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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 4aov
タイトル
DpIDH-NADP. The complex structures of Isocitrate dehydrogenase from Clostridium thermocellum and Desulfotalea psychrophila, support a new active site locking mechanism
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: HANGING DROP METHOD. RESERVOIR SOLUTIONS WITH 100 MM TRIS/HCL BUFFER AT PH 7.4, 1.7-1.9 M AMMONIUM SULFATE, 2% PEG 400 AND 60 MM MAGNESIUM SULFATE. PROTEIN SOLUTION: 20 MG/ML DPIDH, 10 MM ...詳細: HANGING DROP METHOD. RESERVOIR SOLUTIONS WITH 100 MM TRIS/HCL BUFFER AT PH 7.4, 1.7-1.9 M AMMONIUM SULFATE, 2% PEG 400 AND 60 MM MAGNESIUM SULFATE. PROTEIN SOLUTION: 20 MG/ML DPIDH, 10 MM NADP AND 10 MM DL-ISOCITRATE.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.8536 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.93→40 Å / Num. obs: 30844 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 17.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル
解像度: 1.93→2.03 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 98.1
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解析
ソフトウェア
名称: REFMAC / バージョン: 5.3.0021 / 分類: 精密化
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 3.883 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.22542
1563
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.1749
-
-
-
obs
0.17745
29252
98.13 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK