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万見
- PDB-4aps: Crystal structure of a POT family peptide transporter in an inwar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aps
タイトルCrystal structure of a POT family peptide transporter in an inward open conformation.
要素DI-OR TRIPEPTIDE H+ SYMPORTER
キーワードTRANSPORT PROTEIN / PEPTIDE TRANSPORT / MAJOR FACILITATOR SUPERFAMILY / TRANSPORTER / MFS
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptide transport / peptide transmembrane transporter activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Dipeptide/tripeptide permease / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 2. / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Growth Hormone; Chain: A; / Major facilitator superfamily domain ...: / Dipeptide/tripeptide permease / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 2. / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Growth Hormone; Chain: A; / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Di-or tripeptide:H+ symporter
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS THERMOPHILUS (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Solcan, N. / Kwok, J. / Fowler, P.W. / Cameron, A.D. / Drew, D. / Iwata, S. / Newstead, S.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: Alternating Access Mechanism in the Pot Family of Oligopeptide Transporters.
著者: Solcan, N. / Kwok, J. / Fowler, P.W. / Cameron, A.D. / Drew, D. / Iwata, S. / Newstead, S.
履歴
登録2012年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22012年10月31日Group: Other
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DI-OR TRIPEPTIDE H+ SYMPORTER
B: DI-OR TRIPEPTIDE H+ SYMPORTER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,5553
ポリマ－107,4422
非ポリマー1121
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-28.7 kcal/mol
Surface area42190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.390, 112.990, 215.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.802, -0.023, 0.597), (-0.022, -1, -0.009), (0.597, -0.006, -0.802)
ベクター: -21.16, 190.88, 71.15)

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要素

#1: タンパク質 DI-OR TRIPEPTIDE H+ SYMPORTER


分子量: 53721.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS THERMOPHILUS (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
株: LMG 18311 / プラスミド: PWALDO-GFPD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q5M4H8
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
非ポリマーの詳細CADMIUM ION (CD): IDENTITY OF CD ION CONFIRMED USING SAD DATA AT 7.1 KEV.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 77 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 26 % PEG 400, 0.1 M MES PH 6.50, 0.03 M MGCL2 0.001 M CDCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月5日
詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSSING
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→82 Å / Num. obs: 33300 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 127.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.11 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.3→22.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.7832 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7858 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 2.361 / SU Rfree Blow DPI: 0.488
詳細: RESIDUES 1-10, 270-281, 350-352, 472-491 ARE DISORDERED IN THE CRYSTAL AND WERE NOT BUILT INTO THE MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2895 1421 5.09 %RANDOM
Rwork0.2722 ---
obs0.2731 27943 83.45 %-
原子変位パラメータBiso mean: 140.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.5188 Å20 Å20 Å2
2---17.3228 Å20 Å2
3---26.8416 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→22.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6890 0 1 0 6891
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0114106HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9825538HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2956SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes70HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1970HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14106HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.14
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.88
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion928SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15863SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2826 16 4.1 %
Rwork0.2415 374 -
all0.2431 390 -
obs--83.45 %
精密化 TLS

T22: -0.6079 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6045-0.0532-0.2250.233-0.46546.1522-0.33190.2324-0.3511-1.0885-0.1221-1.08850.36810.57140.4539-0.09260.0080.304-0.04590.607959.358393.376536.1986
24.0418-0.2875-0.651400.19885.51310.0093-0.4802-0.06631.08850.04610.056-0.97130.181-0.05530.60790.0064-0.3040.02220.572145.921895.920876.9797
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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