), (-0.006811, 0.002543, -0.999974)55.61415, 66.88711, -40.27971
27given(0.993127, -0.116021, -0.015451), (-0.002087, 0.114441, -0.993428), (0.117026, 0.986632, 0.113412)-60.71336, -94.56725, -5.08862
28given(-0.005466, -0.001695, -0.999984), (-0.992874, 0.119052, 0.005226), (0.119042, 0.992887, -0.002334)-42.79777, 62.06437, -13.37552
29given(0.985886, -0.111564, -0.124826), (0.125338, 0.986158, 0.108548), (0.110988, -0.122662, 0.986223)-67.41544, -56.8929, 89.58202
30given(-0.010069, -0.992688, -0.120287), (0.005879, -0.12035, 0.992714), (-0.999932, 0.009288, 0.007048)48.58635, 48.7104, 116.71264
31given(0.123786, -0.010897, 0.992249), (-0.992301, 0.002645, 0.123821), (-0.003974, -0.999937, -0.010486)82.71183, 73.98061, 58.12456

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 48分子 123456789ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTU...

#1: タンパク質 ...
PROBABLE DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE YNCF / DUTPASE / DUTP PYROPHOSPHATASE


分子量: 16431.760 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O31801, dUTP diphosphatase

-
非ポリマー , 5種, 4872分子

#2: 化合物...
ChemComp-DUR / 2'-DEOXYURIDINE / デオキシウリジン


分子量: 228.202 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12N2O5 / コメント: 抗ウイルス剤*YM
#3: 化合物...
ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#4: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4726 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6 / 詳細: 30% MPD, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6, 0.02 M CACL2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9704
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9704 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→36.44 Å / Num. obs: 434755 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.01→2.06 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0119精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XCD

2xcd


解像度: 2.01→36.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 4.141 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21185 22967 5 %RANDOM
Rwork0.16909 ---
obs0.17122 434755 96.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.493 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å2-0.3 Å20.01 Å2
2---0.65 Å20.32 Å2
3---1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→36.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数54570 0 1258 4726 60554
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0257160
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0239715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9021.98877133
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.31396931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.43856902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.69124.6312628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.9921510586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.81515338
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.28308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0262088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.0211302
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
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217m1030medium positional0.050.5
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211f1030medium thermal3.352
212g1030medium thermal3.062
213h1030medium thermal3.92
214i1030medium thermal4.792
215j1030medium thermal3.162
216l1030medium thermal5.682
217m1030medium thermal4.742
LS精密化 シェル解像度: 2.007→2.059 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 1671 -
Rwork0.239 31851 -
obs--95.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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