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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ao6 | ||||||
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タイトル | Native structure of a novel cold-adapted esterase from an Arctic intertidal metagenomic library | ||||||
要素 | ESTERASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / THERMO LABEL | ||||||
機能・相同性 | Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | UNIDENTIFIED (未定義) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Fu, J. / Leiros, H.-K.S. / Pascale, D.d. / Johnson, K.A. / Blencke, H.M. / Landfald, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2013 タイトル: Functional and Structural Studies of a Novel Cold-Adapted Esterase from an Arctic Intertidal Metagenomic Library. 著者: Fu, J. / Leiros, H.-K.S. / De Pascale, D. / Johnson, K.A. / Blencke, H.M. / Landfald, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ao6.cif.gz | 103.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ao6.ent.gz | 80.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ao6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ao6_validation.pdf.gz | 432.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ao6_full_validation.pdf.gz | 437.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ao6_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ao6_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/4ao6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/4ao6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28294.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: A HIS-TAGGED CONSTRUCT / 由来: (組換発現) UNIDENTIFIED (未定義) 解説: FROM A METAGENOMIC LIBRARY FROM INTERTIDAL ZONE AT SVALBARD ARCHIPELAGO 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): M15 (PREP4) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | RESIDUES MRGSHHHHHH |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.02 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 26-30% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 3350, 3% GLYCEROL 0.1 M SODIUM MALONATE PH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 28142 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 96 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.6→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.172 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.423 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→25 Å
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拘束条件 |
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