PDB-4apl: Crystal Structure of AMA1 from Neospora caninum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4apl

タイトル

Crystal Structure of AMA1 from Neospora caninum

要素

APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / APICOMPLEXA / MOVING JUNCTION / INVASION

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

NEOSPORA CANINUM (ネオスポラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Tonkin, M.L. / Crawford, J. / Lebrun, M.L. / Boulanger, M.J.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: Babesia Divergens and Neospora Caninum Apical Membrane Antigen 1 (Ama1) Structures Reveal Selectivity and Plasticity in Apicomplexan Parasite Host Cell Invasion.
著者: Tonkin, M.L. / Crawford, J. / Lebrun, M.L. / Boulanger, M.J.

履歴

登録	2012年4月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月16日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4apl.cif.gz	315.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4apl.ent.gz	256.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4apl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4apl_validation.pdf.gz	470.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4apl_full_validation.pdf.gz	518.6 KB	表示
XML形式データ	4apl_validation.xml.gz	59.1 KB	表示
CIF形式データ	4apl_validation.cif.gz	79.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/4apl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/4apl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4apmC 2x2zS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2x2z-4 4yiz-1 2x2z-1 4yiz-2 2x2z-2 2y8r-4 3zle-8 2y8r-2 3zle-1 3gmh-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1

B: APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1

D: APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1

E: APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1

192 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

E: APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	251.560, 51.000, 145.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.93, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1 分子量: 47993.102 Da / 分子数: 4 / 断片: DOMAINS I/II/III, RESIDUES 59-478 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) NEOSPORA CANINUM (ネオスポラ) / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A2A114
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.36 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 20% PEG3350, 300 MM SODIUM CITRATE PH 4.2 AND 10 MM ZINC CHLORIDE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 41269 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X2Z

2x2z

解像度: 2.9→48.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.861 / SU B: 16.873 / SU ML: 0.324 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.456 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27097	2078	5 %	RANDOM
R_work	0.19265	-	-	-
obs	0.19663	39156	98.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.656 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0 Å²	0.04 Å²
2-	-	0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12477	0	0	142	12619

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.02	12882
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.051	1.938	17499
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.386	5	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.898	24.923	646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.522	15	2071
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.761	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1784
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	10105
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.396	138	-
R_work	0.273	2650	-
obs	-	-	95.54 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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